Пугачевское движение началось среди яицких казаков, которые составляли его гвардию. Яицкое казачество, как и башкиры, было недовольно введением в крае соляной монополии. Казаки занимались рыболовством и потребляли соль в большом количестве для засолки рыбы, покупать соль из государственных магазинов по дорогой цене, когда в природе можно было брать ее даром, они считали абсурдом, весьма невыгодным для хозяйства.
Кроме того казачество было стеснено в основном своем промысле — рыболовстве. Монополия рыбной ловли по Яику, которую войско получило в 1755 г. вместе с арендой учуга около Гурьева, на практике привела к быстрому вторжению на Яик денежного капитала, а вместе с тем и к расслоению казачьей общины. На почве неравномерного распределения дохода от рыбной ловли в войске появились зажиточные казаки, к которым перешла руководящая роль в ведении войскового хозяйства. По обыкновению они получали представительство во всех делегациях по заключению контрактов и сделок на рыбные ловли и, пользуясь своим влиянием, — на ответственные должности проводили своих людей, например, — в войсковые атаманы. Последние пользовались своим положением в целях личного обогащения. В 60 годах XVIII в. атаман Бородин в течение 3-х лет содержал соляной откуп, не отдавая в денежных суммах никому отчета. Другой войсковой атаман Акутин держал на откупе рыбные ловли на Волге и соляной откуп на Яике. Забрав в свои руки такой важный продукт в рыбном хозяйстве как соль, атаманы вымогали из казаков в уплату за соль десятую рыбину из добычи.
Со времени атаманства Бородина войсковое начальство перестало выдавать казакам жалование, отпускаемое правительством за службу, зачисляя его в уплату за аренду у правительства рыбных ловель на Яике. Но и этого оказалось недостаточно. Атаманы стали облагать казаков под тем же предлогом дополнительными денежными сборами.
На почве недовольства злоупотреблениями войскового атамана в 1763 г. в войске вспыхнул бунт. Во главе недовольных стал один из казачьих старшин Логинов. Войско разделилось на две враждебных партии: на «войсковую», состоящую из единомышленников Логинова, и «старшинскую», сторонников атамана.
Для расследования беспорядков на Яик был прислан из Петербурга генерал Потапов. В результате следствия Бородин был смещен из атаманов, а Логинов переведен простым казаком в Оренбургское войско. Вместо Бородина был поставлен майор Новокрещенов, который держал сторону старшин. Произошел новый бунт. Присланный для усмирения казаков генерал Черепов расправился с бунтовщиками и поставил в атаманы Тамбовцева, приверженца старшинской стороны. Недовольство казаков скоро дошло до высших пределов: особенно оно усилилось правительственным сыском на Яике раскольников, который производился царскими чиновниками и духовенством. Кроме того 15 мая 1766 г. правительством был издан указ, лишавший яицких казаков одной из главнейших их привилегий — права отбывать военную службу наемкой; согласно этого указа служба по найму была заменена очередной службой. Новым порядком вещей было недовольно все казачество. Зажиточные казаки были недовольны тем, что им приходилось теперь отбывать военную службу самим, тогда как раньше они от нее откупались, нанимая вместо себя бедноту. Беднота была недовольна тем, что ее лишили права наниматься на службу, что уже стало профессией для некоторых элементов казачества.
Недовольство казаков осложнилось еще тем, что 500 казаков были назначены на службу в Кизляр, а «атаман всех казачьих войск» князь Потемкин потребовал от них еще наряда 500 казаков для сформирования особого Московского легиона.
Ввиду столь усиленных нарядов на службу казаки заволновались, так как считали своей обязанностью лишь охранять яицкую линию от вторжения кочевников и просили их освободить от «внешних» служебных нарядов.
Сначала казаки думали, что все эти притеснения и злоупотребления творятся местными начальниками без ведома царицы. В 1766 году они отправили тайно от войскового начальства особую депутацию в Петербург для подачи жалобы царице. Председатель военной коллегии граф Чернышев приказал схватить казачьих депутатов и наказать их плетьми, как бунтовщиков. Казаки поняли, что им нечего было надеяться на правительство и решили расправиться со своими обидчиками сами.
В 1771 г., когда калмыки двинулись через территорию яицкого войска за Яик, Оренбургский губернатор потребовал, чтобы войско выступило против калмыков. Казаки отвечали, что они выступят только в том случае, если им вернут отнятое право выбирать атаманов и офицеров и выплатят жалование, которого они не получали в течение пяти лет. Войсковой атаман Тамбовцев настаивал, чтоб казаки исполнили приказание губернатора, Казаки отказались. Тогда из Оренбурга был послан для разбора казачьих претензий генерал Траунбенберг с отрядом войска. Не разбирая жалоб казаков, Траунбенберг потребовал от них повиновения воле начальства и пригрозил им оружием, выставив пушки. Казаки ударили в набат, бросились на отряд Траунбенберга и завладели пушками. Приверженец правительства атаман Тамбовцев был повешен. Траунбенберг изрублен саблями; председатель следственной комиссии капитан Дурново тяжело ранен.