Первый номер «Русской Беседы» было намечено выпустить в начале следующего года. Для этого журнала и начал писать по своим многочисленным наброскам статью «О необходимости и возможности новых начал для философии» Киреевский. В феврале 1856 года он отослал ее в Москву. Писалась она по благословению старца Макария и при настойчивых его напоминаниях не мешкать.
В конце Великого поста Киреевский через Москву уехал в Петербург. Его сын Василий окончил Лицей и должен был держать выпускные экзамены. Иван Васильевич хотел присутствовать при этом и помогать сыну в подготовке к каждому экзамену. Приехал он в Петербург в Великий Четверток «От Москвы до Петербурга, – писал он старцу Макарию, – я должен был питаться только чаем и кофеем… нельзя было найти на станциях постного кушанья».
Из Петербурга Иван Васильевич уже не вернулся. 12 июня 1856 года он скончался там от холеры на руках своего сына. Отпет он был в Казанском соборе. Протоиерей Феодор Сидонский сказал при этом: «Да, братия, пред нами гроб русского мыслителя, которому величие и достоинство России, предшествовавшее и ожидаемое, кроющееся в ее религиозно-нравственных верованиях, составляли источник немаловажных утешений, которому "цельный образ воззрения", как сам он, покойный, выражался, – православной славянской старины являлся залогом обновления всего европейского просвещения… Не напрасно же возгласили мы, соучастники печального обряда, почившему рабу Божию Иоанну вечную память, и как христианину, жившему с верою, и как писателю, не стыдившемуся свидетельствовать о вере».
На панихиде в Козельске, в Успенском соборе, куда доставлено было тело Киреевского из Петербурга, священник Александр Елеонский сказал: «Кто не знает, что почивший в Бозе муж был истинно верующим христианином?.. При общей шаткости религиозных убеждений и наклонности большей части учено-образованного мира к рационализму и индифферентизму, он сохранил истинную веру в Бога Творца, Спасителя и Промыслителя… Отрадно вспомнить, с каким умиленным духом он приступал по нескольку раз в год к принятию Животворящих Тайн Христовых, как благоговейно присутствовал в храме при совершении Божественной Литургии и выслушивал по временам разные церковные службы у себя в доме».
О смерти супруга Наталья Петровна узнала от старца Макария – именно он послан был в Долбино «вестником скорби», для утешения и наставления вдовы, своей духовной дочери… Она не пала духом, не оставила ни одного из начатых с Иваном Васильевичем дел. Старца Макария она попросила разобраться в бумагах покойного, и он в августе и сентябре 1856 года несколько раз приезжал в Долбино.
Киреевский был похоронен в Оптиной Пустыни возле Введенского храма рядом с могилой старца Льва (Наголкина). Кроме обычных данных на памятнике новопреставленного было написано: «Премудрость возлюбих и поисках от юности моея. Познав же, яко не инако одержу, аще не Господь даст, приидох ко Господу» (Прем. 8, 21). Этот памятник был поставлен в 1857 году после обсуждения его формы и надписей на нем на годичном поминовении, 12 июня, в Оптиной Пустыни – в самом монастыре и в Скиту. После обедни был накрыт стол в больничной церкви, где, кроме старцев и монахов, присутствовали Наталья Петровна Киреевская с детьми, сестра покойного Мария Васильевна, сводный его брат Василий Елагин и двоюродный брат Александр Петерсон.
В очередном переиздании своего труда «Исторический очерк Козельской Введенской Оптиной Пустыни» иеромонах Леонид (Кавелин) посвятил покойному следующие строки: «Память Ивана Васильевича Киреевского дорога для обители, потому что он был расположен искреннею любовию к ней и к старцам ее; дорога для всех, близко знавших его как человека, обладавшего редким сочетанием прекрасных качеств глубокого ума с кротким и любящим сердцем. Несмотря на свое научное образование, которое, при сей гордости нашего века, может быть признано не за весьма многими из ученых по диплому, Иван Васильевич считал это образование недоконченным зданием и спешил увенчать его покровом сердечной веры. Растворенное солию неземной мудрости – слово отеческое, слово глубокое и вместе простое, слово «помазанное», вносящее мир и успокоение во всякую душу, жаждущую и алчущую правды и истины, это слово удовлетворило вполне его пытливый ум, и с той поры он посвятил себя всецело на то, чтобы отвлечь внимание своих ученых друзей от философских умствований Гегеля, Шеллинга и K°… и обратить их внимание на забытые одними и неведомые другим источники "воды живой" – писания отеческие».
Для Наталии Петровны второй тяжкой утратой стала кончина старца Макария, – он отошел ко Господу 7 сентября I860 года. Вскоре, вместе с братией Скита, Киреевская стала собирать письма старца, а потом занялась в Москве их изданием. Напечатано было шесть частей. Это письма о. Макария к духовным его чадам, монашествующим и мирянам (последним отведен большой том в 760 страниц). Преподобный Амвросий, начавший старчествовать в Оптиной еще при жизни о. Макария, по выходе писем писал Наталье Петровне: «Слава и благодарение Всеблагому Господу, приведшему к окончанию напечатание драгоценных писем блаженного нашего отца. Пользовал он многих при жизни своей, а теперь будет пользовать непрестанно, кажется, и множайших, письменными своими наставлениями. Покойный батюшка отец Макарий по смирению своему лично многое не высказывал, щадя немощь нашу; в письмах же своих он обнажает истину прямо, а часто не обинуясь, как и об Апостоле Павле говорится, что пришествие его смиренно, а послания грозны. Вам же, Н. П., предлежит от людей общая благодарность, а от Бога ожидание милости и воздаяние за искреннее и усердное участие в издании таких душеполезных книг, в которых всякий, произволяющий благое, найдет назидание и утешение в скорби и прямое руководство в духовной жизни».
Но еще и другой памятник задумала соорудить великому старцу осиротевшая его духовная дочь: придел преподобного Макария Египетского в скитском храме Иоанна Предтечи. Как ни много стоило это ей хлопот и средств, но дело было совершено, так как Господь благословил его. Среди икон этого храма была изображающая святых: пророка Илию, священномученика Иоанна, преп. Афанасия, св. Марию Магдалину и мученицу Наталию. «Это Ангелы некоторых близких старцу о. Макарию лиц и благотворителей обители» («Жизнеописание старца Илариона», 1897 г., с. 166). Мученица Наталия (память 26 августа по ст. ст.) – Ангел Н. П. Киреевской.
Духовным ее руководителем стал иеромонах Иларион (Пономарев), скитоначальник, а после его кончины – в 1873 году– иеромонах Флавиан (Маленьков), которого также Наталья Петровна пережила, – он скончался в 1890 году. Господь наградил ее долголетием. Трудно себе представить, сколько она сделала за эти долгие годы добра, – деятельность ее не ослабевала. Издание книг… Обширная благотворительность… В архивах лежит ее переписка с монахами и монахинями многих обителей. Тут Соловки, Киево-Печерская Лавра, Задонская пустынь, Старо-Ладожский, Николаевский Черноостровский в Малоярославце, Белевский Крестовоздвиженский и другие монастыри. Ей пишут епископы, архимандриты, игумены, священники… Многие из них хранили теплые воспоминания о пребывании в Долбине, в гостях у благочестивой странноприимицы.
Небогатое свое имение она поделила между детьми. Дом у Красных Ворот был продан. Не стало средств поправить ветшающий храм в Долбине. И она помещает в газетах следующее обращение: «К благотворителям. Калужской губернии Лихвинского уезда в селе Долбине находится каменная пятипрестольная церковь, которая более 600 лет как сооружена по благодатному явлению святой иконы Успения Божией Матери, от которой и по сие время совершаются дивные чудеса. В настоящее время сей древний храм пришел в упадок – в трех алтарях своды оказали значительные трещины, крышу необходимо перекрыть и стропила все переменить. Иконостасы все пришли в ветхость, словом, исправление храма требует значительных издержек, а средств решительно не имеется. Колокольня при сем храме рушится, начали ее делать вновь, церковь вошла в долг для постройки колокольни, а окончить оную недостает возможности. Почему усердно просим благотворителей не отказать в посильной помощи для поддержания сего древнего замечательного храма». Были ли какие-нибудь пожертвования – неизвестно, однако церковь после смерти Натальи Петровны осталась в хорошо поправленном виде.