В 1930–1940-е годы, когда огромное большинство католиков были настроены профранкистски, молчание Эскрива часто толковалось как признак скрытого либерализма, в I960–1970-е годы, когда мнение католиков изменилось, такое же молчание трактовалось как маскировка профранкистского консерватизма.
Что касается личных отношений между Эскрива и Франко, то, согласно документам, они были знакомы, но не были друзьями. Задокументированы всего лишь три встречи — одна в 1946 году, когда конференцией испанских епископов Эскрива был назначен проповедником Франко и его жены в их молитвенном уединении (каждый год для этой церемонии выбирался испанский священник); второй раз в 1953 году, когда член Opus Dei, антифранкист Рафаэль Кальво Серер был оклеветан в испанской печати, Эскрива потребовал аудиенции у Франко, чтобы защитить Серера; и третий раз в 1962 году во время переговоров в испанском правительстве об официальном признании ученых степеней, присваиваемых курируемым Opus Dei Наваррским университетом в Памплоне. Духовные обряды происходили во дворце Пардо с 7 по 12 апреля 1946 года и были подготовлены монсеньором Леопольдо Эйхо и Гарай, епископом Мадрида.
Кроме того, после переезда в Рим в 1946 году Эскрива письменно уведомлял Франко о каждом своем приезде в Испанию просто для того, чтобы сообщить, что находится на испанской земле. Эти послания, приведенные в биографии Эскрива, написанной Васкесом де Прада, очень учтивы, но вполне официальны.
Предположение о профранкистских взглядах Эскрива и Opus Dei обычно базируется на том факте, что в 1957 году трое членов Opus Dei стали министрами в правительстве Франко. Альберто Улластрес Кальво, профессор экономической истории университета Мадрида, стал министром торговли; Лауреано Лопес Родо, ученый, стал ученым секретарем государственного департамента (позже он сделался министром без портфеля и членом комиссии по плану экономического развития); Мариано Наварро Рубио, директор-распорядитель Banco Popular, возглавил министерство финансов. В 1962 году еще один член Opus Dei Грегорио Лопес Браво Кастро стал министром промышленности. В своей книге Spain: Dictatorship to Democracy Раймонд Карр и Хуан Пабло Фуси охарактеризовали этих министров из Opus Dei как «сторонников быстрого капиталистического роста и «нейтрализации» политики через процветание».
Opus Dei был не единственной католической организацией Испании, члены которой служили режиму Франко.
Президент Catholic Action в Испании Альберто Мартин Артахо был назначен министром иностранных дел в июле 1945 года и перед принятием этой должности получил благословение епископата Испании. Вообще из 116 министров, назначенных Франко в его одиннадцать правительств между 1939 и 1975 годами, только восемь были членами Opus Dei. Один из восьмерых умер через три месяца после назначения, а еще четверо сохранили свои должности только в одном составе правительства. Министры Opus Dei считались частью «технократического» крыла режима Франко, и некоторые историки приписывают им проведение экономических реформ, определивших место Испании в современном мире.
При этом очень многие члены Opus Dei принимали активное участие в антифранкистском движении.
Рафаэль Кальво Серер, нумерарий Opus Dei, был либералом-монархистом и влиятельным литератором. В 1953 году он был изгнан из Верховного совета по научным исследованиям за опубликованное им в Париже эссе, в котором критиковалось правительство Франко. С 1966 года он стал издателем газеты Madrid, которую впоследствии закрыла правительственная цензура. После серии судебных процессов он эмигрировал в Париж Вернувшись в Испанию, он вместе с секретарем испанской коммунистической партии основал Junta Democratica, целью которой стала подготовка способа перехода к демократии после свержения режима Франко. Антонио Фонтан, другой член Opus Dei, сотрудничал с Кальво Серером в Madrid. Потом помещение редакции газеты было взорвано сторонниками Франко. Мануэль Фернандес Ареал, нумерарий Opus Dei, при Франко был заключен в тюрьму за критические статьи, опубликованные в Diario Regional de Valladolid.