Мнение Кирилова получило перевес и было утверждено правительством, которое предписало генералу Румянцеву принять самые решительные меры для подавления восстания.
С наступлением весны 1736 г. Румянцев получил в свое распоряжение несколько полков о Царицынской линии и начал наступление на Башкирию, предавая огню и мечу все башкирские села по Сибирской и Осинской дорогам.
На Ногайской дороге свирепствовал Кирилов, истребивший до 200 башкирских сел. Охваченные паникой башкиры бежали в горы.
Главный вождь башкир — старшина Кильмяк Абыз собрал около себя до 8000 башкир и 29 июня окружил лагерь генерала Румянцева на р. Белой, но был отбит.
Яицкие казаки встретились с башкирами на реке Казе. Между ними произошло жестокое сражение, в котором башкиры были разбиты. Казаки выжгли до 200 деревень по реке Ику. На реке Неке казаки и башкиры встретились вновь. Бой продолжался с утра до вечера и кончился снова победой казаков. Под Табынском казаки разбили башкир в третий раз.
К концу 1736 г. восстание башкир на Ногайской и Сибирской дорогах было подавлено. Главные вожди восстания Кильмяк Абыз и Акай Кусюмов были схвачены и казнены. Села восставших выжжены, и несчастный народ погибал от холода и голода. В Мензелинске, Сакмарске, Уфе и других городах происходили массовые казни участников восстания, которые должны были терроризовать население.
Покончив с восстанием, Кирилов назначил в Башкирии старшин, сотских и десятских из приверженцев России и обложил население тяжелой данью, обязав поставлять бесплатно продовольствие и фураж для войск.
Однако, несмотря на видимое успокоение края, Кирилов не решился вернуться в г. Оренбург, а выбрал для своего пребывания гор. Самару.
Между тем гарнизон города Оренбурга, отрезанный восставшими башкирами от Уфы и Сибири, голодал.
Верхне-Яицкая пристань была взята башкирами и срыта до основания. Подвоза продовольствия из Сибири не было.
На помощь Оренбургскому гарнизону из Сакмарского городка был командирован с продовольствием отряд премьер-майора Останкова, который, двигаясь к Оренбургу, заложил вторую по реке Яику крепость после Оренбурга — Верхне-Озерную и оставил в ней гарнизон из одной роты драгун, полуроты пехоты и 50 жалованных казаков из русских и татар и добровольцев яицких казаков.
Доставив в г. Оренбург продовольствие, Останков был назначен комендантом этого города.
Воспользовавшись затишьем восстания, Кирилов энергично приступил к постройке ряда новых крепостей по р.р. Сакмаре, Самаре, Яику и Миясу. К 27 октября 1736 г. в Оренбургском крае уже было заложено 21 укрепление. Наиболее известные из них: Оренбург (ныне г. Орск). Губерлинское, Озерное и форпосты: Бердский, Сорочий и Тоцкий. Кроме того в крае были построены укрепления: Бузулукское, Табынское, Красно-Уфимское, Ельдяцкое, Миясское и Чебаркульское.
Крепости обычно обносились земляным валом со рвом и башнями или огораживались рогатками и частоколом; на валу ставились чугунные и медные пушки.
Первое население вновь возведенных крепостей было крайне разнообразно. Здесь были уфимские, яицкие, самарские казаки, крещеные и некрещеные ногайцы, татары и другие инородцы, ссыльные и беглые крестьяне из разных мест.
За своей смертью Кирилов не успел выполнить свои планы по военному устройству Оренбургского края.
Мероприятия по устройству края в 1737—1739 г.
После смерти Кирилова начальником края был назначен известный историк Татищев, который перед этим назначением занимал должность начальника Екатеринбургских заводов. Татищев был человек просвещенный и прекрасно знал край. Во время башкирского восстания он, имея в своем распоряжении очень мало военных сил, с заводскими крестьянами сумел отстоять в неприкосновенности свои заводы.
Прибыв в г. Мензелинск для принятия управления краем, Татищев обнаружил вопиющие злоупотребления. Сборы податей были отданы на откупа «ясашникам»,которые разоряли народ непомерными поборами. Городские командиры, по выражению Татищева, «творили разные пакости», обижая башкир. Состояние края было ужасно: села сожжены, хлеб уничтожен, скот ограблен, мужское население башкир массами побито. Для уплаты ясака башкиры продавали в рабство собственных детей.
При таких условиях Татищев вступил в управление краем
При Кирилове главное управление называлось Оренбургской Экспедицией, но власть в крае была сосредоточена в руках начальников военных отрядов, которые действовали по собственному произволу. Первым мероприятием Татищева было восстановление нормального управления края. С этой целью он собрал в городе Мензелинский совет, в состав которого были приглашены назначенный после Румянцева генерал Соймонов, известный нам полковник Тевкелев, уфимский воевода и другие. На этом совете были выработаны меры по административному устройству края, главное управление которого получило название Оренбургской Комиссии.