Ордин-Нащокин оказался в сложном положении: данные ему инструкции не позволяли идти на столь серьезные уступки, а неудача переговоров грозила крахом его карьеры. Вдобавок он знал, что русская армия устала от войны, казна пуста, а на Волге разворачивается крестьянская война под предводительством Степана Разина. Обо всем этом он писал царю, советуя принять условия поляков хотя бы на время, до улучшения положения в стране. Но правительство Алексея Михайловича не дало на это согласия и отозвало в Москву для консультаций дьяка Г. Богданова — не исключено, что враги Нащокина хотели добиться от него «компромата» на думного дворянина. Самому Ордину-Нащокину было приказано временно воздержаться от встреч с польскими комиссарами. Переговоры возобновились в конце декабря, когда Богданов вернулся из Москвы. 28 декабря полякам от царского имени пообещали вернуть Ди-набург, а в ответ на это от них потребовали признания за Россией Киева, Запорожья и всей Левобережной Украины.
Еще до этого, 20 декабря, заседание польского сейма рекомендовало комиссарам немедленно заключить перемирие с Россией, уступив ей на время Киев и даже Динабург. Это объяснялось как наступлением татар и казаков на юге, так и новыми волнениями знати против короля Яна Казимира. Пытаясь спасти то, что еще можно, польские комиссары согласились на предложения русской стороны. 3 января на очередном заседании удалось согласовать будущие границы, а 20 января Андрусове кий договор был торжественно подписан; от русской делегации подпись под ним поставил окольничий Ордин-Нащокин. Согласно договору устанавливалось перемирие на 13 с половиной лет; России были переданы Смоленское и Черниговское воеводства, а также Стародуб и Северская земля. На Украине граница проходила по Днепру, а Киев с округой отдавался Руси на два года до новых переговоров. Запорожье становилось общим владением Руси и Польши «на общую их службу от наступающих басурманских сил». Особые статьи договора определяли порядок возвращения пленных и возврата захваченного во время войны имущества; гарантировались свобода торговли и дипломатическая неприкосновенность послов. Была отмечена готовность сторон вместе противостоять татарским набегам — идея Ордина-Нащокина о союзе двух стран против турецко-татарской угрозы обретала реальность. Однако решение вопроса отложили до ратификации договора в Москве и Варшаве.
1 февраля 1667 года царь и его двор торжественно встретили вернувшееся в Москву посольство в Дорогомиловской слободе. Вместе они проследовали в Кремль, где думный дьяк Дементий Башмаков объявил собравшейся толпе результаты переговоров. На следующий день Ордин-Нащокин был пожалован в бояре, а 25 февраля назначен главой Посольского приказа в звании «царственных и государственных посольских дел оберегателя». Под его управление было передано и еще несколько ведомств: Смоленский разряд, Малороссийский приказ, Новгородская, Галицкая и Владимирская чети, вяземская таможня, кружечный двор, заведование железными заводами. В награду от царя он получил 500 крестьянских дворов в Костромском уезде и Порецкую волость под Смоленском, а также атласную шубу на соболях ценой 200 рублей. Так началась новая глава биографии Ордина-Нащокина, выдвинувшая его на уровень вершителя судеб Русского государства.
Андрусовский договор не только вернул Руси ее сильнейшую крепость Смоленск, но и положил начало процессу возвращения отторгнутых еще в ХIII столетии русских земель. Был международно признан переход в русское подданство Левобережной Украины. Киев, вопрос о котором был отложен, так и остался под русской юрисдикцией — поляки неоднократно пытались поднимать вопрос о нем, однако настоять на своем под давлением внешних и внутренних обстоятельств им не удавалось. Борьба враждебных дворянских партий постоянно раздирала Польшу, которой угрожало вторжение Швеции с севера и Турции с юга. В 1672 году турки, поддерживавшие гетмана Дорошенко, отторгли у поляков часть Правобережной Украины и лишь 15 лет спустя покинули ее, разграбив дотла.