Тут козакам трапилась несподіванка. Турецький паша Ібрагім, що його послав султан під Очаків стерегти козаків, очікуючи собі од султана кари за те, що не вловив їх, піднявся на сандалах та човнах угору Дніпром аж до Січі Запорозької, себто до острова Базавлуцького. На Січі тоді козаків було всього сот три, бо всі, хто не був у поході із Сагайдачним, зважаючи на пізню осінь, уже повиходили зимувати на Україну; придатних гармат на Січі теж не було, їх побрали на чайки; так що, не маючи чим оборонитися, запорожці покинули Січ і засіли в плавнях. Паша Ібрагім без перешкоди зайшов у табір, спалив курені й церкву, але, відшукавши дві залишені запорожцями непридатні гармати, взяв їх із собою, щоб похвалитися перед султаном.
Зруйнувавши Січ, Ібрагім, побоюючись здибатись із Сагайдачним на Дніпрі й надумавши повернутись до Очакова через Крим, поплив у Кінські Води, та біля Великого Лугу якраз і натрапив на запорожців, що верталися із Сагайдачним на Січ. Зчинилася кривава битва, яка скінчилася тим, що козаки оточили турків з усіх боків і винищили всіх до одного.
Наблизившись до Січі й побачивши, що вона зруйнована, Сагайдачний не захотів наново будуватися на Базавлуцькому острові, бо він був невеликий і щодалі дужче змивався Чортомликом. Січі там було так тісно, що під час великих негод Запорозьке товариство мусило переїздити на берег.
Сагайдачного й манило на більший простір та привілля… І от, за згодою товариства, він піднявся чайками угору до острова Хортиця й став кошем на руїнах городків славного гетьмана Байди-Вишневецького. Там, на старому Дніпрі, що розмежовує Хортицю й західний берег, біля Малої Хортиці, була добра затока, в якій стояли й зимували запорозькі військові чайки. На східному березі Дніпра проти голови Хортиці ріс гарний дубовий гай, у якому, певне, стояла хата Сагайдачного, бо та місцевість і досі зветься “Сагайдачне”. Величезні скелі урочища “Сагайдачного” теж донедавна зберігали згадку про видатного козацького гетьмана, бо один із великих каменів, що лежав на Середній скелі й був схожий на турецьку софу, люди називали… “Ліжком Сагайдачного”.
Пробула Запорозька Січ на Хортиці недовго, всього сім або вісім років, бо коли після смерті Сагайдачного почалися війни з Польщею і кількість Війська Запорозького зменшилась, воно перейшло із Січчю на стародавнє своє місце - на краще захований лиманами та плавнями острів Буцький або Томаківку.
Славні походи Сагайдачного на турків і татар високо піднесли славу козацтва. Чутка про запорожців, що в'їдалися в самісіньке серце бусурманського світу - Стамбул, тоді коли інші народи Європи з їхнїми військами і флотами не насмілювалися вже про те й гадати, полинула з краю в край, і спілки із козаками почали шукати не тільки близькі його сусіди - Москва й Молдова, а й далекі - італійці, німці й шведи. Та тільки й польський уряд дивився на ту запорозьку славу лихим оком, бо, з одного боку, походи Сагайдачного на Чорне море дратували турецького султана, й він, маючи Польщу за зверхника козаків, погрожував королю Жигмонту війною; з другого ж, польські пани й магнати, власники українських земель, вимагали од короля, щоб той вгамував козаччину, бо їхні селяни-кріпаки під впливом козаків не хотіли їм коритися й або бунтувалися, або втікали на Запорожжя. Король Жигмонт, захоплений розповсюдженням католицтва, і сам ненавидів козаків як оборонців православної віри й під впливом панських домагань вислав на Україну комісарів разом із польським військом, щоб вгамувати українську людність. Вони вимагали від козацької старшини й Сагайдачного вирядити з військом усіх новоприбулих людей і зменшити кількість козаків до однієї тисячі й заборонити їм зачіпати турків.
Щоб не доводити до війни з Польщею, Сагайдачний дав обіцянку комісарам, що підпише згоду на їхні вимоги, та тільки не на всі, й поїде просити короля про зміну деяких пунктів і, таким чином, одтягав справу, сподіваючись, що тим часом виникне якась війна й козаки знову будуть потрібні Польщі; поки війна минеться, то забудуться й ті комісарські вимоги.
На цей раз воно справді так і сталося. Року 1617-го королевич польський Владислав, домагаючись московської корони, пішов на Москву з невеликим військом й опинився в скрутному становищі. Його треба було врятувати, а польський сейм не хотів давати на війну грошей.
Через те король змушений був звернутися до Сагайдачного, щоб не тільки не зменшував козацтво, а, навпаки, збільшив його та повів би на підмогу королевичу.
Маючи надію, що за послугу козаків польський уряд залишить запорожцям усі їхні права, Сагайдачний охоче почав скликати козаків, зібравши їх до 20 000, і літом року 1618-го рушив під Москву, руйнуючи всі міста, які траплялися йому на дорозі. Прибувши під Москву і з'єднавшись із польським військом, Сагайдачний сприяв тому, що московський уряд згодився на деякі домагання поляків і змирився з королем.