Но 12 октября утром войска под командованием Наумова вышли из города и вступили в ожесточенное сражение с повстанцами. Пугачев, заранее узнав о готовящейся вылазке, выбрал удобную позицию. «Сражение, — отмечал современник, — было сильнее прежнего, и одна наша артиллерия сделала около пятисот выстрелов, но злодеи стреляли из пушек своих гораздо более, действовали... с большею прежнего дерзостию»[50]. Бой продолжался более четырех часов. Начался дождь со снегом. Опасаясь окружения, корпус Наумова возвратился в город, имел немалые потери (123 человека).
Нанося удары по Оренбургу, повстанцы одновременно стремились расширить территорию своих действий. Пугачев направил сподвижников в разные концы края для набора новых бойцов, пополнения артиллерией, боеприпасами, провиантом, деньгами. Вверх по Яику отправился отряд М. Г. Шигаева, по Самаре — отряд Д. С. Лысова, на горные заводы Южного Урала был послан А. Т. Соколов-Хлопуша. Пугачевцы заняли Нежинский и Вязовский редуты, Красногорскую крепость. На сторону Пугачева перешли Воскресенский, Верхоторский и Каноникольский медеплавильные заводы и прибыло более тысячи вооруженных заводских крестьян.
Использовав полученную с заводов артиллерию и боеприпасы, Пугачев 22 октября со всеми силами (около двух тысяч человек) снова подступил к Оренбургу, устроил под увалом батареи и начал беспрерывную канонаду. С городской стены тоже полетели снаряды. Эта сильнейшая артиллерийская перестрелка продолжалась более шести часов. Оренбуржец Иван Осипов вспоминал, что в этот день люди «от ядер и необыкновенного страха почти не находили места в домах своих». Однако и это очень сильное «на город устремление» не привело к взятию Оренбурга, и повстанцы отступили в Берду.
Не сумев в первых боях взять Оренбург, Пугачев решил подвергнуть его блокаде. «Не стану зря тратить людей, — говорил он, — выморю город мором». В подлинном дневнике П. И. Рычкова с середины октября чаще стали появляться записи: «сей день было спокойно». Это, видимо, объяснялось тем, что в связи с ранним похолоданием (14 октября начались морозы, 16-го выпал снег, и стали ездить на санях) Пугачев решил перенести свой лагерь на новое место.
Берда — ставка Пугачева. 18 октября ставка Пугачева была переведена с Яика на Сакмару, поблизости от Бердской слободы, расположенной в семи верстах от Оренбурга (ныне — в черте города), а прежний лагерь сожжен. 4 ноября Пугачев перешел в Берду, приказав для зимовья делать землянки, так как не хватало казачьих изб.
Сам Е. И Пугачев расположился в доме зажиточного бердинского казака К. Е. Ситникова. Стремясь придать дому вид «государева дворца», пугачевцы обили стены внутри вместо обоев золотистой фольгой — «шумихой», захваченной в Ильинской крепости у бухарского каравана. У крыльца всегда стоял непременный караул, состоявший из лучших яицких казаков, человек двадцать пять, которые назывались «гвардией» и везде неотлучно сопровождали Пугачева. На стенах «государева дворца» висели зеркала, большие часы с боем и портрет царевича Павла Петровича. Здесь Пугачев решал важнейшие дела по руководству восстанием, вершил суд и расправу, награждал чинами, выносил и утверждал смертные приговоры. Здесь вместе с ближайшими сподвижниками Иваном Зарубиным-Чикой, Андреем Овчинниковым, Иваном Почиталиным, Тимофеем Падуровым, Максимом Шигаевым он думал «тайные думы», пировал и веселился, отмечая победы. В Берде Пугачев «показывал перед народом свое удальство, стрелял иногда из лука в цель, пробивал кольчугу, сеном набитую, а в шапки, вверх на копьях держанные, на всем скаку стрелял»[51].
Бердская слобода превратилась в обширный лагерь, где находилось большое число вооруженных людей, велось комплектование и обучение повстанческих команд, военные учения, подготовка к сражениям. Слобода, которую в народе стали называть «новой Москвой», крепко охранялась расположенными на горе Маяк и окрестных сыртах форпостами («ертаулами»), заставами и разъездами.
В середине ноября 1773 года в Берде была образована повстанческая Военная коллегия — высший военнополитический и административный орган восстания. Главное внимание она уделяла решению важнейших военных задач Крестьянской войны. Военная коллегия руководила «Главной армией», комплектовала ее и снабжала всем необходимым. Она наладила производство артиллерийских орудий и снарядов на южноуральских металлургических заводах, рассылала указы, распоряжения, ордера, письма о мобилизации населения в повстанческую армию, доставке продовольствия, фуража, денег, сменяла и назначала походных атаманов, старост, выдавала охранные грамоты и пропуска.