Wespazjan dotrzymał słowa i darował mu życie, postanowił jednak odesłać go wraz z innymi jeńcami żydowskimi do Nerona. I tutaj znowu zaważyły na szali talenty Józefa: umiejętność pozyskiwania sobie ludzi wpływowych i niezawodny zmysł widzenia dalej niż inni. Syn Wespazjana Tytus powziął do niego sympatię i uprosił ojca, by pozwolił mu zatrzymać jeńca przy sobie. Wówczas Józef w rozmowie w cztery oczy podobno trafnie przepowiedział im obu, że kolejno staną się władcami imperium rzymskiego.
Następuje teraz najbardziej kontrowersyjny okres jego życia. Aż do końca wojny rzymsko-żydowskiej był powiernikiem swoich protektorów, służąc im radą i pomocą w zwalczaniu rodaków. Wielokrotnie, szczególnie podczas oblężenia Jerozolimy, występował jako parlamentariusz, nawołując powstańców do opamiętania się i złożenia broni. Żydzi poczytywali mu to za zdradę i w odwet wtrącili do lochu całą jego rodzinę przebywającą w oblężonej stolicy. On zaś usprawiedliwiał się później, że chciał uchronić naród od zagłady, ponieważ wiedział, iż Jahwe przeznaczył Rzymian na władców świata i że dlatego wszelka walka z nimi była daremna.
Gorzej, że nie wahał się brać udziału w igrzyskach i festynach urządzanych w Palestynie dla uczczenia zwycięstwa legionów rzymskich. Patrzał wraz z gnębicielami .narodu żydowskiego, jak tysiące jeńców spędzano na areny cyrków, gdzie ginęli od mieczów gladiatorów lub w szponach dzikich zwierząt. W Rzymie stał w tłumie wiwatującej gawiedzi i przypatrywał się triumfalnemu pochodowi Wespazjana i Tytusa. Prowadzono wówczas w łańcuchach długie kolumny jego współbraci, przeznaczonych na śmierć męczeńską, i noszono jako wojenne trofea przedmioty sakralne drogie każdemu wyznawcy judaizmu: siedmioramienny świecznik, stół ofiarny z litego złota i wzorzystą zasłonę – wszystko wyniesione z płonącej świątyni jerozolimskiej. Józef nie wyznaje nam w swoich książkach, co się podówczas działo w jego sercu, w sercu potomka wybitnego rodu kapłańskiego i królewskiej dynastii bohaterskich Machabeuszów. Było to jednak na pewno rozdzierająco bolesne dlań pożegnanie z całą epoką, która dla niego i dla jego ziomków tak przeraźliwie tragicznie się skończyła.
Wespazjan i Tytus sowicie go wynagrodzili za usługi oddane w Palestynie, a osobliwie za to, że tak nieomylnie ziściła się jego przepowiednia o wyniesieniu ich na szczyt władzy. Pozwolili mu nawet, aby przybrał sobie ich nazwisko rodowe i nazwał się Józefem Hawiuszem. W Rzymie, dokąd przeniósł się na stałe, otrzymał mieszkanie w prywatnej rezydencji Wespazjana, a także obywatelstwo rzymskie, dożywotnią pensję oraz posiadłości ziemskie w Italii i Judei. Domicjan, trzeci z rzędu cesarz z rodu Flawiuszów, obsypywał go również łaskami i zwolnił jego posiadłości ziemskie z wszelkich danin podatkowych.
W życiu rodzinnym szczęście także mu dopisało: z czterema kolejnymi żonami, których losy ze względu na ich niezwykłość zasługiwałyby na osobny opis, miał pięciu synów. Umarł, jak się przypuszcza, w początkach II wieku, w każdym razie wiemy na pewno, że żył jeszcze za panowania Nerwy i Trajana. Jakby dla potwierdzenia, że wszystko, co było związane z jego życiem, musiało mieć obrót paradoksalny, postawiono mu w Rzymie pomnik; czyż można sobie wyobrazić rzecz bardziej fantastyczną, niż ten pośmiertny epilog w życiu człowieka, który był kiedyś kapłanem zburzonej świątyni jerozolimskiej i jednym z najdzielniejszych wodzów powstania żydowskiego, a więc wrogiem Rzymu?
Flawiusz, żyjąc w dostatku, nie uległ jednak pokusie próżnowania, lecz przeciwnie, z podziwu godną pracowitością poświęcił się działalności pisarskiej, podjętej z zamiarem głoszenia chwały swego narodu, a także, może nawet przede wszystkim, wiedziony chęcią obrony swojej osoby przed oskarżeniami rodaków. Wynikiem tego imponującego trudu były dwa monumentalne dzieła, mianowicie Dzieje wojny żydowskiej i Dawne dzieje Izraela, oraz dwie prace o charakterze publicystycznym: Przeciw Apianowi i Moje życie.
Jak oceniła je krytyka naukowa, osobliwie co do ich wiarygodności? Otóż zdania są pod tym względem beznadziejnie podzielone. Jedni odmawiają im wszelkiej wartości, inni znowu nie mają dość słów uznania dla historycznej rzetelności autora. Prawda leży jednak gdzieś pośrodku. W wypadkach, kiedy Józef Flawiusz, z obowiązku klienta Flawiuszów czy też z wdzięczności dla nich, chce w jak najkorzystniejszym świetle przedstawić działalność swych protektorów w Palestynie, a także, gdy sam chce się zrehabilitować przed rodakami -twierdzenia jego należy przyjmować z dużą ostrożnością. Ma on też inklinację do beletryzowania tekstów, czyli, mówiąc bez obsłonek, do koloryzowania. Brało się to wprawdzie z jego określonego wyobrażenia, czym powinna być historiografia, jako że w wyniku takiego literackiego zabiegu narracja stawała się dramatyczna i malownicza – niemniej osłabia to naszą wiarę w ścisłość jego relacji.
Z drugiej strony, jakże uboga byłaby historia powszechna bez książek Flawiusza. Jako żydowski rządca Galilei, a potem jako doradca i powiernik wodzów rzymskich, był nie tylko naocznym świadkiem wielu dziejowych wydarzeń, ale brał w nich bezpośredni osobisty udział. Mając dostęp do archiwów cesarskich, na pewno korzystał z dokumentów, które później zginęły w zawieruchach dziejowych. Wojnę żydowską, a szczególnie oblężenie Jerozolimy opisał chyba na podstawie własnych codziennych notatek, inaczej trudno byłoby wytłumaczyć uderzający fakt, że opis jest tak osobisty, tak porywający w swoim realizmie i bogactwie przytaczanych faktów.
Jednym słowem, dla wielu pokoleń historyków stał się on niezastąpionym źródłem informacji do dziejów narodu żydowskiego. Korzystali z niego pełnymi garściami zarówno pisarze pogańscy, między innymi rzymski historyk Dio Cassius i filozof helleński Porfiriusz, jak też w nie mniejszym stopniu pisarze kościelni Orygenes, Euzebiusz z Cezarei i Hieronim, tłumacz Biblii na język łaciński, tzw. Wulgaty. Tłumaczone na wszystkie prawie języki europejskie, dwa główne dzieła historyczne Józefa Flawiusza cieszyły się poczytnością wśród wszystkich kolejnych pokoleń od chwili ich opublikowania aż po dzień dzisiejszy, a co ważniejsze – stanowiły niewyczerpane źródło inspiracji dla pisarzy, muzyków i plastyków.