К этому времени противостояние двух орденов — госпитальеров и храмовников (тамплиеров) — все более обостряется. И здесь помощь оказал папа Климент V не только ордену госпитальеров, но и французскому королю Филиппу Красивому в уничтожении рыцарского ордена тамплиеров. В 1307 г. по приказу короля французские рыцари-тамплиеры были арестованы, их руководителей заточили в тюрьму крепости Тампль, которую когда-то построили сами тамплиеры. Инквизиционный процесс, длившийся почти семь лет, сопровождался пытками и допросами. По настоянию короля папа Климент V призвал и других монархов распустить Орден тамплиеров.
Почему же все-таки была проведена акция против тамплиеров? Центром ордена, после того как рыцари оказались вытесненными со Святой Земли, с 1291 г. стал Кипр, а затем с 1310 г. — Франция, точнее, Париж. Между тем тамплиеры благодаря банковским операциям и торговой деятельности приобрели огромные богатства; они были первыми кредиторами королей и пап. В то же время орден умело конспирировал свою банковскую сеть. На Востоке, как считается, члены ордена переняли определенные культовые ритуалы, обряды посвящений, не характерные для христианских религий. (Позже эти обряды ожили в тайных ритуалах франкмасонских лож). Орден тамплиеров приобрел не только финансовое, но и политическое влияние. Он успешно противостоял абсолютистской власти Филиппа IV, задолжавшему Ордену огромные деньги. Вот почему король стремился заполучить в свои руки имущество рыцарей, а также ликвидировать их политическое влияние.
В 1307 г. тамплиеры предстали перед инквизицией по обвинению в богохульстве, ереси и разврате (содомия). Законы того времени рассматривали гомосексуализм наказуемым деянием. Однако обвинения, по всей вероятности, не были в достаточной степени обоснованы, в еще меньшей степени инквизиция могла располагать доказательствами вины. Инквизиция бросила в тюрьмы около 15 тыс. французских рыцарей-тамплиеров и какую-то часть из них уничтожила. Для полной расправы с Орденом тамплиеров светская власть нуждалась в помощи со стороны папы. Именно поэтому Клемент V созвал в октябре 1311 г. Вьеннский вселенский собор. Собор, подчинившись вооруженной силе французского короля, объявил в марте 1312 г. о роспуске рыцарского ордена тамплиеров, а выдвинутые против него обвинения признал обоснованными. В булле «Vox clamantis», в которой сообщалось о принятом решении, папа передавал имущество тамплиеров ордену госпитальеров. Однако на самом деле большая его часть была поделена между французским королем и герцогами.
После церковного осуждения уже не существовало никаких препятствий для казни иерархической верхушки тамплиеров. 18 марта 1314 г. в Париже были сожжены на костре Великий Магистр Ордена Жак де Молэ и его ближайшие сподвижники. А родосский Орден госпитальеров получил немало земельных владений своих противников в различных государствах Европы. Однако последующее двухсотлетнее противостояние Ордена госпитальеров и Османской империи привело к отступлению госпитальеров. В течение всего времени Орден госпитальеров, хотя и являлся сувереном Родоса, но находился в постоянной связи с папской властью.
Получив в 1530 г., не без помощи папы Климента VII, бывшего когда-то рыцарем-госпитальером, остров Мальту от Императора Священной Римской империи германской нации Карла V, Орден стал с тех пор именоваться еще и Мальтийским: А вскоре стал полноправным феодальным государством Западной Европы.
Более чем двухсотлетний период владения Мальтой рисуется зарубежными исследователями как период процветания Ордена, новый этап в проведении благотворительных мероприятий, которыми госпитальеры прославились в прошлом. Однако наделе это было обыкновенное феодальное государство, мало чем отличающееся от подобных государств Западной Европы. Такой же жесткий контроль и закабаление местного населения со стороны правящей верхушки. И даже победы над Османской империей, о которых было написано немало восторженных книг в тот период времени, на деле одерживались с помощью местного населения, наемных войск, руководимых мальтийскими рыцарями, при поддержке венецианского и испанского флотов.