При этом особую роль в государстве выполняла православная церковь. В Московии, находящейся на периферии христианского мира, вероучительная практика также определялась судьбоносными обстоятельствами. Вера обрела исключительное значение в судьбе страны, подвергаемой постоянному риску разрушения государственности. Она оказывалась особенно востребованной в ходе отражения вражеских нашествий, усобиц, народных выступлений. Стойкость в суровых природных условиях, противостояние стихии, способность к выживанию предопределили влияние церкви не только на духовную, но и на материальную сторону жизни. Богослужебные нормы и обряды направлялись на обуздание человеческих слабостей и инстинктов, на обеспечение рационального образа жизни во имя торжества идеи, ведущей человека к высшей цели — к Богу. Достижение горних высот требовало от человека не только молитвенного поклонения, но и исполнения обязательного «послушания», предполагающего реальное служение нуждам христианского сообщества. Выживание народа, по убеждению церковных иерархов, было возможно только благодаря преданности, правильности в вере. Отсюда проистекало убеждение, что именно Русская православная церковь, оставаясь незапятнанной хранительницей истинной веры, рано или поздно возьмет на себя вселенскую, мессианскую роль очищения догматов и святынь христианства от скверны.
Религия на территории Древней Руси тесно вплеталась в судьбу восточнославянской государственности. Миротворческие, объединительные усилия православной церкви в преодолении феодальной раздробленности, междоусобной вражды способствовали выживанию ее народа, обеспечили сохранение Руси. От прочности устоев власти в немалой степени зависела защищенность церкви, в ходе нашествий подвергаемой немалым испытаниям. Она проделала исторический путь от укрытий в лесных чащобах, в малодоступных скитах и пустынях до величественных храмов, богатых монастырей, строившихся в те времена, когда русская государственность крепла. Тот факт, что вера выстояла, выжила, стала опорой жизненного уклада восточных славян, оснастил православное духовенство осознанием своей особой богоизбранной роли.
Постепенно церковь взяла на себя роль не только духовного пастыря, но и, по сути дела, прораба, обеспечивающего включенность верующего населения в материальную жизнь общества. Духовная сторона жизни в ходе исторического процесса постепенно обрастала возрастающим числом обязательств не только в хождениях на молебны, участии в вероисповедальных службах, соблюдении церковных предписаний. От верующих требовались и добровольные трудовые, денежные вложения на пополнение нужд церковных учреждений и их служителей. К началу XVII века православной церковью был пройден длительный, диалектически сложный путь. Он сопровождался не только взлетами человеческого духа, подвигами самопожертвования, но и преследованиями, наказаниями, актами беспрецедентной жестокости по отношению к вероотступникам. Умножалась материальная собственность церкви, возрастало число культовых зданий — монастырей, соборов, храмов. На их строительство и содержание, на воссоздание художественного убранства, церковной утвари уходила всё большая часть национального достояния.
Эгоистические устремления церковников, их стремление доминировать во всем, особенно ярко проявившееся в фигуре патриарха Никона, все более вступали в противоречие с задачами цивилизационного развития общества. Не только стремление монастырей увеличивать свои угодья и перетягивать туда недовольных жизнью крестьян, но и сама вероисповедная практика, поглощавшая значительную часть времени в ущерб производительному труду, вызывали недовольство и в правящих кругах, и в народе.
Обеспечить баланс целей и интересов светской и церковной власти становилось все труднее. Попытки ввести в законодательные рамки, упорядочить местоположение церкви в системе власти были предприняты на Земском соборе 1649 года. Однако удержать избранный курс при глубоко религиозном Алексее Михайловиче не удалось: вскоре по настоянию Никона он вернул церкви прежние привилегии. За попытками церковников овладеть сознанием молодого, неискушенного, набожного царя крылись вполне определенные цели. Им, ведомым византийскими наставниками, грезилась идея доминирования Русской церкви над христианами Востока, лишившимися своего духовного центра — Константинополя. Их стремление увлечь Алексея Михайловича заманчивой перспективой в конечном счете увенчалось успехом. Однако умозрительные построения церковных иерархов Востока, продвигавшиеся ими в правящие круги Московии, никак не учитывали реальность, за века сложившуюся в вероучительной и вероисповедальной практике Русской церкви. Не знал этого и не мог знать Алексей Михайлович, отгороженный от общения со своим народом.