Учитывая тот факт, что в ходе «псковского гиля» Нащокин с Никоном успешно сотрудничали, царь решил отправить Афанасия Лаврентьевича от греха подальше воеводой в тот же Псков. Тем временем известия о поведении опального Никона лишь крепили в царе уверенность в бесполезности попыток смирить амбиции бывшего патриарха. Тот по-прежнему жил умонастроениями, оставшимися от прошлого, в котором его чтили как «великого государя». Время от времени он предпринимал демарши, провокационные выезды из затворничества, пытаясь отыграть ситуацию назад. Прежние симпатии царя к Никону, болезненно напоминающие о себе, понемногу угасли. Патриарх должен был быть низложен окончательно и бесповоротно. Вопрос по-прежнему состоял только в том, когда, в какое время и как это осуществить, не дав повода для пересудов, измышлений, кривотолков.
Тем временем патриаршее место пустовало, Русская церковь «вдовствовала», но уверенности в возможности обеспечить легитимный выход из ситуации у Алексея Михайловича по-прежнему не появлялось. Было решено прибегнуть к помощи со стороны, к авторитетному мнению православных иерархов Востока. Поначалу и там не сразу поняли, чем движим русский царь и в чем состоит «дело» Никона. Им было известно, как в нарушение традиционного церковного протокола самодержец сам, своей властью вознес Никона на патриарший престол. Чтобы получить «объективную» оценку прегрешений бывшего патриарха, в Грецию направили соответствующую петицию-вопросник. От тамошних «хранителей истинного благочестия» как независимого источника надеялись получить просвещенную поддержку. Спустя немалое время обвинительный вердикт на все 25 вопросов был получен. Однако этого показалось недостаточно. Иерархов с Востока пригласили лично присутствовать на Поместном церковном соборе. В Москву, проделав длительный и сложный путь, прибыли патриархи Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий. Им предстояло подтвердить или опровергнуть объективность суда, целью которого было заклеймить антицерковное поведение бывшего патриарха. Трудно представить, как бы все прошло, если бы визит восточных иерархов в Москву по каким-либо причинам не состоялся. Они оказались как нельзя кстати. Своим авторитетом, доводами греческие церковники спасали ситуацию, поддерживали обвинения против Никона. Так было не только при обсуждении «персонального дела» патриарха, но и при последующем рассмотрении еще более существенного вопроса, касающегося роли и места церкви в государственных делах.
Внешнеполитическая обстановка по-прежнему не благоприятствовала тому, чтобы решительно подступиться к делу. Угроза непредвиденного развития событий по-прежнему держала власть в напряжении. Состояние войны с Речью Посполитой длилось, требуя все новых сил и ресурсов. Ставка на то, чтобы силой добиться приемлемого урегулирования, опровергалась ходом военных действий. Одно поражение следовало за другим. Только к 1665 году, когда к обеим сторонам подступило истощение сил и ресурсов, стали стихать военные столкновения, возобновились мирные переговоры. Поскольку на переговорах с поляками долгое время продвижения не наблюдалось, а саму русскую делегацию раздирали внутренние распри, царь в конечном счете вынужден был пойти на то, чтобы пересмотреть состав участников, отозвав именитых бояр, стоявших во главе миссии. За дело мирного урегулирования с Речью Посполитой взялся Ордин-Нащокин. Ему были даны широкие полномочия и ранг «великого посла».
Вопреки пессимистическим ожиданиям Ордин-Нащокин выполнил царское поручение с честью и вовремя. Известие из Андрусова о заключении перемирия с поляками заметно освежило духовную атмосферу в столице, придав царю некоторый заряд оптимизма. Оно пришло в Москву как раз в пору, когда на церковном соборе приступили к рассмотрению наиболее болезненных вопросов. К тому времени и церковное, и светское сообщество усилиями царя и его окружения было в достаточной мере консолидировано. Заседания Поместного собора начались 1 декабря 1666 года в Столовой палате Кремля. Присутствовали 29 видных церковных архиереев, 12 из которых — иностранцы.