6 ноября 1833 года он был назначен настоятелем Николо-Угрешского монастыря под Москвой (по ходатайству митрополита Московского Филарета). Но это назначение осталось только на бумаге. В то время отец Игнатий уже приобрел известность как способный настоятель. Хорошо знавший его и прежде император вызвал отца Игнатия в Петербург.
25 декабря 1833 года игумен Игнатий был назначен настоятелем Троице-Сергиевой пустыни близ Петербурга, а 1 января 1834 года возведен в сан архимандрита. В должности настоятеля Троице-Сергиевой пустыни он трудился в течение 24 лет.
22 июня 1838 года архимандрит Игнатий был назначен благочинным монастырей Санкт-Петербургской епархии. На этом поприще ему пришлось, в частности, потратить много энергии для наведения порядков среди братии Валаамской обители.
Между тем отец Игнатий тосковал по уединению, по аскетическим подвигам. Постоянно отвлекаемый от своего идеала — безмолвия монашеского жития — множеством служебных обязанностей и приемом многочисленных посетителей, он вел самый суровый образ жизни. Среди многих и тяжких испытаний и переживаний приходили к нему и новые утешения: все более ширился круг лиц, настроение которых гармонично сочеталось с высокой духовностью архимандрита Игнатия. Они видели в нем истинного духовного отца, а он радовался сердцем и усматривал в этом общении с духовными детьми исполнение своего жизненного призвания.
В 1847 году архимандрит Игнатий (Брянчанинов) по причине крайне болезненного состояния подал прошение об увольнении на покой. В 1856 году он предпринял путешествие в скит Оптиной пустыни с целью поселиться там для любезного сердцу безмолвия. Он условился с отцом настоятелем о предоставлении ему келлии в скиту и о переделке ее, дал 200 рублей задатка и, возвратившись в свою Сергиеву пустынь, письмом просил Калужского епископа Григория о содействии ему и инокам оптинским в деле о перемещении его к ним в обитель.
На это письмо архимандрит Игнатий получил ответ Преосвященного, который сообщал ему, что настоятель Оптиной пустыни сразу по отъезде архимандрита обратился к нему от лица всего братства с просьбой явить им архипастырскую милость и оградить обитель их от переселения в оную архимандрита Игнатия (Брянчанинова). По всей вероятности, случилось это из-за опасения оптинского братства, что многочисленные ученики архимандрита Игнатия, которые не замедлят явиться в скит вслед за своим духовным наставником, нарушат тишину и безмолвие скита.
Но, несмотря на это обстоятельство, духовно-дружественные отношения епископа Игнатия с иеросхимонахом Макарием не прекращались до самой кончины старца. Святитель Игнатий вел переписку с преподобными Львом и Макарием.
И хотя святитель Игнатий положительно отзывался об Оптинской обители и особенно о ее старцах, но считал, что в Оптиной пустыни придают особое значение лишь телесным подвигам, не ведая о внутреннем делании.
27 октября 1857 года архимандрит Игнатий был хиротонисан во епископа Кавказского и Черноморского. 4 января 1858 года он прибыл на место своего нового назначения в город Ставрополь и в канун Богоявления совершил здесь первое свое служение.
Епархия, во главе которой был поставлен епископ Игнатий, потребовала от него крайнего напряжения сил. Учреждена она была сравнительно недавно (епископ Игнатий был третьим архиереем на этой кафедре). Но здоровье его все ухудшалось. В июле 1861 года он почувствовал полное изнеможение и невозможность продолжать управление епархией и подал прошение об увольнении на покой с определением ему места жительства в Николо-Бабаевском монастыре. Прошение это было удовлетворено 5 августа 1861 года, а в октябре того же года он приехал в избранную им пустынную обитель, которую получил в управление. Этой обители суждено было стать его последним земным пристанищем.
В 1867 году владыка с большим трудом совершал последнюю литургию на Святую Пасху. Уклоняясь от общения с людьми, он жил еще телом на земле, но душой уже был в другом мире.
30 апреля 1867 года святитель Игнатий мирно преставился ко Господу.
Погребение владыки Игнатия было совершено по пасхальному чину 5 мая 1867 года в Николо-Бабаевском монастыре епископом Кинешемским Ионафаном, викарием Костромской епархии.