Юный Локк уже второй год находился в стенах Вестминстерской монастырской школы, когда по приговору чрезвычайного парламентского заседания был казнен король. Известия о политических событиях будоражили школу, а царившая в ней обстановка сама по себе отвращала учащихся от прежних порядков. Обучение велось на схоластический манер, преподаватели оберегали своих питомцев от новых философских учений, как от скверны. В 1652 г., по окончании курса обучения, Локк поступает в колледж Христовой церкви Оксфордского университета.
В течение более чем тридцати последующих лет судьба студента, затем бакалавра и магистра Локка так или иначе была связана с этим старинным высшим учебным заведением.
Как лучшего ученика Локка приняли на казенный счет. Оксфорд перешел тогда в руки пуритан, но в его стенах продолжала господствовать схоластика. Локком овладевает глубокое разочарование в догматической философии, и когда позднее он резко осудил академическую культуру своего века, то имел в виду и затхлую атмосферу своей консервативной alma mater. Религиозную нетерпимость англикан в стенах Оксфорда после победы революции сменила не меньшая нетерпимость индепендентов. Надо наметить, что, возненавидев религиозных фанатиков («энтузиастов») и схоластику, для некоторых представителей последней Локк сделал исключение: он считал Оккама, автора знаменитой «Бритвы», выдающимся мыслителем.
Руководствуясь мотивами, близкими к тем, которые побудили их прежде установить диктатуру Кромвеля, правящие классы в 1660 г., после смерти лорда-протектора и отказа его старшего сына унаследовать этот титул, предпочли реставрировать династию Стюартов: они надеялись, что установится наконец необходимая для них социально-политическая стабильность и что сын казненного короля, сделав выводы из минувших событий, будет проводить приемлемую для буржуазии политику. Надежды эти, охватившие вначале значительную часть общественности, не оправдались, и в этом скоро убедился и Локк.
Первые годы Реставрации были для Локка годами научного самоопределения. Поскольку он не пожелал принять духовный сан, путь к университетской карьере в силу действовавшего тогда в Оксфорде устава был закрыт, хотя его и допустили к преподаванию греческого языка и риторики, а затем и моральной философии, т. е. этики. Локк уже давно интересовался естественными науками, особенно медициной. Он с увлечением занимался физическими, химическими и метеорологическими опытами. Еще будучи студентом, он познакомился с Робертом Бойлем. Они стали друзьями, и теперь он помогал Бойлю в его экспериментах.
После кратковременной дипломатической службы при Бранденбургском дворе Локк возвратился в Оксфорд, но университет все-таки отказал ему в искомой им степени доктора медицины, и весной 1667 г. он принимает предложенное лордом Антони Эшли Купером (с 1672 г. граф Шефтсбери) место домашнего врача и воспитателя в его семье и переезжает в Лондон. (Одним из питомцев Локка стал внук лорда Эшли будущий философ-моралист и эстетик Антони Шефтсбери.) Локк продолжает естественнонаучные занятия и сближается со сторонником опытного метода исследования болезней врачом Томасом Сиднэмом (Sydenham), становясь горячим приверженцем его идей. Размышления Локка над методами медицины нашли отражение в писавшемся им вместе с Т. Сиднэмом и неоконченном трактате «De arte medica» (О медицинском искусстве) (1668). Когда в Лондон переехал Р. Бойль, он и Локк продолжили свои совместные опыты. За успехи в естественнонаучных изысканиях в 1668 г., Локка избирают членом Лондонского королевского общества, т. е. Британской академии наук.
По протекции генерала Монка граф Шефтсбери был приближен ко двору Карла II и продвинулся по служебной лестнице вплоть до поста лорда-канцлера Англии. Но вскоре он стал активным противником режима Реставрации, ибо нельзя было примириться ни с внешней политикой короля, подчинившего ее французским интересам, ни с его деятельностью внутри страны — подготовкой рекатолизации общества и усилением преследований протестантов, что подрывало экономическое благосостояние Англии. В доме Шефтсбери Локк оказался среди непосредственных участников нарастающей конфронтации. Будучи вовлечен в большую политику, Локк стал вскоре влиятельным советником своего покровителя, возглавившего оппозицию.
Но одновременно Локка все больше увлекают и философские проблемы. В 1671 г. в кружке своих друзей он вел споры по вопросам происхождения моральных норм, содержания естественного права и приемлемости религиозных догм для разума. По совету лорда Эшли, Т. Сиднэма, Дж. Тиррела и других участников кружка Локк начал составлять заметки по этой тематике, и из них за два десятка лет сложился знаменитый «Опыт о человеческом разумении»; писать книгу пришлось с большими перерывами, а закончить ее удалось только в эмиграции.