Гетьманом стає Хмельниченко. З Умані разом з усіма козаками, що повстали проти Виговського, Сірко почав наступати на нього, і з початку вересня 1659 року обидва козацькі війська зблизилися біля села Германівки. Тут Виговського покинули останні козаки, які ще були при ньому, і він лишився із самими поляками та найманим військом. Зрозумівши, що програв, Виговський не захотів далі проливати марно козацьку кров і сам одіслав клейноди Хмельниченку й зрікся гетьманства.
Ставши гетьманом, Юрась Хмельниченко під впливом Сірка послав полковника Петра Дорошенка сказати начальникові російського війська на Україні Трубецькому, що вся Україна хоче бути під протекцією царя тільки з умовою щоб в українських містах не було російських воєвод ніде крім Києва. Таким чином, нове об'єднання України з Польщею після смерті Богдана Хмельницького розбили виключно запорожці зі своїм жвавим кошовим отаманом Сірком.
Князь Трубецькой, замість одповіді на умови нового прилучення України до російської держави, закликав Хмельницького разом із козацькою старшиною у Переяслав, де стояло російське військо, з тим, щоб зібрати там раду і поставити наново гетьмана. Обрали таки Хмельницького, але йому довелося погодитись на те, щоб російські воєводи, крім Києва, перебували ще у Переяславі, Ніжині, Чернігові, Брацлаві та Умані.
Угода Хмельниченка з російським урядом стала причиною нової війни між Польщею й Росією. Польський король Ян Казимир, знайшоши спілку з кримським ханом, вирушив із великим військом на Білу Русь; татари ж наскочили на Правобережну Україну й, захопивши понад 20 000 ясиру, погнали його в Крим. Не встигши заступити татарам шлях, запорожці під проводом Сірка вистежили їх, коли ті перебирались через Дніпро біля устя річки Самари, й на піскуватих кучугурах Кінського острова року 1660-го, біля теперішнього села І грені, вирізали багато татар і визволили майже всіх українських невольників.
Після того запорожці самі напали на татарські землі. Половина Запорозького Війська, під проводом Брюховецького, здобула Аслам-город, який турки поновили за останні роки, й поруйнувала; друга ж половина із Сірком ходила під Очаків і, пошарпавши його околиці, взяла чимало бранців.
Року 1661-го, воюючи проти Польщі, на Правобережжя прийшло російське військо під проводом Шереметева. Проминувши Київщину, воно подалося на Любар, сподіваючись дістати поміч од гетьмана Хмельниченка з козацьким військом. Проте старшина, незадоволена останніми переяславськими умовами, не квапилася допомагати Шереметєву й не допустила Хмельницького до з'єднання з ним. Поляки ж разом із татарами тим часом напали на росіян і, розбивши їх, оточили біля Чудинова з усіх боків.
Лютуючи на Хмельницького, Шереметєв відкупився від полону тим, що видав татарам у неволю всіх козаків, які були при ньому, хоч ті нічого й не знали про події в козацькому війську. Такий вчинок Шереметєва дуже обурив козацьку старшину і всіх козаків Хмельниченка, і коли поляки й татари почали наступати на козацький табір - не захотіли битися з далеко дужчим ворогом й піддалися полякам на гадяцьких умовах з деякими обмеженнями.
Запорожці під час цих подіій стояли із Сірком на устях Бугу, підстерігаючи там татар); участі у війні з поляками не брали. Проте згода Юрася Хмельниченка з поляками викликала у запорожців велике невдоволення, бо вони не бажали визнати польську зверхність. Військо Запорозьке прагнуло бачити Україну вільною й ні од кого не залежною, і під впливом запорожців по всій Україні того ж року зчинилась колотнеча. На Правобережжя, згідно з умовою з Хмельниченком, почали вертатися польські пани, одби-раючи у селян свої маєтності та привласнюючи собі поспільство; народ же не хотів лізти в ярмо і проганяв поляків, знищуючи їх, де міг. На Лівобережжі козаки, не задоволені російськими воєводамм, намагалися позбутися їх. На обох берегах Дніпра населення поривалося до волі, добутої річками пролитої кроіві, та тільки й там і тут обставини не сприяли тому.
Юрась Хмельниченко не змііг розібратися серед такого замішання. Не з його хистом було вирвати Україну із скрутного становища, й наприкінці року 1662-го він зрікся гетьманства і, передавши, за згюдою зібраної ним козацької старшини, військові клейнодиі своєму зятеві, полковнику Тетері, сам пішов у ченці.
Полковники Лівобережної України Сомко й Золотаренко, що не брали участі в обранні Тетері гетьманом, не визнавали його старшим і почали домагатися гетьманської булави - всяк для себе. Та тільки ні той, ні інший не мали у своїх домаганнях ніякої підтримки в меншому козацтві та простому людові, бо, як і вся того часу козацька старшина, вони, користуючись зі своєї влади, кривдили люд і забирали собі грунти, мілини й таке інше, тобто, як казали запорожці, “запаніли”.