Став скитоначальником, преподобный Макарий обратил особенное внимание на чтение, пение и вообще порядок церковной службы и, будучи сам знатоком церковного устава, проходя порядно должности канонарха и уставщика (еще в Площанской обители), любя и зная твердо нотное церковное пение, личным руководством, трудом и терпением постепенно ввел порядок и точность в отправлении церковных служб, ровное чтение без ложной чувствительности и тщеславия голосом; им же введена была в скиту должность канонарха и пение на подобны, которое отсюда перешло в монастырь. Он обратил внимание скитской братии на изучение церковного пения по нотам и ввел пение по обиходу: догматиков, славников и антифонов. Во время великопостных служений, преимущественно первой и Страстной седмиц, когда вся скитская братия готовилась к причащению Святых Таин, установлено было старцем на шестом часе чтение из творений преподобного Иоанна Лествичника с таким расчетом, чтобы вся книга была прочтена в течение Великого поста: для чего он сам размечал ее и назначал, сколько именно в какой день прочесть. Но и после введения вышеозначенного порядка по церкви старец постоянно наблюдал за поддержанием оного, никогда не оставлял без замечания в отношении церковного устава чтения или пения не только важной ошибки, но и малейшего опущения: разделит ли канонарх не на месте церковную стихиру (с нарушением смысла), ошибутся ли в чем-нибудь певчие на клиросе, чтец суток или канона — старец не оставлял их без вразумления. Если нужно поправить тон или напомнить забытый напев, сам запевает ирмос или указывает чтецу, где он ошибся и как надобно поправиться. А канонарха по окончании стихир зовет к себе с книгою и указывает, как надо правильно разделить ту или иную стихиру. И все это — с любовью, кротко, тихо, вразумительно. Вместо всяких оправданий сделавший ошибку обыкновенно говорил: "Простите, батюшка", на что старец отвечал: "Бог простит!" — и благословением оканчивалось дело.
Семь лет прожил отец Макарий со своим учителем, а по его кончине самостоятельно выступил на подвиг старчества. Еще при жизни старца Льва все относящиеся к нему ученики привыкли смотреть на преподобного Макария как на его духовного друга и сотаинника. А потому после кончины преподобного Льва они, нимало не колеблясь, обратились за духовным окормлением к отцу Макарию. Одаренный духовным рассуждением и обладавший твердой памятью, старец наставлял своих учеников словами Священного Писания и отеческих поучений, глубоко укоренившихся в чистоте его ума и сердца. Доколе позволяли ему силы, он старался прежде всего поддерживать в монастырском братстве, так же как и в скитском, заведенное его предшественником отцом Львом откровение помыслов, от которого проистекает хранение совести, справедливо признавая сие делание основанием внутреннего благоустройства и порядка, а следовательно, и процветания обители.
Усвоив себе, по слову преподобного Иоанна Лествичника, матерь дарований — смирение, старец поставил ее на страже прочих дарований, которые даны были ему на общую пользу.
Известен такой случай: к преподобному Макарию привели одного бесноватого, который ничего ранее не знал о старце и никогда его не видел. Бесноватый, бросившись к приближающемуся старцу с криком: "Макарий идет, Макарий идет!" — ударил его по щеке. Преподобный тут же подставил и другую щеку, а больной рухнул на пол без чувств. Очнулся он исцеленным: бес не смог перенести великого смирения старца.
Наделил Господь преподобного Макария и даром духовного рассуждения. Каждому приходящему к нему на откровение помыслов он подавал приличное немощи врачевство, предлагая всем, требующим от него духовного совета, наставление правое и истинное, по учению святых и богоносных отцов.
Его смиренное слово было словом действенным, словом со властью, ибо оно заставляло повиноваться и верить неверующего. Смирение проявлялось и во внешности преподобного, в его одежде, в поведении, в каждом жесте. Лицо его было светло от постоянной Иисусовой молитвы, творимой им, оно сияло духовной радостью и любовью к ближнему.
Любовь старца, какой он возлюбил от юности всей душой Господа Бога, была поистине пламенная и деятельная. Исполненный такой любви, старец обильно проливал милость на духовных своих детей, объемля их всех душой своей и вмещая в своем сердце. По примеру нашего Создателя и Искупителя он не отвращался ни от кого, приходящего к нему и требующего милости душевной или телесной, и никого не отпускал от себя, не оказав чем мог внимания его нужде.