Когда солдаты продвигались в Германию, их сопровождали более трех тысяч научных и технических экспертов из Объединенного подкомитета по разведывательным целям (Combined Intelligence Objectives Subcommittee, или CIOS) - совместной британо-американской программы, созданной в Лондоне летом предыдущего года. Группы CIOS отчитывались перед Верховным штабом союзных экспедиционных сил (Supreme Headquarters Allied Expeditionary Forces, SHAEF), расположенным в Версале и укомплектованным экспертами: учеными, инженерами, врачами и техниками в сопровождении лингвистов и ученых для перевода и интерпретации захваченных документов. США представляли сотрудники Генерального штаба Военного министерства, военно-морского флота, ВВС армии, Государственного департамента, Внешнеэкономического управления , Управления стратегических служб (OSS) и Управления научных исследований и разработок. Британцы направили экспертов из Министерства иностранных дел, Адмиралтейства, Министерства авиации, Министерства снабжения, авиационного производства, экономической войны, топлива и энергетики. Все сотрудники CIOS работали по спискам целей, аналогичным тем, что использовались Alsos, которые стали известны как "черные списки" . Из зоны боевых действий в SHAEF поступали запросы с фронта о выделении конкретных групп CIOS. Соответствующая группа CIOS отправлялась на место.
В помощь командам CIOS были созданы силы безопасности под названием T-Forces, опознаваемые по каскам с ярко-красным T на передней части. Эти небольшие эскадроны элитных солдат действовали на уровне армейской группы, но независимо от традиционных боевых подразделений. В их задачу входило распознавание потенциально ценных научных объектов и их охрана до прибытия сотрудников CIOS.
Задачей подкомитета Combined Intelligence Objectives было изучение всего, что связано с немецкой наукой. Цели были самые разнообразные: радары, ракеты, самолеты, медицина, бомбы и взрыватели, лаборатории по производству химического и биологического оружия. И хотя CIOS оставался официальным совместным предприятием, в нем были и другие группы с конкурирующими интересами.
Параллельно с операциями CIOS проводились десятки секретных операций по сбору разведывательных данных, в основном американских. Специальная миссия Пентагона по созданию ракеты V-2 была лишь одним из примеров. К концу марта 1945 г. полковник Тричел, начальник отдела ракетного вооружения армии США, направил свою группу в Европу . Аналогичным образом техническая разведка ВМС США готовила в Париже офицеров для получения сверхсекретных сведений о разработанной нацистами управляемой ракете Henschel Hs 293, предназначенной для потопления или повреждения кораблей противника. Военно-воздушные силы армии США (ВВС) все еще были заняты стратегическими бомбардировками, но небольшая группа с аэродрома Райт Филд, расположенного недалеко от Дейтона (штат Огайо), разрабатывала планы по поиску и захвату техники и инженеров Люфтваффе. Инициатором выполнения сверхсекретных заданий британской разведки была группа коммандос под названием 30 Assault Unit , которую возглавлял Ян Флеминг, личный помощник директора британской военно-морской разведки и будущий автор романов о Джеймсе Бонде. Иногда участники этих параллельных миссий работали в паре с офицерами CIOS на местах. Безусловно, они в полной мере использовали всю информацию, предоставляемую CIOS, в том числе и "черные списки". Но почти всегда каждая миссия ставила на первое место свои индивидуальные задачи и цели. В результате, как шутили некоторые офицеры, получился CHAOS для CIOS .
То, что начиналось как джентльменское сотрудничество между союзниками, быстро превратилось в одно из величайших в истории войны состязаний за информацию об исследованиях, связанных с оружием. Как только была перейдена река Рейн, охота за нацистскими научными разработками превратилась в свободный поиск.
В поисках химического оружия ученые компании Alsos пересекли Рейн по пятам Третьей армии. Они передвигались в небольшой колонне армейских джипов. "Местность была не в лучшем состоянии , - вспоминал после войны полковник Паш. "Здания города сотрясались от ударной волны, вызванной взрывами орудий", а "заглохшие и разбитые машины вносили сумятицу в картину, создаваемую разбитой бронетехникой и грузовиками отступающих нацистов". При въезде в Людвигсхафен один из джипов "Алсос" отделился от колонны и попал на линию огня немецкого противотанкового орудия. Не ожидая появления на дороге одиночного джипа без сопровождающего его танка, немцы, видимо, были застигнуты врасплох. " Одиночный залп и несколько пулеметных очередей прошли мимо", - вспоминал после войны Паш.