В 1840 г. новый район вошел в состав территории Оренбургского казачьего войска со всем населением.
Первоначальная застройка и заселение нового района не вызвали противодействия со стороны кочующих здесь мирных казаков потому, что они свободно продолжали кочевать между старой и новой линией. С течением времени, когда русское население возросло, казаки стали терпеть всевозможные притеснения
Но постройка военной линии в киргизской степи произвела огромное впечатление в дальней орде; в 1838 г. на этой почве уже вспыхнуло знаменитое восстание Кенисары Касимова, который, отделившись от России, объявил себя «ханом непобедимой орды» и решил срыть укрепления новой линии. Собрав вокруг себя многочисленное конное ополчение казаков, Кенисара в течение ряда лет, с 1838 по 1840 г., продолжал громить новую линию и своих соплеменников, приверженцев России.
Борьба с Кенисарой потребовала от Оренбургского и Сибирского губернаторов значительных сил и средств. Только в 1845 г., когда по распоряжению Оренбургского губернатора по р. р. Тургаю и Иргизу были построены укрепления Тургай и Иргиз, Кенисара был вынужден откочевать на восток степи и в 1847 г. погиб в войне с киргизами.
Как восстание Кенисары, так и все предыдущие восстания казакского народа против колонизации степи протекали при поддержке Хивинского ханства. Хива рассматривала казакский народ, как авангард мусульманских стран Средней Азии и вооружала его против России, имея целью задержать русское колонизационное движение на восток. Владея низовьями Сыр-Дарьи, Хива господствовала над всеми караванными путями, идущими из Оренбургского края в Среднюю Азию и таким образом держала в своих руках нити среднеазиатской торговой политики.
Генерал Перовский понимал, что для окончательного установления в орде русской власти и для захвата караванных путей необходимо завоевание Хивинского ханства, почему и предпринял в 1839 г. поход на Хиву.
Сформировав отряд из 3 ½ баталионов пехоты, дивизиона оренбургских казаков, 2-х сотен уральцев и 2-х сотен башкир, при 14 орудиях, имея продовольственный транспорт из 12000 вьючных верблюдов, в ноябре 1839 г. выступил из Оренбурга в киргизскую степь. Он был намерен в течение зимы дойти до Усть-Урта, чтоб с наступлением весны напасть на Хиву.
Пробивая себе путь в глубоких снегах степи при сильных морозах, отряд Перовского еле-еле дошел до р. Эмбы, откуда весной 1840 г. был вынужден вернуться в Оренбург, потеряв 11 офицеров, до 1000 солдат и до 1000 казаков-проводников от холодов и болезней и весь свой вьючный транспорт.
Неудача Перовского удержала на некоторое время развитие колонизаторской политики в киргизской степи, и сам инициатор этой политики был уволен в отставку. Но уже в 1847 г. в устьях р. Сыр-Дарьи, на берегу Аральского моря было построено русское укрепление Раим. С этого момента Россия, утвердившись в низовьях Сыр-Дарьи, начала наступательное движение вдоль этой реки. В укрепление Раим были доставлены сухопутным путем 2 парохода, которые и были спущены в Аральское море.
Продвигаясь вверх по Сыр-Дарье, Россия соприкоснулась с владениями Хивинского и Коканского ханств, что и привело ее к военному столкновению с этими государствами.
Развитие торговых сношений России с Средней Азией в XIX веке
Рост промышленности в России в 50-х годах XIX в, в особенности в области текстильного производства, шел быстрым темпом и опередил развитие внутреннего рынка страны, т. к. крепостное крестьянство, разоряемое барщиной, обладало весьма слабой покупательной способностью. Развитие промышленности требовало новых рынков для сбыта товаров, почему русский торговый капитал обратил свое внимание на средне-азиатские страны, как на свою будущую колонию. Особенно важно было значение Средней Азии в том отношении, что ее хлопковые плантации могли снабдить русскую промышленность дешевым хлопком.
Количество потребляемого хлопка в России в первой половине XIX в. характеризуется следующими данными: в 1824—26 г. г. в Россию было ввезено до 74.000 пудов хлопка, а в 1848—50 г. уже хлопка было ввезено более 1 ½ милл. пудов.