Писательница Елена Андреевна Воронова, духовная дочь старца Варсонофия, побывала в Петербурге у митрополита Антония, но он сказал, что не может отменить постановления Синода. Епископ же Трифон (викарий Московский) советовал старцу «Не отказывайтесь от назначения. Этот монастырь находится под моим ведомством, я все сделаю, чтобы вам здесь было хорошо». Единственное, чего добился о. Варсонофий, это возможности провести в Оптиной Страстную седмицу и первые три-четыре дня Светлой, – «чтобы, – как говорил он, – встретить Великий Праздник в родной семье иноков и некоторых мирян, духовных детей моих».
Легко ли было старцу Варсонофию, желавшему умереть в родном оптинском Скиту, покидать его? Но он был монах, душа его смирилась. Стал он собирать в дорогу немногие необходимые вещи, в основном оставляя в домике скитоначальника всё, также и иконы. В день отъезда он отслужил в скитском храме Литургию. Затем братия приходили прощаться к нему в келлию, каждому он кланялся в ноги, дарил на память мелкие вещицы (платочки, иконки, четки…). Многие плакали… Было прощание и в монастыре – молебен, прочувствованные прощальные слова… В три часа дня он оделся, взял ручной саквояж и отправился к парому. Было холодно, шел мокрый снег, дул сильный ветер… Через разлившуюся Жиздру на пароме провожали старца отцы Нектарий и Феодосии. До вокзала в Козельске добрались через три часа, причем о. Варсонофий сильно промерз и должен был в буфете согреваться чаем. Билет был взят третьего класса.
В Москве он остановился в Богоявленском монастыре у владыки Трифона. Тот поселил его в келлии, и он прожил здесь около недели, посещая святыни Москвы. А владыка Трифон в это время хлопотал о нем перед митрополитом Макарием и скоро получил разрешение возвести игумена Варсонофия в сан архимандрита. И вот старец покидает Москву. При подъезде к Коломне стал виден из окна вагона Старо-Голутвинский монастырь. Старец, перекрестившись, сказал: «Вот здесь место моего упокоения… Мне недолго остается жить».
На вокзале его ждал с лошадьми монастырский отец-эконом с золотым наперсным крестом и в шелковой рясе, – его удивил скромный вид приехавшего начальника. Обитель встретила о. Варсонофия колокольным звоном. Он прошел в храм и стал служить молебен. Утешительным для него было то, что здесь, в храме, хранился посох преподобного Сергия, покровителя его. Здесь, у слияния Москвы-реки и Оки, при жизни св. Сергия, ученик его Григорий и основал этот монастырь. Он тогда пришел сюда с посохом, данным ему преподобным.
Старо-Голутвин был в большом упадке. Пятьдесят братии и из них только шесть служащих. Келлии запущены, постройки обветшали, служба идет нестройно и не всегда. В трапезной – щи из прелой капусты и тухлая рыба. А отец-эконом в шелковой рясе и держит личного повара… Начал о. Варсонофий с того, что призвал эконома в трапезную и при всей братии ел с ним вместе прелые щи, выговаривая ему при этом, чтобы он больше не приобретал испорченных продуктов. Затем запретил и эконому, и всем готовить что-либо из еды в келлиях, обязал без опоздания приходить в храм. Позаботился о лучшей одежде для иноков, благоустроил гостиницу для богомольцев, поправил иноческие келлии, приступил к ремонту храмов… Монастырь ожил. О. Варсонофий начал принимать братию и мирян. Стали приезжать скитские братия и шамординские инокини.
Однако духовные чада о. Варсонофия со все большей тревогой приглядывались к нему – он таял у них на глазах, слабел и в начале февраля 1913 года, отправившись в Москву, вдруг вернулся с полпути и слег в постель. 15-го исповедался, приобщился Св. Христовых Тайн и пожелал собороваться, после чего встал как бы здоровый и даже 21 февраля совершил богослужение в кафедральном соборе города Коломны по случаю празднования трехсотлетия царствования Дома Романовых. Но прошло немного времени, и вот, 9 марта он опять вынужден был лечь в постель. 17 марта он составил духовное завещание, а 22-го – прошение к митрополиту Московскому Макарию, – просил перевести его из Старо-Голутвина в Скит Оптиной Пустыни. «Целый год нес я непосильный мне крест, – писал он, – ныне же изнемог до конца. Лежу на одре, может быть, уже смертном…. весь разбитый сокрушившими меня лютыми недугами». В то же время он не переставал принимать тех, кто хотел его видеть.
1 апреля 1913 года в 7 часов утра старец Варсонофий предал свою душу Господу. За час до смерти он говорил окружающим о рае. Его облачили в схиму, как он и завещал. Гроб, обитый черной тканью, был вынесен в церковь, и началось беспрерывное служение панихид, 6-го к монастырю был подогнан траурный вагон (железнодорожные пути проходили близ обители), в котором почивший старец должен был быть перевезен в Оптину Внутри вагона были хоругви, иконы, большой выносной крест и свещница для множества свечей. В Богоявленском соборе во время последней панихиды епископ Трифон сказал прощальное слово, которое все слушали в глубоком молчании. Но недолго длилось это молчание, так как слишком тепло и проникновенно было слово владыки, увлажненное его слезами. Он вспоминал свои встречи с батюшкой. «Сколько чудных вечеров провели мы в беседах! – говорил он. – Какие ценные наставления ты мне делал, какие возвышенные речи вел! Драгоценна была для меня твоя дружба, дорогой брат, батюшка!» Вся церковь рыдала… Владыка сделал земной поклон перед гробом и сказал: «Поклон тебе за твоих духовных детей. Как пастырю, мне прекрасно известно, какое море скорбей, сомнений и греха окружает современное человечество. Знаю я, что люди часто доходят до бездны отчаяния, до самоубийства, – и потому-то я знаю, как драгоценны в наше время именно старцы-руководители, подобные почившему батюшке».
Из монастыря к траурному вагону гроб несли несколько духовных чад о. Варсонофия в сопровождении многолюдного крестного хода. 7-го встречали его в Москве. «Целый день, – писал очевидец, – на платформе сменялась публика: мужчины, дамы, молодежь, монахи, лица духовные, облачавшиеся и служившие литии и панихиды… Ярко горели у гроба принесенные молящимися свечи».
Такая же картина была и в Козельске: панихиды, литии… А на берегу Жиздры на стороне Оптиной гроб ожидали насельники обители и Скита. И вот гроб поднят с парома, процессия с хоругвями под погребальный звон направилась во Введенский собор. Это было в Великий Понедельник. А в Великий Вторник после обедни и соборной панихиды в скитском храме, которую служил о. Феодосии с братией, состоялись похороны. Место упокоения о. Варсонофия устроено было рядом с могилой о. Анатолия. Склеп выложен был изразцами и покрыт кирпичным сводом. Наконец, – отслужен чин погребения… Брошено многими по горсти персти земной в могилу, свод заложен, засыпан землей, над ним установлен большой белый крест с образком Успения Божией Матери и фонариком-лампадкой перед ним…
На сороковой день по кончине старца Варсонофия в храме Скита игумен Феодосии произнес от лица всей братии слово, в котором говорил: «Если, по слову Апостола, "обративый грешника от заблуждения пути его, спасет душу его от смерти и покрыет множество грехов" (Иак. 5, 20), то сколь большей награды достоин тот, кто, может быть, целые сотни, если не тысячи душ привел ко Христу, кто не гнушался никаким грешником, даже, напротив, старался излить на него всю силу своей любви, дабы ею оторвать его от греха».
И эти души платили батюшке преданной любовью, а многие из них навсегда прилеплялись к нему. Среди его чад были также известные духовники и наставники. Письмоводителем и ближайшим учеником о. Варсонофия был о. Никон (Беляев) – последний старец Оптиной Пустыни, окормлявший обитель в самые тяжелые годы разгрома и окончивший свою жизнь в ссылке возле Пинеги. В 1908–1912 годах он вел дневник, куда записывал почти каждое слышанное им слово старца. Исповедовался у о. Варсонофия игумен Феодосии, сменивший его на должности скитоначальника и духовника монашеской братии. Духовным чадом о. Варсонофия был Сергей Александрович Нилус, который впервые побывал в Оптиной в 1901 году и, возможно, уже тогда познакомился с о. Варсонофием. Он стал наезжать в Оптину а в 1907–1912 годах жил возле ее стен в доме, который нанимал ранее у обители К. Н. Леонтьев. Нилус и его супруга исповедовались (причем вместе) у о. Варсонофия. В эти годы разбирал Нилус оптинский архив и многое из него использовал в написанных тогда книгах («Святыня под спудом», «На берегу Божьей реки» и других).