За кілька днів після одібрання зброї запорожцям звелено було розходитись, хто куди знає, а згодом, коли небораки розбрелися, Текелій, лишивши на Січі полк драгунів, щоб не пускати запорожців назад, пішов зі своїм військом геть, а Січ передав князеві Прозоровському. Той же доручив остаточне руйнування Січі полковникові Норову, й він догодив йому так, що зоставив на місці Січі самі тільки окопи. Курені він порозламував і деякі з них перевіз до Микитина, побудувавши з них гамазеї, а деякі попродав селянам, запорозьким підданцям, які на тому місці, де був Січовий Шамбаш, незабаром населили цілу слободу Покровську, що тимчасово звалася навіть містом Покровським. Пушкарню й скарбницю було завалено й засипано землею так, що й одшукати їх тепер неможливо, а всю Січ узагалі Норов перекопав, шукаючи грошей, тому його прозвали запорожці Норою. Кіш січовий Під-пільня згодом замулила так, що його тепер зовсім немає; нарешті, князь Вяземський, якому дістались обидві Січі з усіма лугами й степами, почавши будувати свої економії, побив на січовому цвинтарі всі каплички, надгробки й хрести й забрав їх на підмурки до будинків; збереглося тільки небагато запорозьких хрестів, і то не в Січі, а поза окопами на кладовищі.
Невдовзі од Січі Запорозької лишилися тільки оголені та перекопані окопи, і 3 серпня року 1775-го цариця Катерина окремим маніфестом оголосила по всій Росії, що “Січ Запорозька дощенту вже зруйнована й саме ймення запорозьких козаків надалі не повинне вживатися та згадуватись”.
Доля Калнишевського, Глоби й Павла Головатого була дуже сумна. Протримавши їх рік у Московській в'язниці, неначе для слідства, Потьомкін 14 травня 1776 року подав цариці рапорт про те, що “вероломное буйство” тих запорозьких старшин “столь велико, что по всяким законам они заслужили по всей справедливости смертную казнь”, а проте, не бажаючи їхньої смерті, Потьомкін радив цариці замість смертної кари кинути їх у неволю до північних монастирів.
З великою таємницею і під пильним наглядом Калнишевського було перевезено до Архангельська, а далі в Соловецький монастир, і там вкинуто у вогкий та холодний льох під монастирською баштою. До стелі в тому льоху біля дверей - три аршини, а в другому кінці - тільки півтора. Світла майже зовсім не було. Утримувати кошового наказано ігумену дуже суворо, і з льоху його виводити на монастирські трапези тільки тричі на рік: на Великдень, на Спаса та на Різдво, та й у ті дні йому не дозволяли розмовляти з сторонніми людьми.