Калужскш еп. Виталш былъ враждебно настроенъ по отношенш къ покойному старцу Амвроспо изъ за своего непонимашя сущности старчества. Какъ было сказано, онъ намеревался вывести насильно изъ Шамордина о. Амвройя, который тамъ отдавалъ свои последшя силы на созидаше этой обители. И засталъ старца въ гробу.
Такое непонимаше постигло и старца о. Анатолiя. Это было деломъ «ревностныхъ» лицъ изъ мiрянъ, которыя опасались за судьбу о. iосифа. Действительно, въ эту минуту положеше о. iосифа не имело той твердой почвы подъ ногами, подобно той, какой пользовался о. Амвросш, несмотря на то, что считался по болезни «на покое». Его «начальникъ» о. Анатолш съ благоговешемъ стоялъ передъ нимъ на коленяхъ и считалъ себя его ученикомъ. Теперь же отношеше къ о. iосифу во многомъ зависело отъ о. Анатолiя — начальника скита.
Тихш, смиренный, скромный о. iосифъ казался своимъ защитникамъ неспособнымъ самъ себя отстаивать. Въ его жизнеописаши указано, что еще при жизни старца Амвройя въ бытность его въ Шамордине «прошелъ слухъ» будто о. iосифа хотятъ выселить изъ хибарки о. Амвроая. Ему советовали поехать жаловаться старцу. Однако, о. iосифъ отнесся къ этимъ «слухамъ» безстрастно. Эти советы и были началомъ последующихъ интригъ противъ скитоначальника о. Анатолiя.
Когда же скончался о. Амвросш, эти защитники о. iосифа нашли способъ возстановить епархiальнаго архiерея противъ о. Анатолiя. Изъ за того же непонимашя природы старчества, еп. Виталш не могъ судить о духовности о. Анатолiя и испытывать къ нему уважеше подобно еп. Игнатiю Брянчанинову, беседовавшему съ нимъ объ умносердечной молитве. Онъ поверилъ клевете и отстранилъ о. Анатолiя отъ старчествовашя въ Шамордине и даже запретилъ ему въездъ въ обитель.
Батюшка о. Анатолш очень тяжело переживалъ это запрегцеше. Выедетъ, бывало, на большую дорогу до того места, откуда видна Шамординская обитель и велитъ кучеру остановиться, посмотрить въ ту сторону, слезы потекутъ изъ глазъ и велитъ ехать обратно. О. Анатолш преставился вскоре после о. Амвроая (1894).
Когда старца Анатолiя не стало, положеше его ближайшихъ учениковъ оказалось нелегкимъ. О. Варсонофш ушелъ въ затворъ. Въ течете десяти лѣтъ онъ занимался изучешемъ святоотеческой литературы и молитвой iисусовой. Въ это время его духовникомъ былъ о. Нектарш, который, также, какъ и онъ, въ свое время былъ духовнымъ сыномъ старца Анатолiя. Объ этомъ о. Нектарш свидетельствуете самъ въ жизнеописаши о. Амвроая (Москва. 1900. стр. 134). Между нимъ и о. Варсонофiемъ сохранилась близость до конца жизни.
Когда началась японская война о. Варсонофш былъ отправленъ на фронтъ въ качестве священника при лазарете имени преп. Серафима. Какъ довелось слышать, въ скиту опасались этого умнаго, образованнаго и способнаго быть властнымъ, человека. Другой ученикъ о. Анатолiя, о. Венедиктъ, изъ бела го духовенства, былъ назначенъ настоятелемъ Боровскаго монастыря.
Сохранилось въ «Прибавлеши къ Церковнымъ Ведомостямъ» «Письмо Оптинскаго iеромонаха Варсонофiя съ Дальняго Востока на имя преосвященнаго Вешамина, епископа Калужскаго»:
«Охраняемые Божественною благодаттю и покрываемые вашими святительскими молитвами и архипастырскимъ благословешемъ, все мы, пятеро калужскихъ iеромонаховъ, благополучно прибыли 1–го мая въ городъ Харбинъ, и ожидаемъ указанш о дальнѣйшемъ нашемъ назначеши изъ главной квартиры въ Ляояне.
«Въ Москве мы все явились къ г. Прокурору Московской Сунодальной конторы, и, получивши деньги на путевые расходы, а также и документы, выѣхали изъ Москвы 13 апрѣля. Каждому изъ насъ выданъ былъ ящикъ съ церковною утварью и облачешемъ — походныя церкви. Выдали также святые антиминсы, муро и освященный елей.
«Насъ разместили въ вагонѣ второго класса, и разрешили имѣть при себе ящики съ ризницами, ибо мы заявили, что признаемъ неудобнымъ помещать ихъ въ багаже.
«Въ пути нигде не останавливались, следуя такимъ образомъ безостановочно съ 13 апреля по 2 мая, — 19 сутокъ. Только пришлось переждать несколько часовъ при переправе чрезъ озеро Байкалъ — на пароходахъ. Тамъ мы встретили министра путей сообщешй, князя Хилкова, временно проживающаго въ Иркутске. 25 апреля нашъ поездъ повстречался съ другимъ, на которомъ отправляли въ Росйю пленныхъ японцевъ, въ числе 182 нижнихъ чиновъ и 18 офицеровъ. Видели ихъ мы только на ходу, въ окна вагоновъ. Почти одковременно следовалъ съ нами воинскш поездъ съ Сибирскими казаками. Намъ сказали, что за ними следуютъ Оренбургсюе и Уральсые казаки, въ числе 8 полковъ и 2–хъ конно–артиллершскихъ батарей (две дивизш). Донесся слухъ о первомъ нашемъ сраженш на реке Ялу.