Характер самодержца и усвоенные им традиции придворной жизни вели к бесконечному затягиванию самых насущных вопросов. Многолетней тяжбой обернулся вопрос о лишении Никона патриаршего сана. Как обустроить церковную процедуру, придав ей легитимный характер — эта проблема, которая неотступно преследовала царя. Как добиться консенсуса среди иерархов, как и какую поддержку следует получить извне от православных церквей Востока — на это уходило время, направлялись немалые средства и усилия царского окружения. Заочное противостояние царя и патриарха продлилось до 1666 года, когда на церковном соборе произошло низложение Никона, однако внутрицерковные противоречия сохраняли свою остроту, оставляя все меньше времени на решения государственных дел.
Удаление Никона из Москвы в 1658 году и уход из жизни в 1661 году боярина Морозова окончательно избавили Алексея Михайловича от прежних опекунов и наставников. К тому времени вокруг обретающего уверенность в себе самодержца собралась команда из высокородных управленцев, уверенно занимавших командные высоты. В основном это были выдвинутые Морозовым родственники или выходцы из дружественно настроенного к нему круга наследственной элиты. Именно этим людям предстояло и далее вести дела, выполнять государственную работу. Они делали ее так, как это у них получалось, насколько хватало унаследованных природных качеств, ума, таланта. Традиции сословно-представительной системы власти не позволяли никому другому находиться рядом с престолом.
Судьбам тех, кто доминировал в летописях того времени, кто оказывался на острие важнейших событий, трудно позавидовать. Их усилий и способностей едва хватало на борьбу за сбережение, за выживание государства. Каскад событий, исход которых решался в жестком, кровопролитном противостоянии с врагом внешним и внутренним, не оставлял им ни времени, ни сил для мирной созидательной работы. Круг тех, кто был вовлечен Алексеем Михайловичем в реальное государственное управление, оказался не столь велик, как этого требовали обстоятельства. Среди них не хватало даровитых людей, обладавших исключительными достоинствами, которые могли бы возвыситься над всеми остальными. Те же, кто находился «под рукой», не всегда умели решать проблемы так, как это от них требовалось, не всегда оказывались на должной высоте. Элита, отмеченная заслугами предков, за редкими исключениями, не в состоянии была выдвинуть из своей среды годных к делу людей, способных предложить единственно правильное решение — «в нужный момент в нужном месте». Выходцам из других сословий, таким как Ордин-Нащокин, не будь он вовремя замечен и поддержан самим царем, выбиться наверх удавалось лишь в исключительных случаях.
В эту пору Русь вступила в самый тяжелый, небывалый по своему драматизму период. Военный поход против Швеции был остановлен под Ригой. В ходе трудных переговоров в Валиесари Ордину-Нащокину в 1658 году удалось завершить неудачную войну трехлетним перемирием. Тем временем Речь Посполитая и союзные ей силы с еще большим ожесточением возобновили военные действия на Украине. Одно поражение за другим с угрозой вести войну на два фронта вынудили Алексея Михайловича уступить все прежние завоевания на прилегающих к Балтике пространствах и вернуться к признанию условий Столбовского договора 1617 года. В Москве нарастал народный протест против церковных нововведений; ответом на денежную реформу, целью которой было пополнение скудеющей казны путем замены полновесных серебряных монет на медные, стал Медный бунт; далее последовало мощное народное восстание под предводительством Степана Разина, которое удалось подавить с большим трудом.
В 1649 году по настоянию Алексея Михайловича произошло выдворение из Московии английских купцов. Причина, объявленная народу, состояла в том, что «русские купцы обедняли», а «английские немцы обогатели». Но главным поводом для их изгнания послужило известие о казни британского короля Карла I, вызвавшее болезненную реакцию у русского монарха. Особое впечатление на самодержца произвела не сама казнь, а стойкое поведение английского монарха, который взошел на эшафот мужественно, с достоинством. Перед тем как положить голову на плаху, король не позволил палачу остричь длинные, спадающие на шею волосы и сам заправил их под головной убор. От пережитого Алексей Михайлович даже слег в постель. Тот факт, что англичане «короля Карлуса убили до смерти», не только вызвал у царя бурю эмоций, но и заставил убрать из Москвы купцов-англичан, что в итоге обернулось против своих же экономических интересов. Устранение англичан-конкурентов позволило голландцам далее господствовать на русском рынке, произвольно устанавливая цены на заморские товары.