Доки Сагайдачний прибув до Варшави, король уже довідався, що козаки виступили із Січі, й не схотів поступатися; у розмові із Сагайдачним обмежився тільки ласкавими словами, так що той ні з чим повернувся до війська.
Тим часом у козаків настрій перемінився; Бородавці запорожці дорікали за те, що невдало керував військом і втратив уже в зачіпках із турками чимало товариства; коли ж Сагайдачний прибув на Січ, запорожці одразу ж скинули Бородавку з уряду, а обрали гетьманом Сагайдачного.
Прийнявши булаву, Сагайдачний мав владу одвести козаків од Дністра й лишити поляків без підмоги, аж доки король задовольнить його домагання, та тільки знаючи, що на 35 000 польського війська наступає сам султан Осман із величезною силою в 300 000 турків, він зрозумів, що таким вчинком віддав би польське військо на вірну смерть, а саму Польщу разом з Україною - на руїну й загибель; маючи ж короля за свого державця, Сагайдачний вважав такий вчинок зрадою, і його лицарська вдача не дозволила йому так вчинити. Український лицар обмежився тільки тим, що ще раз листом просив короля, щоб за козацьку послугу задовольнив бажання козаків; сам же якнайскорше почав гуртувати навколо себе не тільки козаків, а й тих, хто, не бувши козаком, хотів козакувати. Це добре йому вдалося, бо його ім'я і слава були відомі всій Україні, й на цей заклик зійшлося більш як 40 000 озброєного люду. З тією силою він і рушив за Дністер визволяти коронного гетьмана Ходкевича, що стояв, оточений турками, під Хотином.
Нападаючи на турків несподівано то з одного, то з другого боку, Сагайдачний зумів здійняти в турецькому війську переполох і пробився під Хотин на велику радість поляків, що вже очікували свою загибель.
Поляки тим дужче раділи з приходу козаків, що знали їхню звичку до війни з турками й татарами та їхній войовничий хист. Турки ж вважали козаків за більшу силу од польської і всю увагу звернули на те, щоб перемогти спочатку козаків, а потім уже взятися за поляків. Вони рішуче атакували козацький табір, та Сагайдачний не тільки відбив їх, а ще й сам почав атакувати, розгромивши їхні чати, залоги й окремі загони, ба навіть вдерся в турецький табір.
Така відвага даремно не минулася й самому Сагайдачному, який особисто водив козаків у бій: його було поранено кулею в руку. Проте й це нещастя не зменшило завзяття гетьмана, і він, ховаючись зі своєю раною од товариства, щоб не завдавати козакам жалю, бився поряд із ними до кінця. Хоча війна тривала довго, так що польські шляхтичі занудьгували за домівками і без сорому потай тікали з табору, ховаючись у возах, що йшли за припасом, та Сагайдачний зумів втримати козаків у слухняності, й вони рішуче билися, аж доки султан, побачивши, що нічого не вдіє, змирився з Польщею.
Одходячи з-під Хотина, поляки прославляли козаків та Сагайдачного, називаючи їх збавителями Польщі. Сподіваючись, що так тепер дивиться на козацтво й король, Сагайдачний, повертаючись на Україну, послав до нього гінців із проханням, щоб за послугу було збільшено плату козакам із 40000 злотих до 100000, щоб їм вільно було пробувати по всій Україні в своїх оселях по маєтностях королівських, духовних та панських, користуючись вольностями своїми, та щоб заспокоєно було православну віру. Але козаки вже були не потрібні королеві, сила ж їхня лякала польське панство, й через те король передав тільки через посланців Сагайдачному трохи грошей на лікаря, щоб гоїти його рану; волю ж свою з приводу козацьких домагань обіцяв передати через комісарів. Після того, як Сагайдачний розпустив козаків і повернувся в Київ, до нього прибули комісари й повідомили, що з волі короля військо козацьке має бути зменшене до двох, а найбільше до трьох тисяч; решта ж козаків має вернутися до своїх панів у підданство; що ж до віри, то, мовляв, козакам, як і досі, не було ніякої кривди, то так і надалі не буде…
Така лиха звістка од короля тяжко вразила недужого, з раною, гетьмана. Всі його надії на піднесення українського національного життя шляхом миру та згоди з польським урядом, разом із мріями про те, що Польща колись гляне на Україну, як на свою сестру, в прах розвіялися. Він зрозумів, що кров козаків і його власна кров, пролита за Польщу, тільки зміцнила ворога козацтва. Розкраяним своїм серцем він почав передчувати свою смерть од рани, добутої на війні не за рідний край, а за щастя недругів свого народу, і в останній день життя душу гетьмана охопила туга за покривджену Україну.