Душа старца устремлялась к небу но его здоровье, и всегда слабое, к началу 1910 года сильно пошатнулось. Он часто терпел недомогания, а 10 июля слег после всенощного бдения в сильном жару. Утром пришел оптинский врач иеромонах Пантелеймон. Больному стало совсем плохо, у него появилось такое чувство, что он умрет. Пришли настоятель монастыря архимандрит Ксенофонт и с ним отцы Феодосии и Нектарий. «Отец Феодосии, – вспоминал старец, – говорил, что замечал у меня уже недели три опухоль на лице, и поэтому сразу предложил мне схиму… Я сказал: "Да будет воля Божия, ибо страшно отказываться от схимы. Схима дает прощение всех грехов". Отец Феодосии сказал: "Кто может ручаться, что вы останетесь живы эту ночь?" – Старец Иосиф дал свое благословение. Вечером этого дня, 11 июля 1910 года, о. Варсонофий был пострижен в схиму и, когда все было окончено, сказал: «Теперь должна начаться другая жизнь». Дня через два или три он поднялся с одра болезни. «Схима – это край: или смерть, или выздоровление, – говорил он, – я чувствую, схима меня подняла. Мне надлежало умереть, но дана отсрочка». Это пострижение о. Варсонофия было тайным. Схимническое имя его осталось неизвестным.
В начале ноября 1910 года в Оптиной Пустыни была получена телеграмма со станции Астапово, что близ Москвы, по Рязанско-Уральской железной дороге. Лев Толстой, заболевший в пути после посещения Оптиной и Шамордина, вынужденный сойти с поезда, призывал к себе старца Иосифа. Толстой, как известно, был 22 февраля 1901 года отлучен Св. Синодом от Церкви за хулы на нее и за свое лжеучение. 28 октября 1910 года Толстой бежал из Ясной Поляны… В Оптиной, на запрос настоятеля, была получена и телеграмма из Синода, где разрешалось вместо болящего старца Иосифа (который, впрочем, намеревался, несмотря на болезнь, ехать) командировать игумена Варсонофия. С ним поехал о. Пантелеймон, врач. О. Варсонофий не верил, что Толстой покается, но его телеграмма – как бы предсмертный крик отчаяния – вселяла некоторую надежду… Нужна была беседа с ним, исповедь… По правилам Православной Церкви, Толстой должен был бы предать анафеме свое богохульное лжеучение. И вот старец в Астапове, но родственники Толстого даже не пустили его в дом.
С тяжелым чувством вернулся о. Варсонофий в Оптину Погибла душа… «О. Варсонофию, – вспоминал современник, – всегда было трудно рассказывать об этом, он очень волновался». И. А. Бунин в своей книге «Освобождение Толстого» задает себе вопрос: «Что было бы, если бы Александра Львовна допустила его к отцу?» – и отвечает: «Можно предположить примирение с Церковью». Но вот И. М. Концевич в книге «Истоки душевной катастрофы Толстого» замечает: «Не промыслительно ли не состоялась встреча, так как истинного покаяния и не последовало бы?»
9 мая 1911 года скончался старец Иосиф. О. Варсонофий совершил первую панихиду. Затем панихиды шли беспрерывно. Служили скитский и монастырские иеромонахи. О. Варсонофий сослужил архимандриту Ксенофонту при совершении заупокойной Литургии и чина погребения. Хотя и был старец последние годы болен и почти не покидал своей келлии, но о. Варсонофий почувствовал утрату одной из сильных опор в духовной жизни обители. На его плечи легла как бы двойная тяжесть, и он, несмотря на свои слабеющие телесные силы, нес ее весьма достойно. Он духовно окормлял монахов, мирян-богомольцев, отвечал на многочисленные письма. Вот пишет ему кто-то: «Батюшка! задыхаюсь! Со всех сторон теснят скорби, нечем дышать». Другой: «Впадаю в уныние, что-то темное обступает меня». На это он отвечает: «Иные думают найти покой среди мира – и не находят. Отчего? Оттого, что не там ищут. Покой, и свет, и силы надо искать в Боге, через молитву Иисусову».
В беседе с чадами батюшка говорил так: «В тяжелое время мы живем. Монашество не отличается прежней строгостью, слабы мы и немощны, а приходится иногда ободрять других. Вот и я нахожусь в таком же состоянии, слабый и немощный, сам требую помощи и утешения, а приходится по долгу моего сана утешать обращающихся ко мне. В Оптину приезжают из мира, который уже не стонет, как прежде, а ревет; приезжают, ища утешения и успокоения… по вере своей получают искомое и уезжают умиротворенными».
«Помните, как мы собирались в моей маленькой моленной, которая едва могла всех поместить, – вспоминал он. – Кто располагался на диванчике, кто на стульях, а кто и на скамеечке. И беседовали мы иногда по два или три часа при мерцающем свете лампады перед ликом Спасителя, кротко взиравшего на нас, и с полнотой вырисовывалась белоснежная фигура Ангела. Хорошо нам было! Отдыхали и вы и я душою».
В келлии о. Варсонофия был Казанский образ Божией Матери, который написала для него одна шамординская иконописица-монахиня. Исполняя его заказ, она дивилась, как быстро, легко и хорошо ей пишется!.. Перед этим образом подолгу стоял старец на коленях, припадая к полу седой головой: Матерь Божия утешала его, посылая мир его душе.
Между тем мир в Оптиной Пустыни был несколько поколеблен. В 1911 году несколько человек из братии – иеромонах Моисей (письмоводитель о. Иосифа), иеромонах Ираклий, иеродиакон Георгий и монах Михей подняли бунт против архимандрита Ксенофонта, настоятеля монастыря, начали дерзко высказываться о нем, подбивать братию к непослушанию, словом – внесли в обитель мирской «революционный» дух. Набралась небольшая кучка недовольных «притеснениями» начальства, хотя и незначительная против всего количества братии (которой тогда в монастыре было более трехсот душ), но производившая большой шум. Архимандрит Ксенофонт призвал в монастырь на помощь себе скитоначальника о. Варсонофия, зная его твердость и решительность, и не ошибся. Им вместе удалось навести в обители порядок и удалить из нее смутьянов, но дело на том не кончилось. Пошли от изгнанных жалобы в Синод. К ним присоединились разные недоброжелатели Оптиной (иные и всей Церкви). Много клеветы было нанесено на отцов Ксенофонта и Варсонофия.
Побывала в Скиту, в «гостях» у старца Варсонофия, петербургская аристократка графиня И. Игнатьева, которая держала великосветский салон, где постоянными посетителями были и Великие Князья, и синодальные епископы. Салон был с сильным либеральным оттенком. По поводу разных клевет, обсуждавшихся в ее салоне, она решила побывать у о. Варсонофия, предупредив его, что будет у него не как у старца, а лишь как у скитоначальника. Приехала, пила чай с о. Варсонофием в приемной его, приглядывалась и присматривалась ко всему, а старец демонстративно молчал. Не говорил ни слова, кроме самых необходимых. Разливать чай он пригласил к этому случаю свою духовную дочь, старушку жившую давно в гостинице при Оптиной (это была супруга варшавского генерал-губернатора Максимовича). Старушка отчасти и развлекала гостью. Вернувшись в Петербург, графиня известила синодальные власти, что в келлии старца Варсонофия роскошь (цветы и картины!) и что гостей у него принимает и разливает чай дама. Сильно не понравилась ей висевшая в молельне картина, изображающая Ангела, утешающего скорбную душу. Сказала даже, что сам старец слишком изысканно (!) одет… Как бы то ни было, но Синод решил произвести в Оптиной ревизию и послал для этого епископа Кишиневского Серафима.
Владыка поставил вопрос о возвращении удаленных смутьянов в монастырь. Архимандрит Ксенофонт согласился, но с условием, что они во всем покаются. О. Варсонофий сказал, что не похоже, что их покаяние будет искренним… Монахи были возвращены. Мирянам, жившим возле Оптиной, предложено было выехать, а богомольцам не разрешалось теперь пребывать в гостинице более десяти дней. «Был даже поднят вопрос о закрытии Скита и о прекращении в Оптиной Пустыни старчества», – пишет И. М. Концевич. Этого все же не сделали, но о. Варсонофий пострадал.
Архимандрит Ксенофонт, обремененный тяжкими недугами, недолго жил после всех этих огорчений. Сократили они жизнь и старцу Варсонофию, которого Синод по предложению епископа Серафима перевел из Скита Оптиной Пустыни в подмосковный Старо-Голутвин Богоявленский монастырь. Он просил оставить его в Скиту хотя бы простым монахом – отказали. «Старец воистину тогда страдал, – вспоминал о. Никон. – Делясь со мною скорбью своею, однажды он сказал мне, что от великой внутренней борьбы и скорби он боится, как бы не сойти с ума. И ему, и нам было вполне понятно, что такое распоряжение высшего начальства было для старца наказанием, что оно устроено его недоброжелателями… Подорвалось его здоровье старческое, и без того уже слабое».