В Башкирии был установлен строгий военный режим; русские начальники из офицеров и чиновников опекали и воспитывали башкирский народ в целях наибольшей эксплуатации его в качестве военного элемента.
Эпоха военного режима просуществовала в Башкирии около 65 лет и оставила глубокие черты в хозяйственном быте и в психике народа, совершенно подавив в нем всякую самодеятельность и чувство национального сознания.
Кроме попечителей и начальников кантонов Башкирия была наводнена сонмом русской администрации и полицейских чиновников — помощниками попечителей и кантонных начальников, исправниками, становыми и следственными приставами, стряпчими и другим приказным людом. Вся эта многочисленная администрация военная, гражданская и полицейская правила безответным и забитым народом по своему произволу.
Военная служба башкирского войска заключалась в содержании кордонов на Оренбургской линии, на условиях, одинаковых со службой уральских и оренбургских казаков, и во «внешней» службе по вызову правительства. На службу башкиры зачислялись по достижении 17-ти летнего возраста и числились в строевом разряде до 45 лет, после чего переводились на внутреннюю службу, которая продолжалась пожизненно, до потери физической способности к службе.
Башкиры, как уже сказано, снаряжались на службу за собственный счет и получали жалование 1 руб. ассигнациями в месяц. Кроме того, они были обязаны, в случае надобности, формировать особые пятисотенные полки, которые участвовали во внешних походах. В 1812 г. башкиры сформировали 30 таких полков, которые принимали участие в отечественной войне и во взятии Парижа в 1814 году.
Башкиры носили национальную форму одежды, состоящую из кафтана синего или белого сукна, таких же шаровар с красным кантом и белой остроконечной войлочной шапки.
Из тептярей были сформированы два полка, которые были подчинены военному губернатору и губернской канцелярии. Кроме того в 1796 г. Оренбургскому военному губернатору было подчинено Калмыцкое войско, сформированное из ставропольских калмыков. Войско состояло из 11 рот, сведенных в один кантон. В 1803 г. калмыцкие роты были сведены в один Тысячный полк, по штату Оренбургского казачьего войска. Калмыки на ряду с башкирами употреблялись на службу для охраны Оренбургской линии.
Преобразование Оренбургского войска в первой половине XIX в.
Оренбургское казачье войско со времени своего основания во всех отношениях было подчинено Оренбургскому губернатору; в военном отношении оно подчинялось Оренбургскому нерегулярному корпусу и тем местным командирам, в распоряжении которых по месту жительства находились казаки. Во главе административного управления войска стоял Войсковой атаман и Войсковая Изба, но в виду разбросанности казачьих станиц по всей территории Оренбургского края и неимения у казаков своей войсковой территории, административный орган войска имел весьма незначительное влияние на управление станицами. Главными начальниками казаков были городские и крепостные коменданты, которым они непосредственно подчинялись, как военное сословие. Для внутреннего управления казаки по традиции сохранили свою выборную станичную администрацию в лице атаманов.
В 1797 г. на Оренбургское казачество была распространена система кантонного управления, принятая для Башкирии. Население войска по переписи 1797 г. насчитывало 20519 мужчин и было расположено в 39 станицах. Эти станицы были сведены в пять кантонов: Исетский — 6 станиц, Чебаркульский — 5 станиц, Уфимский — 3 станицы, Оренбургский — 14 станиц и Сакмарский — 10 станиц. Кантонная система управления в Оренбургском войске преследовала те же цели, что и в Башкирии, т. е. исправное снаряжение казаков на военную службу за собственный счет, а следовательно, и опекала казачье население во всех отношениях.
В 1802 г. на Оренбургскую линию были переселены ставропольские казаки, избравшие местожительством ст. Нижне-Озерную. В 1803 г. последовала новая реформа Войскового Управления. Во главе войска по прежнему оставалась Войсковая Канцелярия, но уже в более увеличенном штате: ее составляли — войсковой атаман, 2 непременных члена, 2 ассессора, 2 секретаря и прокурор. Оренбургский нерегулярный корпус был переформирован в Оренбургский Тысячный полк в составе: 32 офицеров и чиновников и 1043 нижних чинов. Полк должен был находиться в постоянной боевой готовности на случай выступления в киргизскую степь для преследования «хищников», нападающих на границы.