В начале лета 1867 года открылись у него признаки чахотки. Между прочим пожелал он съездить на родину повидаться со своими братьями. Но не на радость для него было это свидание. Приехавши домой, он застал братьев своих во взаимной вражде и, как ни старался, примирить их не мог. Так и уехал в скит с великой скорбью по причине немирствия братьев своих. Эта скорбь ускорила развитие чахотки у отца Иоанна. Но он летом все-таки был на ногах и чувствовал себя довольно легко. Только лицо его было чрезмерно бело — прежнего легкого румянца в нем как ни бывало — и несколько припухло. Потому братия в шутку называли его: "Отец Иван сдобный" или "мягкий". Иной брат, бывало, заметит ему: "Отец Иван! Что-то ты плох становишься?". А отцу Ивану воображалось наоборот. Ответит бывало: "А мне думается, что я поправляюсь". Однако к осени болезнь у него так усилилась, что в сентябре 1869 года он переведен был из скита в монастырскую больницу, бывшую при Владимирской церкви. 3 февраля 1870 года он был там особорован святым елеем и келейно пострижен в мантию без перемены имени. Часто был напутствован Святыми Таинствами и наконец 26 марта, во втором часу пополудни, скончался мирно христианскою кончиною в четверток 5-й седмицы Великого поста. 28 марта в субботу Похвалы Богородицы пред обедней тело его перенесено было из больницы в скитскую церковь и после литургии, по совершении над ним обычного отпевания, похоронено на скитском кладбище.
Спустя несколько времени после кончины отца Иоанна (Скорнякова) земляк его, тоже скитский монах рясофорный, отец Иоанн (Побойнин) рассказывал следующее: "Сходивши однажды, по скитскому порядку, на утреннее правило и возвратившись в свою келлию, я прилег на койку отдохнуть. Не успел я еще глаза сомкнуть, как слышу под дверью голос покойного отца Иоанна (Скорнякова). Творит обычную молитву: "Молитвами святых отец наших, Господи Иисусе Христе Боже наш, помилуй нас!" Отвечаю: "Аминь". Голос продолжает: "Благословите войти". Отвечаю: "Бог благословит". Смотрю — отворяется дверь, и входит покойный отец Иоанн. Спрашиваю: "Отец Иоанн! Ведь ты умер?" Отвечает: "Да, умер, но только телом". Еще спрашиваю: "Ну, как тебе там?" Отвечает: "Прежде было очень хорошо, а теперь похуже". — "Как ты проходил мытарства?" — "Милостью Божией счастливо. Но только за кутью уже и трепали меня!"". Это вот почему. Когда покойный был поваром, случалось, нередко готовилась кутья к панихиде по ком-либо из братий или благодетелей. Кутья эта после того относилась к повару, который по окончании обеда и по возглашении вечной памяти усопшему обносил по всем братиям, которые обычно и вкушали понемногу. Отец Иоанн, как очень любивший кутью, старался по возможности оставлять для себя в сравнительно большом количестве. Если кто из братий опаздывал прийти почему-либо в определенное время в трапезу и попросит, бывало, ложку кутьи помянуть покойника, отец Иоанн и совсем отказывал: "А где же ты, брат, был?". Вот за это-то и трепали душу его на мытарствах. Спрашивали некоторые из братий отца Иоанна (Побойнина): "Как же ты это видел — во сне или наяву?". Отвечал: "Сам не понимаю, наяву ли то было или во сне, но только так живо, что как будто я говорил с ним наяву".
Схимонах Иоанн (Чернов)
(†27 декабря 1887 /9 января 1888)
В миру Иван Тимофеевич Чернов. Из крестьян Владимирской губернии и уезда. Впоследствии военный запасный писарь Московского окружного инженерного управления, старшего разряда. Служил в военной службе 6 годов. Поступил в скит, по записям монастырским, в феврале, а по надгробной надписи — в марте 1886 года 28 лет. Послушание проходил в кухне помощником повара и вместе был певчим, пел на левом клиросе первым высоким тенором. По причине болезни в июне 1887 года переведен из кухни в келлию, а из оной в ноябре того же года перешел в монастырскую больницу, где пособорован и пострижен в схиму. Болел чахоткой более полугода. Перед кончиной напутствован Святыми Таинами смотрителем больницы иеромонахом Рафаилом.