Давня слава Самійла Кішки ще жила в народі й негайно підняла козацтво на ноги. З України на Січ прибуло кілька тисяч козаків, і похід на море був щасливий. Кішка, хоч і не знайшов Скалозуба, та зате наробив туркам багато шкоди й повернувся назад із великою здобиччю, притягши із собою на Дніпро навіть кілька турецьких галер із визволеними невольниками.
Цей вдалий похід об'єднав усе козацтво, й погасла ворожнеча між запорожцями й городовиками, так що наприкінці того ж 1599 року Самійло Кішка повів спільне військо у Молдову допомагати волоському воєводі Михайлові, що повстав проти турків. Той похід зміцнив славу старого козацького гетьмана. Повертаючись на Січ із Молдови, Кішка заїхав до Києва на прощу й заклав там церкву Миколи Доброго на згадку про своє визволення з турецької неволі.
По весні року 1600-го господар волохів Михайло напав на польського ставленика - молдавського господаря Могилу. Польщі довелося допомагати йому, бо Молдова тоді не мала свого війська. З тієї нагоди польський коронний гетьман Замойський звернувся до Війська Запорозького взяти участь у цьому поході, обіцяючи за те ласку короля та грошову плату. Кішка скористався цим випадком, щоб повернути козакам права, надані Стефаном Баторієм, і став умовляти товариство не йти служити тому королеві, який проголосив запорожців своїми ворогами. Козаки послухали старого гетьмана й не рушили із Січі, а тим часом потреба в Польщі на козаків дуже зростала і, зрештою, Кішка дочекався, що королеві довелося самому власноручно писати листа з проханням до тих, кого він засудив на знищення.
Діставши це послання, гетьман одповів, що козаки раді б служити королеві, але тільки з умовою: щоб з них було знято присуд, накладений на них безневинно, щоб їм повернули давні права і щоб захистили від усіх кривд, які над ними чинять польські старости й урядовці. Тільки отримавши од Жигмонта повідомлення про те, що він зараз же надсилає старостам на Україну наказ не утискувати козаків і запевнення подбати на сеймі про повернення запорожцям усіх прав, гетьман Кішка виступив із Січі Дніпром на човнах угору, а, прибувши до Канева та приєднавши до себе городових козаків, повів звідтіля військо, кількістю понад 4000 душ, суходолом до Дністра.
Під Буковим, біля Плоєшті, стався бій козаків і поляків із молдаванами, і, як писав королю гетьман Замойський, “козаки під ворожою пальбою із гармат і рушниць брели болотом та водою вище пояса і, вдаривши спільно з польською піхотою на ворожі окопи, вибили звідтіля молдаван”.
Не встигла завершитися ця війна, як настала нова - Польщі зі шведами, які вийшли на Лівонію та брали місто за містом. Польському урядові знову довелося просити козаків узяти участь у боях, але Самійло Кішка відповів Замойському, що не піде, бо ще не всі жадання козаків задоволене.
За вимогою Кішки польський сейм на початку 1601 року мусив видати закон, за яким присуд 1597 року був скасований: саму ту постанову розірвали, й козакам повернули їхні давні права.
Поставивши козацтво на міцний грунт, гетьман Кішка подбав про те, щоб запорожці і зі свого боку дотримувалися угод. Але Лівонська війна була затяжна й тяжка; людям, як і коням, не вистачало припасу. А зима 1602 року ще більше погіршила становище козацького війська. Старий гетьман намагався втримати козаків на війні і, щоб надати їм бадьорості і завзяття, сам водив загони в бої. В одній із таких бойових сутичок під містом Фелиним року 1602-го Самійло Кішка загинув козацькою смертю - його знайшла куля. Тіло гетьмана козаки з великою шанобою перевезли до його рідного міста Канева й поховали там, за козацьким звичаєм, - з урочистою пальбою.
По закінченні Лівонської війни Військо Запорозьке, заспокоєне на деякий час із боку поляків, знову розпочало боротьбу з бусурманами. Вони нападали на Крим і виходили, хоч і з невеликими силами, в лиман та Чорне море, наскакуючи на дунайські турецькі міста й на Білгород. Року 1604-го польський уряд став турбувати Москву з тим, щоб посадити на царство царя Лжедмитрія і закликав узяти участь у цих походах і козаків. Чимало реєстровців і “випищиків” справді ходили разом із поляками в московські землі, а через те кількість козаків зменшилась. І з цього скористалися татари й великою ордою року 1606-го напали на Україну. Під час того наскоку вони поруйнували всю південну Київщину з Корсунем та Богуславом, і тільки за цим містом запорожці наздогнали орду, відбили частину бранців та змусили ногайців повернутися назад.