Доки козаки були захоплені боротьбою з бусурманами і все ще не розуміли свого обов'язку обстоювати права українського народу від поляків, король польський Жигмонт III дбав про те, як би зовсім знищити і козаків, і навіть усю українську націю. Він якраз розпочав здійснювати те сполучення, або унію грецької віри з латинською, що вигадав римський папа Климент. Пригноблені за православну віру й улещені всілякими обіцянками православні єпископи: луцький - Кирило Терлецький та волинський - Іпатій Потій - прийняли унію і стали висвячувати уніатських попів, лишаючи православних українців без церков.
Одночасно з тим король перестав брати на державну службу православну українську шляхту; отже, українське панство, щоб мати посаду, почало й собі переходити в унію, а часто й прямо до католицтва. Зміна віри відірвала українську шляхту від міщанства та селян і викликала з їхнього боку ворожнечу до свого ж панства.
Лишившись без помочі освіченої шляхти, українські міщани й селяни все-таки міцно трималися православної віри та, обурюючись на гніт, повставали й, переходячи в козаки, розпалювали ненависть поміж козацтвом до католицької віри, польського та свого споляченого шляхетства.
Повернувшись із Цісарщини з 2000 козаків, Наливайко наприкінці року 1595 під впливом народних хвилювань, викликаних утисками православної віри, став зі зброєю на її оборону. Довідавшись, що єпископ луцький Кирило Терлецький якраз поїхав у Рим до папи висвячуватись, Наливайко прийшов із козаками в Луцьк, понівечив і пограбував майно відступника, взяв із міста викуп і, нагнавши страху на всіх уніатів, рушив далі, на Білу Русь.
Військо в Наливайка швидко зростало. Зброєю він захопив Слуцьк і, забравши там 12 гармат, 80 гаківниць та 700 рушниць, зміцнив свої лави та й подався далі, на Бобруйськ і Могилів, і, здобувши їх, поруйнував костьоли, передав уніатські церкви православним, розігнав панів, сплюндрував їхнє добро; до того ж, ще змусив обоє міст платити викуп.
Тим часом з наказу короля проти Наливайка вийшов коронний гетьман литовський князь Радзивіл із чималим військом, а саме, з 14 000 литовців і 4000 татар. Дізнавшись про це, козацький ватажок вивів своє військо з Могилева на зручну для бою місцевість і там дав армії короля таку відсіч, що Радзивіл не наважився вдруге на нього нападати.
Відбившись од коронного гетьмана, Наливайко рушив на Річицю, але відразу ж наткнувся на військо Уніговсь-кого, озброєне польськими панами. Його хотіли перепинити і знову навернути на бій із Радзивілом, та тільки це не вдалося: козаки вщент розгромили поляків, знищили самого Уніговського й, поминувши Річицю, Турів та Городню, пішли на Волинь.
На початку року 1596-го Наливайко розташувався в маєтках князя Острозького й, певний, що той міцно тримається православної віри, не чинив йому жодної шкоди, але почав шарпати маєтки брата єпископа Терлецького та польських магнатів, одбираючи в уніатів церкви й визволяючи селян од їхніх панів.
Вісті про рух українського люду проти поляків невдовзі дійшли й до Запорожжя, й на початку 1596 року Григорій Лобода з половиною козацького війська виступив із Січі Дніпром у Черкаси; друга ж половина запорожців під проводом Матвія Шаули вирушила кіньми через усю Україну аж на Білу Русь. Обидві частини Війська Запорозького ставали постоєм у панських маєтках, забирали в економіях всілякі припаси, а поспільство підбурювали до непокори, проте насильства над панами не чинили.
Наполохана й розгнівана козаками польська шляхта кинулася із скаргами у Варшаву до короля, і Жигмонт III наказав коронному гетьману Жолкевському, який був тоді з військом у Молдові, йти на Україну та приборкати повсталих. Гетьман прикликав до себе чимало польського панства з надвірними ротами й, приєднавши те рушення, з коронним військом прибув на Волинь. Біля Наливайка на той час зібралося лише 1000 козаків; решта ж порозходилася дрібними ватагами по селах і містах.
Наливайко зрозумів, що в такому становищі не можна йому битися з коронним військом і, забравши свої гармати, почав одходити на Брацлавщину, а звідтіля - на Умань. Жолкевський ув'язливе наступав слідом, намагаючись оточити козаків, і це йому мало не вдалося на перевозі через одну річку. Відчувши лихо, Наливайко потопив свої гармати у воді, порох, кулі тощо закопав у землю і, обминувши Умань, подався на прикордоння Запорожжя, до Чорного Лісу та Чути.