Православие, оберегаемое государством, сохранялось лишь в Московии, поскольку всюду на Востоке — в Греции, Малой Азии, Палестине — истинное вероучение было теснимо, гонимо, подавляемо. Часть христиан на Западе откололась, предалась католицизму, внушая верующим иные, противостоящие истинным, догматы. Теория «Москвы — Третьего Рима» обосновывала возможность и необходимость провозгласить Москву новым Римом, правопреемницей древних столиц христианства — Рима и Константинополя. Святыни Иерусалима поруганы сарацинами, первый и второй Рим под басурманской пятой. Москва остается единственным обиталищем, где вера хранима в первозданном виде, церковь защищена от гонений, а верующие от насилия со стороны иноверцев. Долг столицы Руси — принять на себя покровительство над всем христианским миром… Взгляды эти, как и любые другие утопии, выглядели весьма привлекательно. Старцы из древних монастырей, не владевшие никакими иными представлениями, кроме религиозных, бродяжничая по Руси, навязывали верующим свои фантазии. Так случилось, что двум честолюбивым властителям, вознесенным на правящие вершины, эти речения старцев показались весьма интересными, а сама идея — достойной стать главным делом их жизни и служения. Вскоре дружба с самодержцем возвела митрополита Никона на патриарший престол, где ему открылись горизонты исключительного масштаба. С его подачи и царского позволения церковная власть постепенно стала распространяться и на мирские дела.
По его мысли, прежде чем направлять свои устремления в сторону вселенского лидерства, следовало обратить внимание на самих себя: на очищение богослужебной практики, молитвенных канонов, текстов русского православия от искажений и отступлений, проникших в богослужебную практику в силу изоляции, необразованности и невежества древних церковников. Наряду с этим светской власти следовало принести покаяние за преступления против церкви, за греховное наследие, довлевшее над ней.
Трагическая судьба церковных иерархов, пострадавших за веру, тяготила память их преемников. В ознаменование покаяния перед жертвами и воздания памяти их подвижническому подвигу были предприняты масштабные акции, которым был придан государственный характер. Помпезные церковные шествия одно за другим направлялись туда, где покоился прах отверженных, репрессированных прежней властью церковных иерархов. Сначала в кремлевский Успенский собор из соседнего Чудова монастыря был перенесен прах патриарха Гермогена, затем — прах патриарха Иова из Старицкого погоста. Оба они — жертвы Смутного времени, люди, чья непреклонная воля, вопреки давлению завладевших Москвой поляков, не была сломлена, они не примирились. Иов обличал разрушителей веры и государственного порядка, пытался пресечь действия Лжедмитрия. Патриарх Гермоген так и не благословил польского ставленника Владислава на русский трон, тем самым став символом национального сопротивления, вдохновителем и знаменем народного ополчения во главе с Мининым и Пожарским. Однако особый смысл Никон придавал церемонии переноса останков митрополита Филиппа с Соловков. Непримиримая позиция Филиппа в разгар опричных гонений, вызов, брошенный им Ивану Грозному, стали причиной гибели святителя. Как свидетельствует церковная летопись, он был лишен жизни опричником Малютой Скуратовым — задушен подушкой в собственной келье.
В 1652 году на Соловки направился сам Никон в сопровождении многочисленной свиты, в том числе светских сановников во главе с князем Иваном Хованским. Присутствие высокородных выходцев из княжеских родов призвано было подчеркнуть ответственность за преступные деяния их предков, тогда бывших во власти. Смысл этого похода состоял в том, чтобы, поклоняясь месту упокоения страстотерпца, торжественно произнести над его могилой покаянное слово от имени государевой власти за прегрешения перед церковью. Необходимость этого Никон обосновал извлеченным из христианской истории примером. По преданию, византийский император Феодосий перед тем, как перенести в Константинополь останки умершего в ссылке патриарха Иоанна Златоуста, составил грамоту с покаянием за грехи власти в отношении святителя и его матери. Эту грамоту зачитали перед прахом святителя в далекой абхазской Комане, где он был похоронен.