Тогда и было положено начало идее создания приказа Тайных дел — структуры, наделенной функциями контроля за исполнением государственных функций и обязанностей. Первой из задач стало установление подлинной картины событий, последствий поступков и решений государевых людей, сведения о которых приходили в Москву в искаженном виде. Постепенно негласный надзор распространялся все шире, оказывая влияние не только на характер и ход государственных дел, но и на другие сферы, в том числе придворные, касающиеся царствующей особы. Таким образом, обычное ведомство превратилось в средство устрашения, возвысившись над всеми другими структурами исполнительной власти.
Однако к тому времени, когда приказ Тайных дел обрел влиятельность, а самодержец почувствовал вкус к управленческой деятельности, вектор движению царствования Алексея Михайловича был уже задан. Ничто не могло изменить смысл и характер того, что далее будет предопределять ход событий. Во многом судьбу царствования Алексея Михайловича определили две фигуры — Борис Иванович Морозов и патриарх Никон. Именно ими был заложен и стал осуществляться курс, по которому на протяжении второй половины XVII века следовала Русь. Завладев доверием неискушенного в жизни царя-подростка, и Морозов, и Никон, каждый по-своему, долгое время уводили его интересы в сторону от государственных дел. Один — потакая его обыденным житейским утехам, другой — оставляя его в религиозном оцепенении. И тот и другой, не располагая ни знаниями, ни государственным мышлением, навязывали царю свои представления, оказывали влияние на ход государственных дел. Последствия шагов, предпринятых или вдохновленных ими, с течением времени приняли необратимый характер.
Долгое время Алексей Михайлович находился под обаянием личности Никона. Энергичный и властный священнослужитель прочно обосновался в душе молодого царя, всячески замыкая на себе его внимание, тем самым вытесняя всё другое, отвлекая от необходимости вникать в неотложные государственные дела. Постепенно Никон оказался незаменимым наставником, стал советником царя не только в богослужебных, но и в светских делах. Одна из главных тем, к которой собеседники обращались, — превосходство церковной власти над светской. «Священство выше царства», — утверждал патриарх. При этом Алексей проявлял удивительную сговорчивость, едва ли не покорность. Так было до тех пор, пока властолюбие Никона стало чрезмерным даже для «тишайшего» царя, вынудив его отказаться от поддержки «собиного друга» и отправить последнего в ссылку. Но это не сопровождалось отказом от взлелеянной Никоном идеи — подчинения христианских церквей Востока Московскому патриархату. Несмотря на массовое неповиновение, царь продолжил церковную реформу, возводя ее продвижение на государственный уровень. Постепенно нарастала волна репрессий, продолжилось тотальное искоренение староверческих общин. «Церковная затейка» положила начало кровавой общенациональной распре, наложившей отпечаток на весь последующий ход российской истории.
По мере того как скапливались, нарастая лавиной, проблемы, в самодержце все реже пробуждалось желание заниматься их разрешением. Уже не было речи о его участии в военных походах: прежние подобные попытки привели и его самого, и окружение к мысли, «насколько мало было пользы от его присутствия там». Особенно убедительным оказался безуспешный поход русского войска против Швеции в 1656–1658 годах, который поначалу возглавил сам царь. Внимание Алексея Михайловича с тех пор все больше стали занимать обустройство церемониальных шествий, торжественные выходы на престольные праздники, паломничества, раздача милостыни, масштабы которой изумляли иностранцев. В то время, когда русское войско, истекая кровью, гибло на Украине, самодержец, поглощенный соколиной охотой, обобщал свой опыт в написании труда «Соколиный урядник». Осознание величия, исключительности своей роли пробудило в нем стремление к самовозвышению, укрепило в той мысли, что он, многогрешный царь Алексей, движим «повелением всесильным, и великого, и бессмертного, и милостливого Царя царям и Государя государем и всех всяких великих сил повелителя Господа нашего Иисуса».