У грудні року 1769-го під час обіду в Корсунському курені козак Дорошенко почав дорікати отаману Петрові Остроуху та колишньому кошовому Скапі за те, що вони допомагають “москалеві”, гнітять товариство, і зрештою назвав їх обох зрадниками; після обіду ж, коли Скапа почав Дорошенкові погрожувати, козаки побили Скапу, кажучи, що він, їздивши в Москву “складати закони”, продав запорозькі вольності за того портрета (медаль), що носить на грудях. Калнишевський звелів Дорошенка і всіх, хто бив Скапу, заарештувати, і всупереч із звичаями Війська Запорозького, віддав їх на суд комендантові Ново-Січового ретраншементу. Цим учинком отаман показав, яка різниця була між ним та кошовим Іваном Сірком. Той уперто обстоював незалежність військового запорозького суду од російської влади, кажучи, “як ми видамо одного (самозванця Сімеона), то Москва всіх нас поодинці розтягає”; Калнишевський же сам порушив ту незалежність без вимог навіть із боку російського уряду.
Незадоволення кошовим спалахнуло знову, коли Калнишевський в березні 1770 року виступав у похід. Корсунський курінь не захотів іти слідом за кошовим, вимагаючи, щоб раніше було визволено із в'язниці Дорошенка та його товаришів. Наказний отаман Косап почав умовляти корсунців, але вони, дійшовши до річки Базавлука, отаборилися там і стали вибирати собі нового отамана. Щоб приборкати корсунців, Калнишевський із походу попросив генерала Паніна заарештувати бунтарів російським військом й заслати їх за непокору “на Сиберію”. Так воно й сталося, і чимало запорожців Корсунського куреня загинуло в Сибіру на каторзі.
З цих випадків видно, що Калнишевський, як і колись Мазепа, Самойлович та Брюховецький, підтримав свою владу на Січі не власним впливом на громаду, а силою російського уряду та війська.
Останній вчинок украй одвернув од нього запорожців і в березні того ж року Щербинський курінь змовився, щоб Калнишевського вбити та, обравши кошовим отаманом Пилипа Федорова, перейти під протекцію турецького султана. Змова ця почала поширюватись у війську, та про неї довідався один із січових священиків і застеріг Калнишевського, а той ужив заходів, щоб завчасу загасити бунт.
На початку року 1770-го все Запорозьке Військо було поділене на три частини. Головне військо - 7352 козаків із Калнишевським на чолі було віддане під команду князя Прозоровського. Друге військо - Низове, 2930 козаків - під керуванням військового старшини Третяка - на чотирьох десятках байдаків випливло в лиман під Очаків; нарешті, третя частина війська - 995 козаків - під орудою полковника Порохні стала під команду генерала Берга, військо якого стояло на річці Конці.
З першого війська ватаги комонних запорожців об'їхали всі степи біля Очакова, здобули його передмістя, причому 10 запорожців було вбито та 27 поранено, і дійшли до Дністровського лиману. Виявилось, що татари поховались у фортецях та за Дністром і навіть худобу свою позаганяли так, що запорожцям небагато дісталося здобичі.
Запорозькі байдаки з полковником Третяком ціле літо вишукували ворогів у лиманах і мали зачіпку з турками біля Кінбурзького замку. Зачувши на Кінбурзі стрілянину, з Очакова випливли 11 турецьких кораблів і погнались за запорожцями. Третяк заманив турків до Дніпрових гирл. Зчепився там із ворожими кораблями й невеликими гарматами із своїх байдаків накоїв трьом кораблям такої шкоди, що весь турецький флот мусив тікати назад у Очаків. Восени, повернувшись на Січ, Третяк попросив генерала Паніна, чи не можна б дати Війську Запорозькому хоч дві гармати, які б стріляли так далеко, як турецькі.
Тієї ж осені головний відділ Запорозького Війська ходив під рукою князя Прозоровського під Очаків. Проти нього з фортеці виступила залога в 5000 душ із гарматами, та запорожці разом із донцями та карабінерами розгромили її й захопили здобич: три мідяних гармати, 11 прапорів, пернач та безліч усілякої зброї. Як виходить, цей бій був нелегкий, бо в запорожців загинув курінний отаман Яків Воскобойник та поранило курінного Михайла Дегтяря і двох військових старшин, Івана Бурноса та Пилипа Стягайла.
Після того, як турки й татари були розбиті біля річки Ларги, а пізніше біля Кагулу, татари кинулись тікати із Буджака через Очаків та Кінбурн у Крим. Тут їх вистежив Данило Третяк своїм флотом, розбив деякі їхні загони й захопив 673 душі невільників, здебільшого волохів та жидів, а пізніше напав на самого кримського хана, коли той переїздив через Кінбурнзьку косу й, знищивши військо, що з ним було, відібрав дві корогви та срібну, з позолотою, палицю. Навіть сам хан ледве не дістався йому в бранці. З визволеного полону волохів було поселено на запорозьких землях біля устя річки Сури, - село Волоське, що існує й зараз; жидів же запорожці не захотіли тримати на своїй землі й одіслали в фортецю святої Єлизавети до російського начальства.