Итак, 22 ноября 1861 года о. Ювеналий был возведен в сан игумена и через неделю, 28 числа, принял должность. 19 декабря он писал архимандриту Моисею: «Братии у нас довольно, 163 человека, и много из них весьма способных, все, по милости Божией, в подвиге духовном, есть очень преуспевшие». Братия полюбили нового настоятеля, но в мае 1862 года архиепископ Сергий просил Св. Синод перевести о. Ювеналия в Курскую Коренную Рождество-Богородицкую пустынь. Преосвященный Сергий писал в Синод, что «игумен Ювеналий приобрел весьма доброе к себе отношение, как человек духовно-просвещенный, в слове назидательный и как ревнитель иноческих добродетелей, своим примером и братию поучающий не менее, как и словом». По указу Синода о. Ювеналий был возведен в сан архимандрита в соборном храме Курского Знаменского монастыря преосвященным Сергием, епископом Курским и Белоградским.
На новом месте возникли большие трудности. Мало было толковых помощников, и он так писал в Оптину о. Исаакию, ставшему настоятелем после скончавшегося в 1862 году архимандрита Моисея: «Знаешь ли ты положение Коренной пустыни и ее жителей, в среду которых я попал? Хорошо тебе там при всём готовом хозяйстве распоряжаться людьми способными и честными, а мне каково было? И при всём том я никого, кроме Досифея, из Оптиной не звал, перемогался с помощью Глинских братии… Глинских я точно звал». Но в первый же год своего настоятельства о. Ювеналий привел обитель в порядок. В отчете о состоянии Курской епархии за 1862 год владыка Сергий писал: «Лучшей обителью в епархии продолжает быть Глинская пустынь, за ней следует Коренная, в которой архимандрит Ювеналий (Половцев) с примечательным успехом проводит в жизнь братии строгие правила иноческие. Он трудится для Бога и других учит тому же».
Через пять лет Св. Синод назначил о. Ювеналия наместником Александро-Невской Лавры. Но опять сказалось напряжение, с каким он совершал свое служение на любом месте: он почувствовал усталость, здоровье его ослабело. Видя, что это состояние не кончается, он стал проситься на покой. Просился он в Оптину и Синод его отпустил. В Летописи Иоанно-Предтеченского Скита 1 января 1874 года записано: «В Новый год у нас в Скиту, в первый раз по прибытии из Невской Лавры в Оптину Пустынь на жительство, служил обедню соборне о. архимандрит Ювеналий с 2-мя иеромонахами и 2-мя иеродиаконами. Получена в монастыре 1-я часть Творений преподобного Петра Дамаскина, переведенная с греческого на русский язык о. архимандритом Ювеналием». Приписка: «А в сентябре получена и 2-я часть». 3 сентября: «Приехал сюда из Черниговской губернии (ездил навестить брата в его имении. – Сост.) о. архимандрит Ювеналий и начал устраивать здесь, в монастыре, свою пасеку за кладбищенской церковью». В октябре: «У о. архимандрита Ювеналия на его пасеке выстроен дом и покрыт железной крышей». 6 июня 1875 года: «Во время ранней обедни было освящение нового корпуса, выстроенного за новым кладбищем о. архимандритом Ювеналием на его пасеке». 24 сентября: «Была у о. архимандрита Ювеналия на пасеке закладка второго корпуса, который в течение нынешней осени отделан начисто». Корпуса эти строились для братии, а сам о. Ювеналий жил в это время в доме Полугарского, где позднее жили писатели К. Н. Леонтьев, а после него С. А Нилус. Здесь он трудился над Жизнеописанием покойного настоятеля Оптиной Пустыни архимандрита Моисея. Оно было издано в 1882 году когда о. Ювеналий находился еще в Оптиной.
В «Предисловии» к Жизнеописанию архимандрита Моисея о. Ювеналий в 1881 году писал: «Несколько человек из братии давно уже собирали понемногу материалы для жизнеописания о. архимандрита Моисея, но дело это всё не приходило к желанной полноте, а потому и к концу. Последним из таких собирателей был иеромонах Климент (Зедергольм), три года тому назад скончавшийся. Всё собранное им и другими монахами вошло в состав настоящего жизнеописания с большими, однако, дополнениями и исправлением неточностей… Полагаю, что задачу жизнеописателя добродетельного мужа составляет не обязанность только обрисовать в общих чертах прекрасную фигуру его нравственного величия, часто недостижимого для простых смертных, а изобразить, для духовной пользы читающих, его верность в малом (см. Л к. 16, 10), выражавшуюся в различных случаях жизни, и то, как он, при помощи Божией, чрез этот подвиг в малом, достигал постепенно духовно-великого, – той победы над страстями души и тела, того очищения сердца, которые составляют цель внутренней жизни и деятельности христианина».
В следующем году вышел перевод на русский язык «Огласительных поучений преподобного и богоносного отца нашего Феодора Исповедника, игумена обители Студийския», над которым о. Ювеналий трудился вместе с отцами Климентом и Анатолием (Зерцаловым). Первое издание этой книги – перевод с греческого языка на церковнославянский преподобного Паисия Величковского, вышло в 1853 году. О. Ювеналий тогда помогал старцу Макарию готовить это издание.
21 мая 1884 года Синод назначил архимандрита Ювеналия наместником Киево-Печерской Лавры. Оптинский «покой» кончился, хотя о. Ювеналий и надеялся на его продолжение. Покой этот был весьма деятельным, – работа над книгами, пасека, построение корпусов, а по Летописи мы видим, как часто он служил в храме – и в обители, и в Скиту. Но – послушание свято. В Киево-Печерской Лавре он быстро входит во все нужды братии и, как всегда, не щадит себя в заботах о святой обители. В начале августа там побывала игумения Арсения, настоятельница Усть-Медведицкого Преображенского монастыря войска Донского, высокой духовности старица, бывшая в переписке с братом святителя Игнатия Петром Брянчаниновым.
6 августа 1884 года она писала из Киева Петру Александровичу: «Познакомилась с наместником (архимандрит Ювеналий Половцев из Оптиной Пустыни). Мне он очень нравится, но по духу, я думаю, мы не можем сойтись. Первая наша беседа была спор. Я люблю поспорить, когда дело идет о различии мнений, но при различии духа спор невозможен, и лучше молчать». 24 августа из своей Усть-Медведицкой обители: «Наместник несколько раз приглашал меня к себе, и по нескольку часов мы проводили в духовной беседе. Из них – результат. Я поняла, что он человек духовный, но насколько он не единомыслен нам, я сужу из того, что, чем дальше шла наша беседа, тем моя душа все глубже уходила сама в себя и закрывалась. Но он хороший монах, кажется, на своем месте. При прощании наместник сказал мне: "Мудрёный вы человек". Он не хочет признать, что стремление у нас к одной цели, что есть оно – это стремление». Трудно судить – в чем было разногласие, так как ничего конкретного не сказано. Одно несомненно: м. Арсения была умнейшая старица, ее письма, ныне неоднократно переизданные, замечательны. Она редкая по убедительности (и духовной красоте слова) наставница в монашеской аскетике. Но и о. Ювеналий – не менее замечательный и духоносный учитель монахов, о чем ясно говорит его книга, выпущенная в свет в 1885 году в Киеве: «Монашеская жизнь по изречениям о ней Св. Отцев подвижников» (есть репринт 1996 года).
Это книга ясная, сжатая (ни одного лишнего слова), выстроенная с неопровержимой логикой и овеянная духом Православия. Подлинно настольная книга новоначального монаха. В ней высказался опыт о. Ювеналия как настоятеля и как оптинского монаха-скитянина, ученика преподобного старца Макария, сотаинника старцев Амвросия и Анатолия. Книга писалась еще в Оптиной в 1875–1883 годах. Как и в книге об архимандрите Моисее, здесь есть предисловие, написанное в Оптиной. О. Ювеналий пишет: «На вопрос: зачем ты пришел в монастырь? – многие отвечают: для того, чтобы душу спасти. А в чем состоит это дело "спасения души", как за него приняться и как проходить его с успехом, объяснить не могут, по неведению. Это и дало мысль составить предлагаемый сборник изречений Св. Отцев, подвижников и учителей Церкви, из которого было бы видно, как они понимал и этот подвиг "спасения души" в монашеском звании. Как Св. Отцы советуют проходить его, по внутреннему и внешнему человеку, чего держаться в жизни как руководящей нити; чем поддерживать себя в трудах и недоумениях, в порывах и приливах борьбы, неизбежных при подвиге; к какой духовной цели стремиться здесь на земле; как избавиться от рабства страстям и достигнуть чистоты сердца, составляющей истинную свободу славы чад Божиих и искомый конец монашеского подвига. Или как, по крайней мере, получить несомненную уверенность в своем вечном спасении и потому небоязненно смотреть на переход в вечность… Мы старались достигнуть наибольшей простоты изложения». Главы этой книги: «Вступление в монастырь»; «Жизнь в монастыре»; «О послушании»; «О посте»; «О бдении»; «О молитве»; «Церковная молитва»; «О келейной молитве»; «О чтении».