В 1839 году Феодосий Матвеевич, шестнадцати лет, ходил в Киев, попутно заходил в Софрониеву и Глинскую пустыни.
Феодосий Матвеевич был при отце Леониде в Оптиной пустыни четыре раза, хаживал туда обыкновенно к Пасхе. В последний раз он был у отца Льва в год его кончины, в 1841 году. Феодосий вместо года пробыл дома три и поступил в Оптину пустынь уже 7 марта 1844 года.
Приехав в Оптину пустынь во вторник на 4-й неделе Великого поста, Феодосий Матвеевич поместился сначала у отца, который был тогда гостинником, и пробыл у него около месяца; а 16 апреля, в Фомино воскресенье, был помещен в скит.
В скиту Феодосий Матвеевич провел сначала 8 месяцев, с 16 апреля 1844 года по 1 января 1845 года в хлебне и квасоварне.
Затем Феодосий Матвеевич прожил 15 лет, с 1 января 1845 года до кончины старца Макария, в церкви. Сначала определен был указом от 18 августа 1849 года в братство, а 29 августа 1850 года посвящен в стихарь и показан состоящим при пономарне и при ризнице. В 1852 году по указу от 22 февраля накрыт рясофором. 29 апреля 1855 года пострижен в мантию с наречением имени Флавиан.
Отец Феодосий жил в [келлии при] церкви, но как очень старательный, послушливый и способный, он был часто употребляем как для личных услуг старцу отцу Макарию, так и на разные другие труды и занятия. Он сначала помогал отцу Илариону по скитскому хозяйству, а впоследствии, не оставляя пономарского послушания, почти постоянно пребывал в келлии старца отца Макария и отца Илариона для услуг.
В 1855 году отец Флавиан сопровождал старца отца Макария, ездившего по приглашению в Одигитриеву Зосимову пустынь Московской губернии, на освящение храма, которое совершал Преосвященный Филарет Московский.
14 июля 1858 года Преосвященный Григорий Калужский при освящении церкви в селе Скурыничи рукоположил отца Флавиана в иеродиакона.
При последних днях жизни старца отца Макария отец Флавиан находился постоянно при больном, который на его руках и испустил последний вздох свой, назначив отцу Флавиану после себя относиться к отцу Илариону. По кончине отца Макария отец Флавиан оставил должность пономаря и ризничего и перешел из церкви на жительство в скитский корпус.
Новый настоятель отец Исаакий по соглашению со старцами предложил занять место казначея иеродиакону отцу Флавиану, имевшему тогда от роду 40 лет. 29 августа 1862 года отец Флавиан был рукоположен в иеромонаха, а указом от 23 октября 1862 года ему было разрешено впредь до усмотрения исправлять должность казначея.
Перед масляной неделей, в феврале 1863 года, отец Флавиан перешел из скита в монастырь, а 23 июля 1865 года он был утвержден в должности казначея. В этом же году против Казанской церкви стал строиться новый двухэтажный корпус.
19 июня 1866 года отец Флавиан был награжден набедренником, а 15 апреля 1878 года пожалован наперсным крестом от Святейшего Синода.
Еще в 1864 году, при устроении в скитской церкви Макарьевского придела и часовни на могиле отца Макария в монастыре отец Флавиан был ближайшим сотрудником отца Илариона, неся на себе по указанию старца трудовую часть и надзор за постройками.
По кончине старца отца Макария в Оптиной пустыни постоянно по два раза в год совершаемо было его поминовение: 7 сентября, в день его кончины, и 19 января, в день его Ангела, преподобного Макария Египетского. Старец отец Иларион был усерднейшим ревнителем этих поминовений, стараясь о поддержании их чрез изыскание и доставление нужных для того средств. По кончине отца Илариона заботу о продолжении таких поминовений своего старца отца Макария взял на себя отец казначей Флавиан. Но он с такой же любовью и усердием заботился до самой своей смерти и о совершении такого же поминовения другого старца — отца Илариона, совершавшегося 18 сентября, в день его кончины, и 21 октября, в день его Ангела, преподобного Илариона Великого.