В Дневнике послушника Николая встречаются записи, говорящие о том, как тяжело было ему покидать любимый скит даже на самое короткое время, когда, например, нужно было сходить в монастырь и обратно по послушанию. Монастырь он не любил из-за многолюдства, а службы монастырские — из-за излишней торжественности и нотного пения, отвлекавших от молитвы… А вскоре после смерти преподобного Варсонофия отца Николая перевели из скита на послушание (и жительство) в монастырь. Каково было расставаться ему с "милым скитом", как ласково называл отец Николай свой "земной рай"?
24 мая 1915 года инок Николай был пострижен в мантию с наречением имени Никон, а 3 ноября 1917 года рукоположен в сан иеромонаха. Впервые он был арестован в 1919 году; вот его письмо к матери из этого первого заключения:
"Христос посреди нас! Мира и радования желаю тебе, дорогая мамаша, и шлю тебе иноческий привет. Ныне я узник, и хочется сказать, узник о Христе, ибо хотя я и грешен, но в данном случае совершенно неповинен, как мне кажется. Сижу в темнице без предъявления мне какой-либо вины и, как видно, только потому, что я монах, что я трудился для обители. Да будет воля Божия, благая и совершенная! Благословляю Господа, на Господа надежду и упование мое возвергаю, в Господе отраду мою нахожу. 17 сентября, помолившись за литургией и отслужив после нее молебен о твоем здравии и прочих близких моих, я, возвратившись в келлию, был арестован и отправлен в г Козельск в тюрьму, где и нахожусь. Со мною еще четыре человека духовного звания: такие же узники о Христе, и потому среда, в которой я очутился, не тяготит меня. Я даже благодушествую. Но ожидая всегда смерти, я решил в день моего рождения обратиться к тебе, дорогой моей мамаше, с моим, быть может, последним словом и приветом. Да благословит тебя Господь! Как иерей призываю на тебя Божие благословение и молю Господа, да воздаст Он тебе вечными милостями Своими и вечным блаженством за все то добро, какое я получил от тебя. Да почиет на мне твое родительское благословение, которого усердно прошу у тебя. Помню тебя и здесь в заключении, приношу Богу мою молитву о тебе, хотя и слабую по немощи моей. И себя, и дорогую мне обитель нашу, и тебя, и всех, и всё предаю Господу моему Богу, Творцу и Промыслителю, ибо Он печется о всех и о всем и творит то, что нужно и полезно нам. Усердно прошу твоих св молитв о мне, грешном, о спасении моей грешной души: спасение души — цель земной жизни. И что мне более нужно? Если бы я достиг сей вожделенной цели! Посему и прошу молитв о моем спасении. Твердо верю, что в руках Божиих, и спокоен. Чаю жизни будущаго века. Аминь.
Прошу передать от меня Божие благословение маме крестной (прошу ее святых молитв и благословения), сестре, братьям и всем прочим родным и знакомым: о всех их молился всегда, да благословит и спасет их Господь. У всех прошу прощения, а наипаче у тебя, ибо ошибки мои сознаю.
Прости. Господь да будет со всеми вами. Грешный иеромонах Никон. 26 сентября /9 октября 1919 г. Козельская тюрьма".
На долю преподобного Никона выпало перенести закрытие Оптинского скита и самого монастыря, постепенное изгнание оттуда всей братии, два ареста и, наконец, ссылку на далекий Север (3 года и 5 месяцев, а вместе с тюремными заключениями — 4 года и 4 месяца). Он разделил судьбу страны, судьбу своего народа, горячо любимого им, истинным сыном Православной Церкви.
На Вербное воскресенье 1923 года преподобный Никон был снова арестован вместе с некоторыми другими оптинскими отцами. Но и на этот раз все они вскоре были отпущены.
В том же 1923 году Оптина была закрыта, а братия распущена (в том числе арестована и выслана). Монастырь продолжал существовать под видом сельскохозяйственной артели, кое-кому из престарелых монахов удалось остаться, а остальные были вынуждены покинуть обитель. Еще в течение года продолжалось богослужение в Казанском соборе, в котором и был назначен служить и окормлять приходящих преподобный иеромонах Никон — последний духовник Оптиной пустыни. Подвиг старчества он принял на себя тоже за послушание, как это и было заведено в Оптине. Архимандрит Исаакий II, последний настоятель обители, вынужденно покидая ее, сказал: "Отец Никон! Мы уходим, а ты останься. Благословляю тебе служить и принимать на исповедь". В те страшные годы верные чада Церкви особенно нуждались в укреплении и утешении, и именно такой духовной опорой стал для многих из них преподобный Никон.
В 1924 году последний храм Оптиной был закрыт, и преподобный Никон переселился в Козельск, где и жил вплоть до своего второго ареста и ссылки. В Козельске он служил в Успенском соборе, окормлял чад, приходивших к нему, а также уцелевших шамординских монахинь. В трудных случаях батюшка Никон советовался с преподобным Нектарием Оптинским, который после своего ареста передал своих духовных детей отцу Никону.