По весні Калнишевський вислав 38 військових байдаків та 1700 душ товариства під проводом Пилипа Стягайла стежити за ворогами на устях Дніпра та на лиманах; сам же мав думку обороняти південні кордони Запорожжя, та тільки не міг того зробити, бо 9 червня 1769 року він отримав од київського губернатора Румянцева такого листа: “Зважаючи на рух ворогів.до наших кордонів, наказую вам (“повелеваю”) з усім Запорозьким Військом негайно рушити із Січі битим шляхом на фортецю святої Єлизавети й поміж річками Зеленою та Довгою, біля балки Широкої, отаборитись до наступного наказу”.
Таким чином. Військо Запорозьке, якому ніколи не сміли наказувати навіть гетьмани і яке за часів Старої Січі листувалося безпосередньо з державцями, діставало тепер накази від губернатора й мало виконувати їх, хоч би вони були й зовсім нерозумні, як сталось і цього разу.
Як тільки татари довідались, що кошовий із 7350 запорожцями вийшов із Січі на захід, умить же двома ордами наскочили на Запорожжя. Перша хотіла перевезтися через Дніпро біля устя Кам'янки, щоб напасти прямо на Січ, але тут Стягайло з військовими байдаками перешкодив татарам на перевозі і навіть потопив деякі їхні судна разом із людьми. Друга орда таки продерлася крізь російське військо генерала Б ерга, що стояло понад річкою Конкою, наскочила на запорозьку Кальміуську паланку, і хоч запорожці завзято оборонялися, але татари всіх їх перебили й, подавшись на північ, поруйнували Самарську, Протовчанську й Орельську паланки. Полковник Порохня, що був на лівобережних запорозьких землях, мав у всіх паланках всього 1260 козаків, та й ті були розкидані, через те він не зміг оборонити лівобережного Запорожжя, й татари попалили багато зимівників та слобід, забрали в неволю понад 300 душ, і між ними 60 запорозьких дідів-пасічників, та до того, ще зайняли 22 000 голів запорозької худоби, з якої 600 коней самого кошового. Незважаючи на таку небезпеку для Запорожжя, Калнишевський мав був іти на Буг і звідтіля вислати в авангард війська генерала Зорича 1000 запорожців під проводом старшин Андрія Ляха та Олекси Чорного. В серпні із наказу Румянцева, він кинув ще два загони на поміч генералові Зоричу: один під проводом Павла Головатого під Очаків і другий під проводом Андрія Носача - до Дністра.
Таким чином усе Запорозьке Військо було поділене на дрібні загони, воювало без власної ініціативи й було тільки на послугах у війська російського, ведучи йому перед та показуючи шляхи, криниці, місця для таборів тощо. Проте всі відділи запорожців воювали сміло і стали російському військові у великій пригоді, а один з тих відділів, який од Носача перейшов до Семена Галицького, повернувся восени на Січ навіть з великою здобиччю, пригнавши 18 бранців, 20000 коней, 1000 рогатої худоби, 4000 овець та 180 верблюдів. Частину здобичі було одіслано Кошем у подарунок Румянцеву й сенаторам; решту ж поділили військом, як звичайно.
Щасливий ще похід стався в листопаді 1769 року під орудою полковника запорозького Колпака. Він вистежив татар біля річки Вовчої, розгромив їх упень і захопив корогву та 170 коней.
У листопаді Калнишевський із головним військом урочисто вступив у Січ. Наказний кошовий Іван Бурное із старшими дідами зустрів військо верхи біля Багнової могили, коли ж військо наблизилось до самої Січі, то на січових баштах стали палити з гармат.
На зиму запорожці розіслали в степи бекети й поставили на могилах “хвигури”: 1) біля устя річки Кам'янки; 2) на низу Дніпра в урочищі Скалозубовім; 3) за Дніпром, проти Січі, на урочищі Темному; 4) над Дніпром, на Лисій горі; 5) на урочищі Городищі (Кам'яний Затон); 6) в Голій Пристані на Дніпрі; 7) над Дніпром, в урочищі Тарасівському; 8) в урочищі Біленькому; 9 та 10) на Дніпрових островах - Хортиці й Дубовому, що між порогами; 11 - 16) понад Самарою: біля Ново-Богородського ретраншементу, в урочищі Садках, у Вільному, в урочищі Лучині, в Журавському й в урочищі Богдановому. Опріч бекетів біля хвигур, запорожці об'їздили ще сю зиму степи окремими чатами, бо відомо, що вони відвідували річку Гайчур та могили Барабашеву й Токмак.
Доки військо перебувало зиму на Січі, поміж запорожцями знову вибухнуло незадоволення старшиною, найбільше з приводу того, що військо на війні було на послугах російському війську та генералам, які часом поводились із запорожцями і навіть з їхніми полковниками та старшиною дуже нечемно, та ще з приводу того, що Калнишевський, як казали козаки, “підслуговуючись Москві”, покинув без війська східні запорозькі землі й призвів їх до руїни, а чимало товариства - до загину.