Но мрачная тень соучастия фон Брауна в нацистских военных преступлениях преследовала его повсюду. Иногда она подкрадывалась к нему сзади. Однажды, посещая редакцию журнала Collier's, он ехал в лифте с коллегой по Paperclip Scientist Хайнцем Хабером из Школы авиационной медицины на базе ВВС Рэндольф и Корнелиусом Райаном, его редактором. В лифте также находились несколько сотрудников журнала Collier's, один из которых подошел к Хаберу, потер между пальцами кусок кожаного пальто ученого и язвительно сказал: " Человеческая кожа, конечно? ".
По мере того как человек все ближе и ближе подбирался к Луне, Вернер фон Браун параллельно поднимался по лестнице богатства и славы. Поскольку фон Браун был публичной фигурой, его нацистское прошлое всегда оставалось, но в тени. К 1960-м годам оно иногда воспринималось как шутка. Однажды перед полетом "Аполлона" фон Браун покинул пресс-конференцию, когда репортер спросил его, может ли он гарантировать, что ракета не упадет на Лондон . Том Лерер написал песню, в которой сатирически отозвался о фон Брауне: "Когда ракеты взлетают, кого волнует, где они спускаются? Это не мой отдел", - говорит Вернер фон Браун". Режиссер Стэнли Кубрик создал образ фон Брауна в своей черной комедии "Доктор Стрейнджлав", где сумасшедший ученый, встав с инвалидного кресла, восклицает: "Майн фюрер, я могу ходить!". Но в 1963 году в Восточном Берлине популярный писатель и юрист Юлиус Мадер написал книгу под названием Секрет Хантсвилля: Истинная карьера ракетного барона Вернера фон Брауна". На обложке книги был изображен фон Браун в черном мундире штурмбанфюрера СС. На шее фон Брауна висел Рыцарский крест, врученный ему Альбертом Шпеером на мероприятии в замке Варлар. В книге, опубликованной издательством Deutscher Militärverlag, фон Браун был представлен как ярый нацист и подробно рассказывал об убийственных условиях на рабской базе в Нордхаузене, где фон Браун руководил работами, и в концлагере Дора-Нордхаузен, поставлявшем рабсилу.
Несколько немецкоязычных граждан США сообщили в НАСА об обвинениях в адрес фон Брауна, как будто НАСА не знало об этом. Три высших должностных лица космического агентства , Джеймс Э. Уэбб, Хью Драйден и Роберт Симанс, обсудили ситуацию с фон Брауном и посоветовались с ним, как поступить. Джеймс Уэбб, администратор NASA, сказал фон Брауну, что если кто-то спросит его об этом, то он должен ответить: "Все, что связано с моей прошлой деятельностью в Германии... хорошо известно правительству США". В итоге книга не получила большого распространения в западном мире. По словам биографа фон Брауна Майкла Дж. Нойфельда, в изложении смешивались "вредные факты" с "полностью сфабрикованными сценами", что делало книгу легко доступной. Когда в NASA узнали, что автор книги Юлиус Мадер работал агентом разведки в восточногерманской тайной полиции, откровения потеряли свою потенциальную силу. В случае необходимости книгу Мадера можно было списать с сайта как советскую ложь, призванную лишь подорвать престиж американской космической программы.
Секрет Хантсвилля: The True Career of Rocket Baron Wernher von Braun" имела успех в Восточном блоке . Книга была переведена на русский язык и продана в Советском Союзе тиражом в полмиллиона экземпляров. По этой книге был снят фильм "Замороженная молния" ("Die Gefrorenen Blitze"), также написанный Мадером и выпущенный государственной киностудией Восточной Германии DEFA (Deutsche Film-Aktiengesellschaft) в 1967 году. В том же году западногерманские прокуроры открыли новый процесс по делу Дора-Нордхаузена, получивший название "Процесс Эссен-Дора". Охранник СС, сотрудник гестапо и начальник службы безопасности V-2 были обвинены в военных преступлениях, совершенных во время создания V-оружия в тоннельном комплексе Миттельверк. В качестве свидетеля был вызван генеральный директор "Миттельверка", бывший ученый из "Скрепки" Георг Рикхей, а также Вернер фон Браун. Рикхей, проживавший в Германии, выступил в качестве свидетеля. Под присягой он заявил, что не знал о концлагере Дора-Нордхаузен, что узнал о нем уже после войны. " Я больше ничего не знаю , потому что это были секретные [концентрационные] лагеря", - сказал Рикхей суду. "Там командовала секретная группа коммандос. Только для виду. Там были плохие катастрофические условия [в Нордхаузене], но я узнал об этом только после войны". Это было абсурдное искажение истины.