Панорама деятельности приказа Тайных дел открывает, насколько бессистемным, сумбурным был тогдашний подход к государственным делам. Как ничто другое, она иллюстрирует особенности правления царствующей особы, не наделенной способностью к последовательной, планомерной, продуманной работе. Помимо актуальных вопросов, имеющих общегосударственное значение, особый смысл приобретали порой вопросы обыденной жизни людей с их предрассудками, мнительностью, подозрительностью. Когда в мае 1675 года до Алексея Михайловича дошли слухи о том, что «князь Куракин держит у себя в доме ведомую вориху, девку Феньку, слепую и ворожею», — последовало невообразимое. К расследованию ворожбы и ее возможных последствий были привлечены все, кто только мог иметь к этому отношение, включая самых влиятельных особ. Следствие вели бояре Одоевский, Матвеев, Долгоруков, начальствующие дьяки Сыскного и Тайного приказов, командование стрельцов. «Дело Феньки» приобрело невероятные масштабы, вовлекая все новых людей с упором на применение самых изощренных способов дознания. Оно распространилось и на тех, кто испытал на себе злокозненное влияние колдуньи. Бедную слепую старуху и того, кто с ней контактировал, пытали «всякими пытками накрепко». Даже смерть слепой Феньки не остановила всеобщего психоза.
Из уцелевшей части архива приказа Тайных дел впоследствии были извлечены и другие документы, проливающие свет на то, каким было русское общество той поры, как выражало разночинное население свое отношение к действительности, поскольку расследованию подвергались толки, доносы, нелестные высказывания в пьяном виде, как и «непригожие слова», произнесенные по недомыслию. Когда «слово и дело» касалось царя или его близкого окружения, ему незамедлительно давался ход и виновные карались весьма строго, независимо от тяжести их подлинных или мнимых проступков. «Неприличные слова» одним стоили жизни, других обрекали на пытки, выдержать которые было выше человеческих сил. В поле зрения секретной службы помимо свидетельств простодушия, недалекости ума, эмоциональных порывов оказывались и вполне здравые суждения, метившие «не в бровь, а в глаз». «Государь де молод и глуп, а глядит да все изо рта бояр, у Бориса Ивановича Морозова, да и у Ильи Даниловича Милославского. Они де всем владеют, и сам государь то ведает и знает, да молчит, черт де у него ум отнял», — следует из пыточного протокола от 17 января 1649 года. Эти мысли некоего Саввы Корепина о молодом государе стоили смельчаку жизни, и тем не менее число подобных дел множилось год от года. «Есть де и на великого государя виселица», — высказал в кабаке смоленский мещанин Михаил Ширшов. «Худ государь, что не заставит стрельцов с нами землю копать», — упрекнул в сердцах крестьянин Данило Марков. «Указал великий государь и бояре приговорили Илюшке Поршневу за то, что он говорил про него, великого государя, непристойные слова — вырезать язык и сослать с женой и тремя детьми в Сибирь и велено ту казнь учинить при многих людях». Дорого обошлось боярскому сыну Дмитрию Шмареву его бахвальство, когда, находясь в гостях у казака Семена Поплутаева и закинув ногу на стол, этот молодец изрек: «Уменя де нога лучше, чем у государя царя и великого князя Алексея Михайловича». Заступаясь за честь царских ног, Шмарева били кнутом и навечно сослали в Сибирь.
Приказ Тайных дел Алексея Михайловича вошел в историю практикой тотального сыска, контроля за умонастроениями людей, неадекватной реакцией власти на любые проявления инакомыслия. Он по-своему воздействовал на атмосферу царствования Алексея Михайловича. Нависая над всеми, приказ своей деятельностью лишь отчасти крепил государственную дисциплину и порядок, одновременно сковывая инициативу, разрушая то новое, позитивное, что кому-то могло показаться подозрительным. Усердие его чиновников, всюду искавших крамолу, нагоняло тревогу и страх как на подданных, так и на самого Алексея Михайловича.
Копившееся годами недовольство, глухой протест, пронизывающий как верхи, так и низы общества, вышли наружу лишь после смерти царя. Вступление на престол четырнадцатилетнего Федора Алексеевича было ознаменовано решительным отмежеванием от этого тягостного наследия отца. Первым государственным актом стало упразднение приказа Тайных дел. Когда Боярская дума в мае 1676 года единодушно проголосовала за это, последовали незамедлительный разгром канцелярии, уничтожение архива сыскных дел, из которого уцелела лишь небольшая часть…
Другим подобным актом государственного значения, предпринятым в январе 1682 года, незадолго до смерти болезненного царя, стало решение об упразднении местничества. Тогда были брошены в огонь, уничтожены все имеющиеся в наличии «столбовые» свитки, разрядные книги и записи. Собор духовенства, бояр, выборных придворных чинов единодушно приговорил: «Да погибнет в огне оное богоненавистное, враждотворное, братоненавистное и любовь отгоняющее местничество и впредь — во веки веков».