Проте цього року між запорожцями та чорноморцями траплялись і криваві сутички. Одного разу задунайські запорожці напали на чорноморців, коли ті їхали з Килії до Ізмаїла міняти паперові гроші на срібло, й, примусивши тих вийти на берег, забрали їхнього байдака, разом з усім, що в ньому було. Іншим разом ті ж запорожці підстерегли полкового старшину чорноморців Строця, коли той, вертаючись із 19 козаками з Галацу до Килії, зупинився на ніч біля одного острова. Запорожці зненацька серед ночі напали на чорноморців, одного з них вбили, трьох поранили, а десятьох захопили в бранці. Тільки Строць із п'ятьма товаришами заховався в очереті і врятувався. Ранком, коли підпливли до того місця ще декілька чорноморських байдаків і, розпитавши Строця, подалися шукати першого човна, то знайшли його аж біля Ісакчі, вже спаленого.
З приводу цього випадку Чепіга видав наказ, щоб козаки-чорноморці не вважали турецьких запорожців за християн, а під час зустрічі вбивали б їх, як ворогів і гнобителів віри христової. Проте чорноморські козаки мали ці нечислені випадки ворожнечі з боку запорожців за герці і, здибавши їх між очеретами, часом не тільки мирно розмовляли з ними, а навіть переходили на бік турків. Таке ставлення чорноморців до запорожців занепокоїло Головатого, і він пустив поміж козаками чутку, ніби турецький султан, коли буде перемир'я, то видасть усіх запорожців Потьомкіну. Те збентежило як чорноморців, так і запорожців: перші перестали перебігати на турецьку сторону, а другі навіть нахвалялися побусурманитись, щоб тоді вже султан не зміг їх видати.
У травні російське військо мало переходити за Дунай, і чорноморці дуже тому сприяли. До червня вже й Чепіга з військом був за Дунаєм і тут під Бабадагом здибався з чималим турецьким військом, у складі якого було й декілька тисяч задунайських запорожців. Тут серед бою зустрілись у ворожих військах не тільки товариші, а навіть рідні брати. Задунайські запорожці взагалі не воювали проти своїх товаришів чорноморців, а задунайський козак Помело, побачивши свого брата-чорноморця, навіть застеріг його, щоб чорноморці не ганялись за турками,'| бо вони зманюють їх на татарську залогу.
Завдяки застереженню Помела, Чепіга не потрапив у розкинуту турками пастку, а зайшов татарам у бік і разом із донцями розгромив як татарське, так і турецьке військо, а наступного дня сплюндрував і Бабадаг.
Від Бабадагу чорноморці рушили разом із російським військом генерала Рєпніна під Мачин і брали там участь у великому та славному бойовищі 28 червня. На тому боюд і скінчилася війна з турками, бо 31 липня в Галаці було підписано між Росією й Туреччиною згоду, за якою межею між цим'и державами став Дністер; інші ж завойовані Потьомкіним міста на Дунаї були повернуті султанові.
Тим часом Потьомкін захворів і направився із Дунаю. до Миколаєва, але од'їхавши од Галаца лише 40 верств, почув себе кепсько й попросив чорноморців, що гарцювали кіньми обабіч карети, покласти його на землю, щоб вмерти спокійніше. Козаки прослали на траві килим, і князь проти ночі на 5 жовтня 1791 року помер.
Смерть Потьомкіна дуже занепокоїла чорноморців. Тільки він, називаючись Великим гетьманом, мав силу та бажання підтримувати чорноморців і змушувати російських генералів більш-менш визнавати козацьку старшину” за офіцерів, а поміщиків - визволяти хоч невелику частину поневоленого запорозького товариства; тепер же, після його смерті, за чорноморців не було кому заступитися бо всі російські генерали, за винятком дуже небагатьох, дивились на козаків майже із зневагою.
Старшину Чорноморського війська найбільше непокоїли права війська на землю, бо хоч на Коші й був указ Потьомкіна про надання Чорноморському війську володінь між Бугом та Дністром і по Кінбурнзькій косі, й та земля навіть була одмежована, та царської грамоти на неї військо досі не отримало.