Создание приказа Тайных дел, как уже отмечалось, стало свидетельством первых самостоятельных управленческих шагов Алексея Михайловича в качестве царя. Решение о создании такой структуры пришло не сразу. По мере того как царь взрослел, мужал, прозревал, к нему приходило понимание, насколько его держали в заблуждении, выдавая желаемое за действительное. Ложь, «злохитростные уловки» особенно распространились в чиновной среде. Однако в силу разных обстоятельств подлинные сведения стали давать о себе знать, проявляясь в том, с чем Алексей Михайлович так или иначе начал сталкиваться. Например, «сыскное дело», заведенное на воеводу Бориса Тушина, вскрыло тот факт, что хлеб, привезенный для ратных людей, он отвез к себе в поместье. Всплывающие наружу злоупотребления, хищения, ложные сведения даже у «тишайшего» царя вызывали приступы гнева. Постепенно ему стало ясно, как сильно обман и очковтирательство сказываются на делах государственной важности.
Круговая порука, нерушимая сплоченность, покрывательство грехов друг друга — наследственные недуги управленческой элиты. Для борьбы с этими пороками было создано особое учреждение, в обязанности которого входили осуществление контроля, проверка исполнения, оценка поступающих к царю сведений. Поначалу в аппарат приказа Тайных дел входило всего лишь несколько особо доверенных, проверенных в подобных делах людей. Методы проверки подлинности сведений нарабатывались по мере того, как открывалась реальная картина исполнительской дисциплины, а истинная суть происходящего проступала в ходе специальных проверочных мероприятий или следственных действий. В поле зрения подьячих Тайного приказа вольно или невольно попадали факты, смысл которых относился к теневым сторонам государственной власти, затрагивал личность государя, его семьи и приближенных. Вопрос о том, насколько он, царь, убедителен в своей самодержавной роли — комплекс, неотступно преследовавший Алексея Михайловича. Это побуждало его выискивать подлинные свидетельства отношения к себе, а осведомленным об этой царской слабости подданным позволяло играть на этой не дававшей ему покоя струне.
Постепенно сфера ответственности приказа Тайных дел начала пополняться прежде не свойственными для него функциями. Политический сыск стал охватывать все слои общества, проникая в самые разные сферы бытия. Тогда в общественный обиход и была запущена словесная формула «государево слово и дело». Этой фразой подавался сигнал власти об имеющихся у объявляющего сведениях государственной важности. Оставлять эти заявления без внимания никто не имел права. В конечном счете нормой стали доносы, а с ними и клевета, с помощью которой многие обыватели стремились свести счеты со своими врагами. Наблюдая на протяжении девяти лет повседневную жизнь и атмосферу, которая складывалась вокруг царского двора, лекарь Алексея Михайловича, англичанин Коллинс, в своих мемуарах отмечает, насколько вредило государственным делам «густое облако доносчиков и бояр, которые направляют ко злу добрые намерения царя».
С течением времени этот приказ возвысился над всеми остальными и стал занимать особое положение в системе органов государственной власти. Туда стекались важные, нуждающиеся в проверке сведения, к тому же разнообразные поручения поступали непосредственно от самодержца. Эта структура замыкалась только на царя, действовала напрямую, минуя Боярскую думу, а ее сотрудники — подьячие и дьяки — оказывались в наиболее привилегированном положении по отношению к другим чиновникам. Из семнадцати ключевых приказов Тайный приобрел значение наиболее влиятельной властной структуры, а секретный характер сделал зависимыми от нее все другие органы власти, вовлеченные в управленческий процесс.
Позднейшие исследователи, исходя из того, что составляло реальное содержание деятельности этого ведомства, стали считать приказ Тайных дел прообразом службы государственной безопасности. В известной мере это соответствует действительности. Но на самом деле по характеру поступавших от царя поручений, по разнообразию функций Тайный приказ при Алексее Михайловиче порой подменял собой все другие исполнительные структуры, представлял собой прообраз верховной администрации, то есть по существу был одновременно управленческим, контролирующим и карающим органом.