Повернувшись із походу, Сагайдачний вирядив запорожців на Січ, городових козаків розпустив по домівках, сам же поїхав у Київ клопотатися за просвітні та релігійні справи. Це було його помилкою, бо коронний гетьман Жолкевський та королівські комісари скористалися з того, що він опинився без війська, й примусили його підписати угоду про те, щоб козаків лишалося всього 3000, а останні вернулися б у підданство до панів.
Коли після того Сагайдачний поїхав на Запорожжя, козацтво зустріло його дуже неприхильне, і, хоч як шанувало його за славні походи, але не подарувало того, що підписав угоду з поляками без волі військової ради. Після дорікань Військо Запорозьке скинуло Сагайдачного з гетьманства, а обрало замість нього Бородавку.
Сагайдачний не образився з того, бо такі зміни були, й, передавши булаву, поїхав у Київ служити Україні тим чином, який мав за найкращий.
На той час закінчили будівлю Братського монастиря на Подолі, та стала працювати при тому монастирі школа; Сагайдачний разом із Плетенецьким та Борецьким узявся до подальшої боротьби проти латинства та спольщення українського народу. На першу чергу він поставив відновлення на Україні православних владик. По смерті Балабана (1607) у Львові, Копистинського (1610) у Перемишлі король Жигмонт віддавав владицтва тільки уніатам, і до року 1619-го на всю Україну лишався тільки один православний владика Тисаровський, та й той здобув сан тільки через те, що обіцяв королеві прийняти унію, хоча й не зробив того.
Почувши, що через Україну має вертатися з Москви в Туреччину патріарх Теофан, Сагайдачний закликав його до Києва на престольне свято Печорського монастиря; разом з іншими православними діячами почав просити його, щоб висвятив для України митрополита і владик. Патріарх не наважувався того зробити, боячись помсти короля й католиків, та Сагайдачний, що держав під своєю рукою всіх городових козаків, узяв на себе відповідальність за безпеку для патріарха, й тоді Теофан висвятив за осінь та зиму 1620 року митрополита в Київ та п'ятьох владик на українські та білоруські кафедри. Дотримуючи свого слова, Сагайдачний з цілим полком козаків провів патріарха аж за річку Дністер.
Король Жигмонт, почувши про висвячення владик, звелів усіх їх захопити та кинути до в'язниць; проте Сагайдачний із козаками не допустили того злодійства й переховували владик у різнцх монастирях. Доки Сагайдачний працював над розвитком української національної свідомості, на Запорожжі гетьман Бородавка водив Запорозьке Військо новим походом на Чорне море. Підпливши знову під Царгород, запорожці почали шарпати його околиці. Турки не чинили козакам жодних перешкод, бо походи Сагайдачного нагнали такого страху на турецьке військо, що яничарів навіть киями не змогли загнати на кораблі, й турецький флот так і не вийшов у море. Погулявши по околицях Царгорода досхочу, запорожці після того пограбували береги мало не по всьому Чорному морю.
Турецький султан, украй роздратований останнім походом запорожців та нападами поляків на підлеглих султанові угорців, послав на Польщу своє військо й неподалік Дністра так розгромив поляків, що сам коронний гетьман Жолкевський наклав там головою, а напольний гетьман дістався туркам у бранці.
Після того погрому Польща опинилася в дуже скрутному становищі, бо підготовленого війська майже не мала, на упорядкування нового не було часу й грошей. Доводилося королеві проти бажання знову звертатися до козаків. Сагайдачний скористався з цього й року 1621-го вирядив на польський сейм свого посла клопотатись, щоб за участь козаків у війні було затверджено православних владик та надано козацтву полегкості. Тільки всі вимоги й докори українського посла пішли на вітер: король та сенатори ніде не хотіли поступатися.
Тоді Сагайдачний задумав повести політику Самійла Кішки й разом із владикою Курцевичем поїхав на Січ умовляти запорожців, щоб не йшли на поміч польському військові, доки король не задовольнить козацьких вимог. Під впливом промов Сагайдачного та владики запорожці зчинили ґвалт, що боронитимуть православну віру до загину свого, а проте, коли королівський посол сипнув грошима та понадавав усіляких обіцянок, запорожці не втерпіли… Війна з бусурманами здавалася їм святим ділом, політика ж для більшості з них не була зрозуміла. Скінчилося тим, що Військо Запорозьке доручило Сагайдачному разом із Курцевичем їхати до короля випрошувати козацькі права, саме ж під проводом Бородавки виступило походом до Дністра на поміч Польщі.