Случалось, что местные руководители частично забирали присланное Сибирскому отделению для своих нужд. Так, однажды мне стало известно, что возглавляемый Забалуевым Новосибирский совнархоз забрал себе почти все направленное нам — с санкции первого секретаря обкома Кобелева. Поехал в город к Кобелеву. Сначала он отпирался, а потом сказал прямо: “Я не знаю, за какие грехи тебя сюда прислали, добровольно-то из Москвы в Сибирь никто не едет. Забрали материалы и машины правильно, — если твое дело стоящее, дадут еще, а если не стоящее, значит, поступили правильно, у меня не достроены кинотеатр, оперетка, да и с жильем в городе нехорошо”. Я тут же взял трубку телефона ВЧ (правительственная связь), соединился с предгосплана и сказал: “Строительство приостановлено, ибо не выполнено постановление Совмина по снабжению нас техникой и материалами”. Ответ: “Вам все направлено в срок”. Я: “Вы отправили, а кто получил и куда оно пошло, Вам скажет секретарь обкома тов. Кобелев”, — и тут же передал трубку Кобелеву. Судя по смущенным репликам Кобелева, предгосплана был с ним не очень любезен. Через несколько дней была создана комиссия горкома по проверке жалоб на нарушение в снабжении строительства Академгородка. В ночь накануне начала работы комиссии на территорию Академгородка было завезено все оборудование, техника и материалы, присвоенные ранее Новосибирским совнархозом. Комиссия квалифицировала жалобы ученых как клевету, Чхеидзе вынужден был уйти с работы и уехать. Потеря Чхеидзе была ощутимой, но все же строительство пошло.
Неразберихи в первые годы было много. Один раз нам повезло — Академгородку по недосмотру выделили цемент сразу Госплан СССР и Госплан РСФСР, так что мы должны были получить 200 % от своей заявки. А получили всего 30 % — остальное, оказывается, совнархоз направил на строительство Обьгэс. Или еще такой случай — из Москвы в Новосибирск пришли для Академгородка четыре санитарные машины. Ждем-пождем — нет машин. Через пару месяцев кто-то случайно обратил внимание, что зампреды совнархоза катаются на необычных машинах. Оказывается, это наши санитарные машины: красные кресты стерли, машины перекрасили и переоборудовали, чтобы возить начальство.
Это, конечно, мелочи, но были дела и покрупнее — не успеешь оглянуться, а уже где-то в Москве нам срезали ассигнования, пока разберешься, кто и где, все уже утверждено, а раскручивать все снова много труднее. Но мы сражались за каждую мелочь, потому что если один раз дать себя остричь, это значит — можно еще раз, а там, глядишь, и ничего не останется. Поэтому каждый раз приходилось звонить в Москву, летать туда чуть ли не каждую неделю, обращаться в Совмин, в ЦК, к Н.С. Хрущеву.
Оставались две трудности. Прежде всего, дорога Новосибирск — Академгородок была плохая: машины застревали в грязи, после ливней были места, где даже для грузовика проезд был невозможен. Мы случайно узнали, что закончено создание новой дороги Новосибирск — Аэропорт и сделавшая ее строительная воинская часть будет отправлена на новое место. Я обратился к министру обороны А.А. Гречко (которого знал еще по Киеву) за помощью. Просьба была удовлетворена, и в течение года мы получили отличную дорогу и внутренние коммуникации в Академгородке.
Второй трудностью оставалась слабость строительной организации (которая была еще занята на сооружении Новосибирской ГЭС) и отсутствие базы строительной индустрии. Первыми были построены пять кирпичных домов с двухкомнатными квартирами — из двух десятиметровых комнат (одна проходная). В 1958 году началось, но сильно затянулось строительство Института гидродинамики и школы.
Тяжелое положение со строительством было отражением существовавшего еще неверия в наше дело. Боялись, что деньги будут потрачены, что-то построено, а пока это строится, ученые, которые приехали, уже уедут, а которые хотели ехать, передумают.
В эти первые трудные годы ход строительства не раз рассматривался в Совете Министров СССР и РСФСР, в Бюро ЦК КПСС по РСФСР, принимались меры по усилению помощи Сибирскому отделению. Решено было сосредоточить материальные и денежные ресурсы всего Сибирского отделения прежде всего на создании Академгородка под Новосибирском. Строительство объектов Академгородка было включено в титульный список особо важных строек, нам выделялись дополнительное оборудование и материалы, сюда были направлены две тысячи выпускников школ и училищ трудовых резервов.
Весной 1959 года по поручению Центрального Комитета к нам приезжал заместитель председателя Совета Министров Ф. Р. Козлов с группой работников Госстроя. Он внимательно осмотрел стройку, поговорил с учеными и строителями. Через две недели после его отъезда мы узнали, что строительство передано Минсредмашу — мощной организации, строившей здание МГУ и многие другие ответственные сооружения. Тут же была создана специальная строительная организация “Сибакадемстрой”, начальником ее стал опытный и энергичный строитель генерал Н.М. Иванов. В строительстве наступил перелом. Уже через один-два месяца из разных городов к нам стали прибывать эшелоны с готовыми блоками и строительной техникой.