Приказ, подписанный президентом военного правительства Боливии Рене Баррьентесом Ортуньо, был передан в зашифрованном виде агенту ЦРУ Феликсу Родригесу. Тот вошел в комнату, где содержался Че и сказал ему: «Команданте, мне жаль». В роли палача выступил сержант боливийской армии Марио Теран, который вытащил короткую соломинку в споре между солдатами за право убить Гевару.
Че Гевара сказал своему убийце: «Я знаю, ты здесь, чтобы убить меня. Стреляй, трус, ты просто убьешь человека».
После убийства Родригес присвоил некоторые личные вещи Гевары, включая его часы «Ролекс», и в течение последующих лет с гордостью хвастался этими трофеями перед журналистами. В настоящее время некоторые из этих вещей выставлены для обозрения в штаб-квартире ЦРУ.
Тело застреленного Гевары было привязано к полозьям вертолета и доставлено в соседнее село Валье-Гранде, где его выставили напоказ прессе. После того как военный хирург ампутировал руки Гевары, офицеры боливийской армии вывезли тело в неизвестном направлении и отказались сообщить, где оно было захоронено.
В 1997 году из-под взлетно-посадочной полосы около Валье-Гранде были эксгумированы останки тела с ампутированными руками. Тело было идентифицировано как принадлежащее Геваре и возвращено на Кубу.
16 октября 1997 года останки Гевары и шестерых его товарищей, убитых во время партизанской кампании в Боливии, были перезахоронены с воинскими почестями в специально построенном мавзолее в городе Санта-Клара, где он выиграл решающую для кубинской революции битву.]