Факты бесцеремонного вмешательства патриарха в государственные дела, очевидные для окружающих, Алексей Михайлович предпочитал не замечать, более того, шел ему навстречу. Никон, в частности, убедил царя в необходимости упразднить Монастырский приказ «за ненадобностью». Подписал царь и «несудимую грамоту», по которой монастыри освобождались от уплаты налогов. Он оставался глух ко многим фактам самоуправства, грубости, высокомерия, вызывающим не только у церковной верхушки, но и у правящего светского сообщества недоумение и скрытый протест. Сам того не замечая, Никон настраивал против себя все больше представителей правящей элиты. Кто-то с иронией, а кто-то и со злостью комментировал поведение патриарха. Боярин Роман Боборыкин в своем доме выдрессировал собачку, которая при команде «Никон» замирала на задних лапах, передние сложив крест-накрест в почтительной позе. Когда до Никона дошли слухи о подобном непочтительном отношении к себе, последовала реакция — Боборыкин был отлучен от церкви.
Тем не менее государственные дела, обстоятельства внешнего порядка отодвигали эти противоречия на задний план. В 1654 году обострилась военно-политическая обстановка на Украине и западных границах Руси. Решение Переяславской рады о воссоединении с Русью спровоцировало нападение на Украину польско-литовского войска. Московии пришлось вступить в войну. Военный поход 1654 года возглавил сам царь Алексей Михайлович, оставив на хозяйстве в столице патриарха. Благоприятный на первых порах ход военных действий побудил Алексея Михайловича предпринять второй поход, где удача оказалась уже не на стороне русского царя. В роли вдохновителя неудачного похода на Швецию, благословившего войско с триумфом дойти до Стокгольма, выступал не кто иной, как Никон. Поход захлебнулся на подступах к Риге, и Алексей Михайлович вернулся из него с затаенным желанием дистанцироваться от «собиного друга». Принято считать, что причиной тому были поступающие к царю многочисленные жалобы на произвол, самоуправство патриарха, его вмешательство в светские дела. Обиды на его заносчивость доносились и из царской семьи.
Было и такое, но подлинные побудительные мотивы, как представляется, были в другом — в уроках, полученных Алексеем Михайловичем во время военных походов 1654–1658 годов. Тогда у самодержца появилась возможность обратить свой взгляд на многое, что выходило за пределы его прежних, весьма узких представлений. Он смог увидеть своими глазами жизнь за границами Московии, а она оказалась не такой, какой рисовалась ему невежественными церковниками и несведущими боярами. Близость к эпицентру европейских противоречий не могла оставить Алексея Михайловича в неведении о их истоках, о причинах происходивших там конфликтов. Круг его общения пополнился местной монархической знатью, представителями княжеских фамилий не только ближних, но и отдаленных соседей. Сведения о том, чем и как жили в Европе, доносили и многочисленные «солдаты удачи», устремившиеся на Русь после окончания Тридцатилетней войны. Царя посвящали в подлинные причины, породившие эту кровавую распрю, в ходе которой обнажились не только межрелигиозные противоречия, но и противостояние церковной власти и светской. События в Европе, где монархам стоило немалых жертв утвердить верховенство государства над церковью, подсказывали неизбежность пути, по которому придется следовать и российскому самодержцу.
Алексей Михайлович пускай медленно, но осознавал, что уступать самодержавную власть кому-либо недальновидно, непозволительно. Тем временем так и осталась незавершенной дискуссия с Никоном о власти, о том, что выше — «священство» или «царство», «святейшество» или «величество»? Весь ход размышлений, излагаемый патриархом, подводил неискушенного самодержца к мысли о превосходстве церковной, дарованной Богом власти над мирской, подверженной греховным деяниям правителей. Там, вдали от Москвы царем постепенно завладевала мысль о необходимости расставить властные полномочия по своим местам. Недовольство ближнего окружения Никоном создавало тот благоприятный фон, подвигая Алексея Михайловича не откладывать осуществление своих намерений. Робкий, не привыкший действовать решительно царь медлил, однако выдавать его настроение стало публичное поведение.
Неожиданно Никон сам облегчил задачу. Поводом послужили отступления от ранее заведенного правила — царь вдруг не явился на молебен в честь престольного праздника, где по заведенному порядку непременно должен был присутствовать. В другой раз Никона не пригласили на официальный обед, где ему по рангу полагалось быть. Поддавшись эмоциям, осерчав, Никон поступил опрометчиво, демонстративно объявив о снятии с себя патриаршего сана. «Отныне больше не патриарх вам!» — прилюдно заявил он, покидая кафедру Успенского собора. Довольно скоро он вынужден был убедиться в том, насколько переоценил и обстановку, и самого себя, уверовав в свою исключительность и незаменимость. Оказалось, что и царь, и церковь, и верующие вполне могут обходиться без него. Так возникло неведомое ранее на Руси церковное безвластие. Двусмысленность состояла и в том, что выходка Никона еще не означала отлучения его от патриаршего сана, а вопрос о том, кому быть новым главой Русской церкви, не мог быть решен без официального решения церковного собора. «Сиротство» православной церкви будоражило верующих, плодило всевозможные толки. Однако внести ясность в судьбу Никона удалось лишь по прошествии десяти лет; подступиться к рассмотрению его «персонального дела» мешало немало других обстоятельств, как внутреннего, так и внешнего порядка.