Бежав из Пскова, Ордин-Нащокин явился в Москву и сумел встретиться с царем, изложив ему свой взгляд на причины мятежа и способы его успокоения. В конце мая он вернулся в город вместе с войском князя Ивана Хованского, направленным на подавление восстания. Численность его отряда составляла всего 2700 человек, и мятежники решили, что смогут оказать ему сопротивление: «Хотя бы и большая сила ко Пскову пришла, не сдадимся; города вскоре не разобьют и не возьмут, а нам в городе есть с чем сидеть, хлеба и запасов будет лет на десять»[18]. Вожаки «гиля» решили обратиться за помощью к Речи Посполитой, но против этого выступила большая часть восставших. 12 июля на подступах к городу состоялся первый бой, в котором псковичи потерпели поражение — их «побивали до самого города, и живых много поймали, и снаряд и знамена отбили». 15 августа к Хованскому подошло подкрепление, и он смог установить полную блокаду Пскова, учинив ему «большую тесноту». 17 августа в город прибыла делегация Земского собора во главе с коломенским архиепископом Рафаилом, который пообещал прощение всем рядовым участникам мятежа. 20 августа восставшие начали присягать на верность Алексею Михайловичу, но волнения в городе не утихали еще довольно долго.
Ярость «бунташных» выступлений в Пскове и Новгороде провоцировала жестокость власти. Осознание необходимости ослабления репрессий пришло, как обычно, с опозданием. Карательные акции, показательная казнь зачинщиков посеяли панику среди населения. Побросав жилища, охваченные страхом люди попрятались в окрестных лесах. Чтобы убедить их вернуться, воевода снова обратился к услугам Афанасия Ордина-Нащокина: он был тем, кого люди знали и кому в ходе своего служения в прежние времена удалось завоевать доверие земляков. Потребовалось немало усилий с его стороны, чтобы убедить натерпевшихся страхов и душевных терзаний людей вернуться к своим очагам. Вводя жизнь в Пскове в мирное русло, Ордин-Нащокин действовал отнюдь не в одиночку. Существенную роль в остужении страстей, в умиротворении населения сыграла церковь, возглавляемая митрополитом Никоном.
Именно в ту пору в судьбу Ордина-Нащокина вошел князь Иван Хованский, поставленный Москвой во главе карательного корпуса. К тому времени князь еще не набрал той высоты во власти, что далее позволила ему действовать самоуверенно и без оглядки. В своих докладах царю, относимых к тому периоду, он особо отмечал усилия Нащокина, направленные на то, чтобы избежать кровопролития, локализовать конфликт, тем самым ограничивая участие войск в подавлении мятежа. Это он внушил Хованскому идею обратиться к царю с просьбой об издании указа, милостиво прощающего участников мятежа. Такой указ был принят и позволил осенью 1650 года окончательно урегулировать обстановку в городе.
В ходе «псковского гиля» власть в Москве вновь открыла для себя Афанасия Лаврентьевича Ордина-Нащокина, его достоинства, способность не только здраво мыслить, но и продвигать дело. После 1645 года, когда в Кремле произошла смена правящей «команды», Ордин-Нащокин оказался вне поля зрения новой генерации московских властных людей. Забвение постигло не только видных деятелей прежнего царствования, но и их подававших надежды выдвиженцев. Влиятельный ближний боярин Ф. И. Шереметев, некогда открывший Нащокина и сумевший оценить его по достоинству, был отстранен от государственных дел, принял постриг и ушел в монастырь, где вскоре умер. Время между 1645 и 1650 годами не прошло, однако, для псковского дворянина впустую. В нем, погруженном в гущу приграничных проблем, происходила кристаллизация опыта, систематизация наблюдений, к нему, наконец, приходило понимание причин, по которым власть раз за разом допускает ошибки в принимаемых решениях.
Способности псковского дворянина не могли не произвести впечатления на центральную власть. Он убедительно объяснил, как минимизировать последствия псковского бунта, как ввести жизнь окраинных воеводств в нормальное русло. Нащокин показал знание людей и обстановки, зрелость в подходах к тому, как следует действовать власти на приграничных территориях. В отличие от многих других, кто вносил сумятицу в представления Москвы о происходящем, он заботился не только о текущем положении дел, но и о долговременной стабильности на стратегически важном государственном плацдарме, каким был Северо-Запад Руси. Развеивая предубеждения и страхи столичной бюрократии, он всякий раз убеждал, доказывал, — псковичи и новгородцы такие же россияне, не менее, если не более, других озабоченные надежностью западных рубежей своего Отечества.