По окончании гимназии Николай находился в некотором замешательстве, так как совершенно не имел понятия о том, где продолжать учебу: кроме Господа его ничего не интересовало, сердце его не лежало ни к каким иным наукам, кроме науки о спасении своей души. Поэтому в Московский университет он поступил с полным безразличием, за компанию с младшим братом Сергеем, правда, тот — на химический, а Николай — на физико-математический факультет. Проучился он один лишь год, если можно назвать учебой в университете почти ежедневное хождение к Божественной литургии.
В монастырь Николай и его младший брат Иван поступили несколько необычным порядком. В то время, как Иван рвался туда, сильно тяготясь пребыванием в миру (в 17 лет), не желая и думать о семейной жизни, влекомый в монастырь по юношескому максимализму, Николай сделал этот шаг более спокойно, как бы не по своему желанию, но ведомый Господом, легко последуя Его святой воле. Он даже на вид как бы и не принимал участия в этом выборе, предоставив его Господу. Нужно отметить, что и сам монастырь не был выбран самочинно, а выпал по жребию: братья разрезали на полоски список Российских монастырей, вырванный из справочника, и, помолившись, вытянули Оптину, о существовании которой до того времени ничего не знали. Затем владыка Трифон (Туркестанов), сам некогда подвизавшийся в этой святой обители, благословил их попробовать пожить в Оптинском монастыре.
Когда Николая уже приняли в скит, разговор его со старцем Варсонофием был таков: "…Батюшка начал говорить о принятии нас. Иванушка только этого и ждал. А что же мне?
— Как вы, Николай Митрофанович?
— Я не знаю, батюшка, как вы скажете, есть ли смысл поступать мне в скит или подождать до времени, ибо вы прежде говорили, что придет время.
— Конечно, есть. Поступайте.
— Хорошо".
Это видимое безучастие к своей судьбе на самом деле показывает то послушание, которое к тому времени уже имел к Господу и старцу юный Николай Беляев.
Николай поступил в Оптинский скит 19 лет от роду, в декабре 1907 года, и сразу предал себя в полное безропотное послушание преподобному Варсонофию. И уже через год (!), 30 января 1909 года, старец впервые назвал его, 20-летнего юношу, своим сотаинником!
В отношениях послушника Николая и преподобного Варсонофия мы видим пример истинных, идеальных отношений между старцем и учеником. Глядя на жизненный путь преподобного Никона, на его твердую веру и постоянное благодушное благодарение Бога во всех испытаниях, невольно вспоминаются древние патерики, рассказывающие о великих подвижниках далекого прошлого, и хочется сказать словами египетского старца, преподобного Пимена, наставника преподобного Иоанна Колова: "Приидите и видите: се — плод послушания!".
Но всего лишь четыре года и четыре месяца послушник Николай имел возможность перенимать опыт своего наставника, а затем, по переводе последнего настоятелем в Старо-Голутвин монастырь, ему пришлось довольствоваться лишь письменным и молитвенным общением. А еще через год старца не стало.
"Молю Господа, чтобы поставить мне вас на ноги, чтобы укрепились ваши ноги, еще детские… Одного прошу у Бога, чтобы встали вы на ноги, окрепли…" — часто говорил преподобный Варсонофий своему ученику. Пять с небольшим лет отпустил Господь на становление и укрепление в духе молодого подвижника, который лишился своего наставника, будучи 24 лет от роду. Лишился наставника на земле, но приобрел еще более дерзновенного молитвенника на небе. "Я уже буду лежать в земле сырой, — говорил старец Варсонофий своему ученику, — и придет моя деточка на мою могилку и скажет мне: "Милый батюшка Варсонофий! Помоги мне, помолись за меня, мне очень тяжело!". Так, моя деточка, так…."
В 1910 году Николай стал рясофорным послушником.
В 1913 году скончался преподобный старец Варсонофий Оптинский. Если вспомнить ту теснейшую духовную любовь и привязанность между старцем и его учеником, вспомнить, как тосковала душа послушника, когда его старец ненадолго заболевал или недели на две отлучался из обители, то не скорбью ли было отшествие учителя в мир иной? А его погребение? В те дни инок Николай, прикованный к постели, лежал в лазарете, не имея возможности даже проститься со своим старцем, обливаясь слезами о своем сиротстве и слушая печальный погребальный перебор оптинских колоколов, возвещавший о том, что происходит за стенами больничной палаты. Лишь через месяц отец Николай смог прийти на могилу милого его сердцу батюшки…