Преподобный Анатолий стяжал и дар исцелений, который действовал как по его молитвам, так и от его одежды.
Но исцеляя многих болящих, сам старец страдал тяжкими болезнями. От молитвенных бдений и стояний у отца Анатолия развилась болезнь ног, отчего они были в ранах. От многих земных поклонов старец страдал грыжей, поэтому он в последние годы вынужден был принимать исповедь, сидя на маленькой скамеечке.
Дар прозорливости, который стал заметен в старце еще в пору его диаконства, с годами испытали на себе практически все духовные чада преподобного.
Духовное руководство старец Анатолий основывал на свободной воле человека: его старческий совет не лишал человека свободы выбора. Благословение старца не было приказом, но призывом и указанием. Духовничество его отличалось особой кротостью и мягкостью. Советы и благословения он зачастую давал не сразу, а после некоторых расспросов, давая возможность духовным чадам самим уразуметь волю Божию о себе. Обычно перед принятием важного решения старец благословлял прежде высказать свое желание в молитве к Господу.
Старец всегда радовался, когда видел, как духовные чада понуждают себя к исполнению послушания: "Ну, спаси тебя Господи за то, что послушалась меня", — обратился он как-то к своей духовной дочери.
Школа послушания у старца требовала терпения и отсечения своей воли. Старческое руководство защищало душу невидимой твердой стеной. Послушание старцу приводило к совершенному спокойствию и беспечалию.
Преподобный Анатолий любил Россию, русский народ и предсказывал:
"Будет шторм. И русский корабль будет разбит. Но ведь и на щепках и на обломках люди спасаются. Не все погибнут… А потом будет явлено великое чудо Божие, и все щепки и обломки соберутся и соединятся, и снова явится великий корабль во всей своей красе! И пойдет он путем, Богом предназначенным!".
Но сначала Оптиной и ее последним старцам предстояло вместе со всей Россией взойти на свою Голгофу. Преподобный Анатолий писал одному из духовных чад, готовя его к предстоящим событиям:
"Бойся Господа, сын мой, бойся потерять уготованный тебе венец, стой в вере и, если нужно, терпи изгнание и другие скорби, ибо с тобой будет Господь".
"Положись на волю Господню, и Господь не посрамит тебя… Пред кончиною своею будешь благодарить Бога не за радости и счастье, а за горе и страдания, и чем больше их было в твоей жизни, тем легче будешь умирать, тем легче будет душа твоя возноситься к Богу", — так учил своих чад преподобный Анатолий и жизнью своей, и блаженной кончиной.
После закрытия монастыря и реорганизации его в сельхозартель старец был арестован. По дороге в тюрьму он тяжело заболел, и ему, ошибочно приняв за тифозного, остригли волосы и бороду. Вернулся он в обитель совсем измученный, еле живой, но со светлой улыбкой и благодарением Господу. Когда его увидели остриженным, многие не узнали батюшку, а потом очень опечалились. Старец Анатолий веселый вошел в келлию и сказал, перекрестившись: "Слава Тебе, Боже! Слава Тебе, Боже! Слава Тебе, Боже!" — и, осмотрев всех, добавил: "Посмотрите, каков я молодчик!". Потом сел пить чай и весело рассказывал о своей поездке в Калугу: "Как там хорошо! Какие люди хорошие! Когда мы ехали в поезде, у меня была рвота. Дошли пешком, а там владыка Михей почему-то стал требовать лошадь. И зачем это он выдумал? Все братья пошли, а мы сидели в "чеке". Там курили, было душно. У меня поднялась рвота, и меня отправили в больницу, подумали, что у меня тиф. Там меня остригли, но это ничего — так гораздо легче. Доктор такой хороший сказал, что по ошибке счел меня за тифозного и велел остричь, — очень извинялся. Такой хороший! Сторож в больнице тоже очень хороший… Сестра — тоже очень хорошая — была у отца Амвросия". Слушавшие рассказ батюшки очень расстроились по поводу остриженных волос. Старец Анатолий достал откуда-то бумажный пакетик и развязал его. Там оказались его остриженные волосы. Старец переложил их в чистую бумагу, завернул и надписал: "М. Анатолии Мелиховой" — и отдал пакетик матери Анатолии. "Я попросил себе эти волосы. Им ведь они не нужны. И они мне их отдали. Да, хорошие люди, хорошие… Знаешь, тот, кто меня арестовал, после сказал, что по ошибке меня арестовал, и просил простить его и даже руку у меня поцеловал. Я сказал, что это ничего, что я очень рад, что съездил в Калугу". Свою "арестантскую" поездку в Калугу в сопровождении чекистского конвоя, поругания и тяжкие страдания старец описывал с детским беззлобием и райским благодушием — как духовное паломничество. Старец никого не осудил. В тяжких испытаниях он явил правду Божию, исполнил заповедь Господню о любви к врагам: благословлял глумившихся, прощал ненавидевших, молился за обижающих.