В церемонии закладки принимали участие киргиз-кайсаки Младшего и Старшего жузов, башкиры. Были и купцы из Ташкента. И. К. Кирилов пригласил азиатских и русских купцов на следующий год на торг в Оренбург. Таким образом, сразу выявились обе основные функции города: быть оплотом и центром экономического и политического общения с Востоком. Расположение города на левом берегу Яика подчеркивало, что крепость должна служить защитой киргиз-кайсакам.
Постройку девятибастионного, города-крепости отложили до следующего года, но и тогда работы начать не смогли, так как силы были отвлечены на подавление восстания в Башкирии. Не приступили к строительству и через год, потому что 14 апреля 1737 года И. К. Кирилов умер, а новый начальник В. Н. Татищев не одобрил выбор расположения главного города края. Место было слишком удалено от других городов, отделялось горами, что затрудняло коммуникации. Сама площадка, где заложили город, затапливалась в половодье. Недостатком было и отсутствие леса. Поскольку город был только заложен, можно было основать его на другом месте. Поэтому В. Н. Татищев отправил на осмотр мест инженер-майора Ратиславского, послав его в Сакмарск и на урочище Красной горы, о котором ему сообщили, что оно удобно для постройки города.
Летом 1738 года В. Н. Татищев сам прибыл к Красной горе. Он выбрал место на некотором расстоянии к востоку от горы. Часть его теперь занимает село Красногор.
В начале 1739 года В. Н. Татищев отправился в Петербург, где подал в кабинет обстоятельные представления по устройству края. Среди них одним из главных было предложение строить Оренбург у Красной горы. С Татищевым согласились, но ему не пришлось осуществить свои проекты. На него поступили доносы, по которым он обвинялся в злоупотреблениях. В. Н. Татищев был отстранен от должности, и на его место назначили генерал-лейтенанта князя В. А. Урусова.
20 августа 1739 года вышел указ, где говорилось: «Город Оренбург строить на изысканном месте... при Красной горе... прежний Оренбург именовать Орская крепость».
Прибыв в Самару, князь Урусов сразу стал принимать меры к тому, чтобы летом 1740 года начать строительство Оренбурга. Однако этому помешало восстание в Башкирии, которое по указу из военной коллегии ему надлежало подавить, что он сделал с чрезвычайной жестокостью. В одном Сакмарском городке, где производилось следствие над частью повстанцев, было казнено 170 человек, более трехсот человек наказали кнутом и «урезыванием носов и ушей для публичного знака». Происходило это уже в последних числах сентября и для строительства города времени не оставалось.
Наконец 1 августа 1741 года город Оренбург был заложен. Однако начатые было работы вскоре приостановились из-за незатухавших споров о месте строительства — по косогору или на ровной площадке. В. А. Урусова уже не было в живых, он умер еще за 10 дней до закладки города. Только в феврале 1742 года назначили нового главного командира. До этого Оренбургскую комиссию временно возглавлял начальник башкирской комиссии генерал-лейтенант Соймонов, которому ряд обстоятельств мешал разобраться в споре.
Новый начальник комиссии И. И. Неплюев прибыл в Самару 26 апреля 1742 года и в первую очередь занялся вопросом строительства нового города. Вникая в существо спора между строителями, он рассмотрел планы карты не только у Красной горы, но и других мест. Изучив все материалы, И. И. Неплюев пришел к выводу, что город лучше было бы строить не у Красной горы, а недалеко от впадения в Яик реки Сакмары Место это расположено ближе к российским хлебным местам и находится в середине линий новопостроенных крепостей. Кроме того, здесь было больше воды и леса. Свои соображения И. И. Неплюев сообщил правительствующему Сенату.
В этом районе город можно было строить у Черноречья или к востоку от устья Сакмары, где уже имелась основанная еще Кириловым небольшая Бердская крепость, отчего все место называлось Бердск. Окончательно решение о строительстве на новом месте Неплюев принял по прибытии в Орскую крепость, собрав на совет обер-офицеров. Вскоре, 28 июля, в Петербург с планом и проектом был отправлен капитан Лука Галофеев. Так окончилось строительство Оренбурга при Красной горе, где, по-видимому, произвели только разбивку местности под застройку да сделали небольшой участок рва и вала. Направление улиц села Красногор, занимающего сейчас юго-западную часть территории непостроенного города, позволяет предположить, что при застройке частично использовалась старая разметка.
Проект был утвержден императрицей Елизаветой 15 октября 1742 года резолюцией на докладе Сената, где в резюме говорится: «При урочище Красной горы... города Оренбурга строить не надлежит, а... надлежит оный строить... при Бердской крепости». Последнюю следовало перенести на новое место.