Не имея войсковой организации, подобно яицким казакам, оренбургские казаки не имели возможности выразить своего протеста против произвола комендантов.
Комендантский режим был ненавистен казачеству также, как крестьянам крепостное право.
Появление Пугачева с яицкими казаками против Оренбургских линейных крепостей послужило сигналом для восстания Оренбургского казачества. Будучи разбросаны станицами по линейным крепостям, казаки по приближении Пугачева всюду первые переходили на его сторону и с ожесточением мстили комендантам за свои обиды.
Скоро под командой Падурова образовался уже целый полк Оренбургских казаков, численностью до 800 ч.
Вслед за Оренбургскими казаками на сторону Пугачева перешли Исетские казаки, которым под предводительством хорунжего Невзорова на короткий срок даже удалось захватить Челябинскую крепость. Правительственные войска, прибывшие из Тобольска, выбили казаков из Челябинска, но казаки почти полностью перешли в войско Пугачевского полковника Грязнова, оперировавшего под Челябинском.
Таким образом казачество Оренбургского края перешло на сторону Пугачева.
Кроме полка Оренбургских казаков у Пугачева были полки Яицких казаков под командой Овчинникова, Илецких казаков — под командой Творогова, Исетских казаков — под командой Бильдина. Казачьи полки составляли гвардию Пугачева и ядро его ополчений[5].
Продолжая движение к Оренбургу, Пугачев 29 сентября занял крепость Чернореченскую, а затем, обойдя Оренбург, 1 октября занял Сакмарский городок.
События развертывались с головокружительной быстротой. Оренбургский губернатор, имея в своем распоряжении гарнизон в 3000 человек при 70 орудиях, совершенно растерялся. Ни одно его распоряжение не исполнялось. Вызванные им для защиты Оренбурга 500 вооруженных калмыков бежали с дороги; 1000 башкир перешли к Пугачеву. Восстание разгоралось. Башкирский народ присоединился к Пугачеву. Служилые калмыки, чуваши, черемисы и татары перестали повиноваться царским чиновникам и уходили к Пугачеву. Заводские и помещичьи крестьяне восстали против своих бар, весь край был в огне.
Момент восстания был выбран чрезвычайно удачно. Государство переживало острый кризис войны с Турцией; войска были отвлечены на фронт. В России то и дело вспыхивали бунты по случаю рекрутских наборов и строгих правительственных мер, принятых против чумной эпидемии.
Правительство Екатерины II, узнав о Пугачевском восстании, отправило под Оренбург войска из Москвы, Петербурга, Новгорода и Бахмута. Начальство над войсками, действующими против Пугачева, было поручено генералу Кару. К народу были выпущены увещевательные манифесты.
Между тем 5 октября Пугачев появился под Оренбургом и расположился лагерем в 5 верстах от города. В тот же день он установил одну батарею на паперти Форштадтской церкви, а другую в загородном доме губернатора и открыл огонь по городу. В Оренбурге началась паника, но город был укреплен и первые попытки штурма со стороны Пугачева были отбиты. Оренбургский гарнизон предпринят против Пугачева несколько вылазок, которые окончились безрезультатно.
Не надеясь на свои силы, генерал Рейнсдорф решил разложить Пугачевские ополчения и с этой целью отправил из Оренбурга в стан Пугачева каторжника Хлопушу с увещевательными манифестами. Хлопуша перешел на сторону Пугачева, получил от него чин полковника и был послан поднять Уральские заводы, где отлил пушки и снабдил Пугачева боевыми припасами.
Пугачев решил взять г. Оренбург измором и устроил свой лагерь в Бердской слободе. Армия Пугачева росла. Его сподвижники придали ей военную организацию и установили дисциплину.
Генерал Кар, собрав несколько сот гарнизонных солдат и не дождавшись войск, назначенных из центральной России, выступит против Пугачева из Казани. По Самарской линии к Оренбургу шел отряд полковника Чернышева, которому Кар поручил занять крепость Татищеву, а сам двинулся на Оренбург. Пугачев и Хлопуша вышли ему на встречу и нанесли Кару поражение около деревни Юзеевой, в 100 верстах от Оренбурга, после чего Кар сдал командование Чернышеву, а сам уехал в Москву.
Чернышев с отрядом продолжал продвигаться к Оренбургу и 13 ноября занял крепость Чернореченскую. Здесь к нему явились несколько пугачевцев и предложили провести его с отрядом в г. Оренбург. Чернышев положился на этих проводников. Близ урочища Маячная гора при переправе через р. Сакмару, отряд Чернышева был окружен и взят в плен. Пугачеву сдалось 1000 солдат и казаков и 500 калмыков при 11 орудиях. Чернышев и 36 офицеров были повешены.