Круг приближенных к престолу «сильных людей» первым покинул боярин Федор Иванович Шереметев — тот самый, который в 1613 году убедил князя В. В. Голицына не препятствовать выдвижению на царствование шестнадцатилетнего Михаила Романова. Этот вельможа во время царствования первого Романова во многом был вершителем государственных дел. Именно он в 1640-х годах заприметил псковского дворянина Афанасия Ордина-Нащокина и проверил его способности в деле, проложив ему тем самым дорогу к государеву служению. В 1642 году Шереметев поручил Нащокину сложное дипломатическое задание, направив в Молдавию и Валахию с целью изучения военно-политической обстановки. После отдаления Шереметева от вершин власти та же участь постигла и Ордина-Нащокина, на целое десятилетие застрявшего у себя в провинции.
Ключевые ведомства, невзирая на былой опыт и заслуги возглавлявших их лиц, переходили под управление людей Морозова. Тому, в какой мере его выдвиженцы знают дело, главенствующего значения не придавалось. Смена команды, как водится, носила спонтанный, субъективный характер. На словах Морозов действовал, выполняя волю царя, а на деле — диктовал эту волю. Никого, кроме жены, детей и священнослужителей, он к Алексею Михайловичу старался не подпускать. К тому же сам стал родственником молодого царя, женившись на сестре царицы Марии Милославской. Далеко не всем представителям правящих сословий происходившее было по душе. В оппозиции Морозову оказались близкий родственник царя, его дядя Н. И. Романов, видные представители княжеских родов А. Н. Трубецкой, Я. К. Черкасский, М. М. Темкин-Ростовский, Ф. Ф. Куракин. Эти, как и другие наделенные заслугами и опытом люди были отстранены от реального участия в делах управления.
Тем временем русская государственность, едва успевшая подняться с колен после Смуты, столкнулась с новыми серьезными проблемами — в том числе с последствиями необдуманных военных предприятий предшествующего царствования. Военные затраты, расходы на содержание власти тяжким бременем ложились на нищающее население. Огромных затрат сил и ресурсов требовал масштабный национальный проект строительства «засечных черт» — защитных сооружений общей протяженностью в тысячи верст, выстраиваемых на пути набегов татарской конницы. Между тем острейшие вызовы и угрозы исходили не только из-за границ государства, но и из внутреннего неустройства страны: произвола вотчинных и поместных землевладельцев, игнорировавших центральную власть, разлада в отношениях между сословиями, хозяйственной разрухи, повального несоблюдения законов.
Ближний боярин Борис Иванович Морозов при всех его недостатках видел перед собой объективную потребность времени, необходимость укрепления самодержавной власти. Была задумана политико-экономическая программа, целью которой было сосредоточение материальных ресурсов государства в центре, в Москве. В ту пору родовитые боярские кланы замкнули на себе не только значительную часть функций царской власти на местах, но и немалую долю причитавшихся ей доходов. Пользуясь слабостью центрального правительства, они присваивали часть собираемых налогов и торговых пошлин, ограничивая поступление средств в государственный бюджет, не позволяя выплачивать содержание чиновникам и даже опоре власти — стрельцам. Не получая положенной платы, госслужащие от воеводы до последнего ярыжки, низшего приказного служителя, вынуждены были жить «кормлением» — поборами с населения. Даже в действующей армии жалованье не платили годами, что не могло не сказаться на ее боеспособности.
Морозов и его сподвижники решили пополнить казну методами, которые впоследствии стали назвать командно-административными. Взыскивать решили и с княжеских вотчин, и с монастырей, и с иностранных купцов, поскольку никаких других источников пополнения бюджета не существовало. Власть прибегла к сокращению штатов и оплаты труда аппарата управления. Такие меры были необходимы. Ограничения коснулись всех, кто так или иначе был занят на государственной службе, включая дворян и приказное начальство. Было урезано жалованье стрельцам, не занятым на службе постоянно. Им предписывалось жить за счет доходов от торгово-промысловой деятельности, право на которую они имели по царскому указу.