Драматическое действо, обставленное по всем канонам того времени, описано в подробностях в разных летописных источниках. Моральный дух самодержца находился на пределе. Объявляя свои претензии к обвиняемому, он не всегда мог совладать с собой и порой говорил сквозь слезы. Некоторые заседания проходили без его участия. Нехватка душевных сил у самодержца восполнялась грозными речами участников собора, каждый из которых старался показать себя. Весь первый день заседания Никон провел стоя на протяжении десяти часов. В тех эпизодах, когда ему предоставлялось слово, он парировал обвинения. Доводы оппонентов опровергал, иронизировал, отпуская саркастические замечания. Убедить мыслящих людей в виновности Никона так и не удалось, но выступлений в его защиту и поддержку не было.
Великая суббота — особо почитаемый в христианстве день, последний перед Пасхой. Согласно Священному Писанию, накануне вечером ученикам и последователям удалось снять умершего Иисуса Христа с креста, на котором он был распят. Завернутое в кусок холста — плащаницу — тело они временно поместили в пещеру неподалеку от места казни, завалив вход большим камнем. На другой день, собравшись перезахоронить останки проповедника, они обнаружили, что пещера пуста. На дне ее лежала плащаница. Встретившие их здесь ангелы поведали: Иисус воскрес и вознесен Богом-отцом на небеса. Предпасхальный молебен начиная с пятницы длится в течение всего дня. Апогеем службы становится шествие с плащаницей при стечении верующих, духовенства, властей.
В Великую субботу 1667 года, когда в Москве происходил Поместный собор Русской церкви, в ходе службы в Богоявленском соборе Кремля произошло примечательное событие. В момент, когда молитвенная процессия с плащаницей должна была приступить к шествию вокруг амвона, возникло замешательство: одна часть духовенства, следуя старой традиции, начала движение по солнцу («посолонь»), а другая за гостями — в обратную сторону. Руководящую и направляющую роль в этом эпизоде взял на себя царь Алексей. Окриками и жестами он дал сигнал процессии следовать против солнца, за восточными иерархами. Верующему народу, церковникам стало ясно — надеждам на отмену богослужебных нововведений, виновником которых считали Никона, не суждено сбыться. Происшедшее во время предпасхального молебна Великой субботы как ничто другое подтвердило: царь не намерен отступать от курса на реформу церкви, и ожидаемая отставка ее главного идеолога никак не могла этому помешать.
Трудно предположить, как бы складывалась дальнейшая судьба Руси, если бы дуэт царя и патриарха не распался. Однако отечественной истории оказалось вполне достаточно того, что лидерство в осуществлении религиозной перестройки перехватил Алексей Михайлович. Несмотря на то что решения о церковной реформе вступили в силу, а исправление богослужебных книг и церемоний уже стало фактом, проявления протеста то тут, то там давали о себе знать. «Бесчинья и раздор» продолжались. Россиян, не пожелавших креститься тремя перстами, кланяться иконам в пояс, а не как повелось, в ноги, совершать молитвенные хождения вокруг амвона по солнцу, ожидал все тот же наработанный метод — «правеж», иначе говоря, террор, преследование граждан за их религиозные убеждения. Русские цари и императоры, вдохновляемые церковными иерархами, с поразительным упорством из века в век продолжали эту борьбу. Взаимная нетерпимость, готовность поступиться во имя узко понимаемой идеи и благом государства, и человеческими жизнями отразились во всех последующих явлениях русской истории вплоть до кровавых революций XX века.
С уходом с политической арены Никона была открыта дорога к утверждению на Руси подлинного самодержавия, воплощаемого в личности монарха. Другое дело, что религиозный процесс, в отличие от того, как это происходило на Западе, пошел вспять, не по пути разделения светской и церковной властей, а по пути утверждения системы государственного вероисповедания, основанного исключительно на православной вере. Избавление от диктата патриарха убедило Алексея Михайловича в его возможности и даже обязанности не только руководить Русской церковью, но и управлять в качестве наследника византийских императоров церковными и даже светскими делами христианского Востока. В своих встречах с тамошними иерархами, щедро одаривая их, он обещал в скором времени избавить их от «поганых агарян» и занять древний трон в православном Константинополе. Идея эта импонировала и церковным, и светским кругам Московии, как лучезарная мечта, питая воображение одержимого религиозностью доверчивого народа. Ее с энтузиазмом встретили и на христианском Востоке, где распространилась молва о грядущей освободительной миссии русского царя.