В 1962 году JIOA была официально расформирована. То, что осталось от программы Paperclip, перешло в ведение Научно-инженерного управления Пентагона. В соответствии с Законом о реорганизации Министерства обороны США от 1958 г. это новое управление было создано для удовлетворения научных и инженерных потребностей армии под руководством научного руководителя, который подчинялся министру обороны. В соответствии с этим законом в Пентагоне также появилось новое собственное агентство передовых научных разработок - Агентство перспективных исследовательских проектов (ARPA), позднее переименованное в DARPA, с буквой D в значении "оборона". Первым директором Департамента исследований и разработок стал физик-ядерщик Герберт Йорк. Йорк также был первым научным руководителем ARPA. Он был одним из ведущих национальных экспертов по ядерному оружию и межконтинентальным баллистическим ракетам (МБР).
МБР - это " по-настоящему революционное военное детище " гитлеровской ракеты V-2, считает Майкл Дж. Нойфельд, куратор отдела космической истории Смитсоновского национального музея авиации и космонавтики, автор нескольких книг и монографий о немецких ракетчиках. МБР способна нести в своем носовом конусе оружие массового поражения и доставлять его к цели практически в любой точке земного шара. МБР стала центральным элементом "холодной войны" - главным мечом. Но она же стала и главным щитом. "Тотальной войны" с Советским Союзом так и не произошло. Холодная война так и не превратилась в войну со стрельбой. Победило сдерживание.
Сегодня Научно-инженерный департамент Пентагона, переименованный в Министерство обороны (Department of Defense Research and Engineering Enterprise), разрабатывает все оружие нового поколения и контр-оружие массового поражения - мечи и щиты XXI века. Сегодня, как и после окончания Второй мировой войны, Америка полагается на научно-технический прогресс и промышленность, чтобы подготовиться к следующей войне. Эта взаимосвязь понимается как военно-промышленный комплекс Америки. Именно президент Эйзенхауэр в своем прощальном обращении к нации в 1961 году ввел это выражение в обиход. Эйзенхауэр предостерег американцев от " приобретения военно-промышленным комплексом необоснованного влияния , как желаемого, так и не желаемого". Это знаменитое предупреждение Эйзенхауэра хорошо известно и часто пересказывается. Но в своей прощальной речи он сделал и второе предупреждение, не столь известное. Эйзенхауэр сказал американскому народу, что, действительно, наука и исследования играют важнейшую роль в обеспечении национальной безопасности, "но, относясь к научным исследованиям и открытиям с уважением, как это и должно быть, мы должны также быть внимательны к равной и противоположной опасности того, что государственная политика может сама стать пленницей научно-технологической элиты".
Герберт Йорк, будучи одновременно главой ARPA и директором научно-исследовательского и инженерного отдела Пентагона, тесно сотрудничал с президентом Эйзенхауэром по вопросам военной науки в течение последних трех лет его президентства. Его глубоко обеспокоили слова Эйзенхауэра, сказанные в его "Прощальном послании". "Ученые и технологи приобрели репутацию волшебников, имеющих доступ к особому источнику информации и мудрости, недоступному остальному человечеству", - говорил Йорк. В середине 1960-х годов Йорк навестил Эйзенхауэра в зимнем доме бывшего президента в калифорнийской пустыне. "Я попросил его более подробно объяснить, что он имел в виду, говоря о предупреждениях, но он отказался это сделать", - сказал Йорк. Я продолжил эту линию вопросов, спросив его, имел ли он в виду каких-то конкретных людей, когда предупреждал нас об "опасности того, что государственная политика сама может оказаться в плену у научно-технологической элиты". Йорк был удивлен, когда Эйзенхауэр "без колебаний ответил: "Вернер фон Браун и Эдвард Теллер [отец водородной бомбы]". "
Йорк десятилетиями размышлял над тем, что сказал ему президент. "Предупреждения Эйзенхауэра [,] основанные в значительной степени на его интуиции, указывали на очень реальные и чрезвычайно серьезные проблемы. Если мы забудем или приуменьшим значение его предупреждений, это будет нам во вред", - написал Йорк в своих мемуарах "Оружие и физик" в 1995 году.